Denne protokollen beskriver en optogenetisk strategi for å modulere mitogenaktivert proteinkinase (MAPK) aktivitet under celledifferensiering og utvikling av Xenopus embryon. Denne metoden tillater reversibel aktivering av MAPK-signalveien i pattedyrcellekultur og i multicellulære levende organismer, som Xenopus- embryoer, med høy romlig og tidsmessig oppløsning.
Kinaseaktivitet er avgjørende for en rekke cellulære funksjoner, inkludert celleproliferasjon, differensiering, migrasjon og apoptose. Under tidlig embryonal utvikling er kinaseaktiviteten svært dynamisk og utbredt over embryoet. Farmakologiske og genetiske tilnærminger blir ofte brukt til å undersøke kinasaktivitetene. Dessverre er det utfordrende å oppnå overlegen romlig og tidsmessig oppløsning ved hjelp av disse strategiene. Videre er det ikke mulig å kontrollere kinasaktiviteten på reversibel måte i levende celler og multicellulære organismer. En slik begrensning forblir en flaskehals for å oppnå en kvantitativ forståelse av kinaseaktivitet under utvikling og differensiering. Dette arbeidet presenterer en optogenetisk strategi som utnytter et bicistronisk system som inneholder fotoaktiverbare proteiner Arabidopsis thaliana cryptochrome 2 (CRY2) og det N-terminale domenet til kryptokrom-interaksjonen med basis-helix-loop-helix (CIBN). ReversiBle aktivering av mitogenaktivert proteinkinase (MAPK) signalvei oppnås gjennom lysmediert proteintranslokasjon i levende celler. Denne tilnærmingen kan anvendes på pattedyrcellekulturer og levende vertebratembryoer. Dette bicistroniske systemet kan generaliseres for å kontrollere aktiviteten til andre kinaser med lignende aktiveringsmekanismer og kan brukes på andre modellsystemer.
Vekstfaktorer er involvert i et bredt spekter av cellefunksjoner, inkludert spredning, differensiering, migrasjon og apoptose, og spiller sentrale roller i mange biologiske hendelser, inkludert embryonal utvikling, aldring og regulering av mental status 1 , 2 , 3 , 4 , 5 . Mange vekstfaktorer signalerer gjennom komplekse intracellulære signalkaskader. Disse signaleringshendelsene drives ofte av reversibel proteinfosforylering på nøyaktig regulert måte 6 , 7 . Dermed er en forståelse av signaleringsutfallene av proteinkinaser, som er ansvarlige for proteinfosforylering, fundamentalt viktig.
Ulike vekstfaktorer virker gjennom et ganske vanlig intracellulært signalnettverk, selv om de stimulerer distInktcellulære responser 8 , 9 . Vanlige intracellulære mediatorer av reseptortyrosinkinaser inkluderer Ras, Raf, ekstracellulær signalregulert kinase (ERK), mitogenaktivert proteinkinase (MAPK) / ERK-kinase (MEK), fosfonositid-3-kinase (PI3K), Akt og fosfolipase C gamma (PLCy) 10 , 11 . Akkumulerende bevis antyder at signaleringsdiversitet og spesifisitet er avhengig av romlig og tidsmessig regulering av signalaktivitet 12 . For eksempel aktiverer stimulering av epidermal vekstfaktor (EGF) i rottefeokromocytomceller (PC12), som resulterer i celleproliferasjon, forbigående forbigående ERK-vei 9 . På den annen side aktiverer stimulering med nervevækstfaktor (NGF), som fører til celle-differensiering, ERK-banen på en vedvarende måte 9 , 13 . I dyrkede rVed hippokampale nevroner, fremmer transient signalering av hjerneavledet nevrotrofisk faktor (BDNF) primær neurittutvækst, mens vedvarende signalering fører til økt nevitforgrening 14 . Under tidlig embryonal utvikling er fosforylert ERK-aktivitet temporalt dynamisk og er utbredt over embryoet 6 . En nylig genetisk skjerm under tidlig Xenopus- embryogenese viste at ERK- og Akt-signaleringskaskader, to nedstrøms primære vekstfaktorbaner, viser scenespesifikke aktiveringsprofiler 7 . En forståelse av kinasasignalutfallet krever således verktøy som kan teste de romlige og tidsmessige egenskapene til kinaseaktivitet med tilstrekkelig oppløsning.
Konvensjonelle eksperimentelle tilnærminger for å undersøke den dynamiske naturen til signaltransduksjon under utvikling mangler den ønskelige romlige og tidsmessige oppløsning. For eksempel, farmakologiske tilnærminger utnytte liten kjemIcal eller biologiske molekyler for å stimulere eller undertrykke signaltransduksjon i celler og vev. Den diffusive naturen til disse små molekylene gjør det utfordrende å begrense deres handling til en bestemt region av interesse 15 . Genetiske tilnærminger ( f.eks. Transgenese, Cre-Lox-systemet eller mutagenese) fører ofte til irreversibel aktivering eller undertrykkelse av målgenuttrykk eller proteinaktivitet 16 , 17 , 18 . Tet-On / Tet-Off-systemet 19 gir forbedret temporal kontroll av gentranskripsjon, men mangler streng romlig kontroll fordi den er avhengig av diffusjon av tetracyklin. Nylige utviklinger i kjemisk indusert proteindimerisering 20 eller foto-uncaging 21 , 22 , 23 , 24 har betydelig forbedringReddet den tidsmessige kontrollen av signalnettverk. Den romlige kontrollen forblir imidlertid utfordrende på grunn av den diffusive naturen av de kaste kjemikaliene.
Nylige fremvoksende optogenetiske tilnærminger, som utnytter lysets kraft til å kontrollere protein-protein-interaksjoner, tillater modulering av signalveier med høy spatiotemporal presisjon samt reversibilitet. Kort tid etter den første suksess i kontroll av nevronbrann 25 , 26 , 27 , har optogenetikk blitt utvidet til å kontrollere andre cellulære prosesser, som gentranskripsjon, oversettelse, cellemigrasjon, differensiering og apoptose 28 , 29 , 30 , 31 , 32 , 33 , 34 . En strategi som bruker pHotoaktiverbart proteinpar Arabidopsis thaliana cryptochrome 2 (CRY2) protein og det N-terminale domenet til kryptokrom-interaksjon-basisk helix-loop-helix (CIBN) ble nylig utviklet for å kontrollere Raf1-kinaseaktivitet i pattedyrceller og Xenopus- embryoer 35 . CRY2 binder til CIBN ved blått lysstimulering, og CRY2 / CIBN-proteinkomplekset dissocierer spontant i mørket 34 . Blått lys excites CRY2 cofactor, flavin adenine dinucleotide (FAD), som fører til en konformasjonell endring i CRY2 og dens påfølgende binding til CIBN. Konstitutivt aktive (W374A) og flavin-mangelfulle (D387A) mutanter av CRY2 kan fremstilles ved mutasjoner i FAD-bindingslommen: CRY2 W374A- mutanten binder til CIBN uavhengig av lys, mens CRY2 D387A- mutanten ikke binder til CIBN under blå -lys stimulering 36 , 37 . Det optogenetiske systemet beskrevet iN denne protokollen bruker wild-type CRY2 og CIBN for å inducere protein-translokasjons-mediert Raf1-aktivering i levende celler. Det er kjent at membranrekruttering av Raf1 øker sin aktivitet 38 . I dette systemet er en tandem CIBN-modul forankret i plasmamembranen, og CRY2-mCherry er fusjonert til N-terminalen til Raf1 35 . I fravær av blått lys forblir CRY2-mCherry-Raf1 i cytoplasma, og Raf1 er inaktiv. Blålysstimulering induserer CRY2-CIBN-binding og rekrutterer Raf1 til plasmamembranen, hvor Raf1 er aktivert. Rafaktivering stimulerer en Raf / MEK / ERK signaleringskaskade. Både CRY2- og CIBN-fusjonsproteiner er kodet i et bikistronisk genetisk system. Denne strategien kan generaliseres for å kontrollere andre kinaser, for eksempel Akt, hvis aktiveringstilstand også kan bli slått på ved proteinoverføring i celler 39 . Dette arbeidet presenterer detaljerte protokoller for implementering av denne optogenetiske strategien i pattedyrcellekultusRes og multicellular organismer.
Når lysboksen bygges, må effekten til individuelle lysdioder måles. Basert på tidligere erfaring kan effekten variere mellom individuelle lysdioder på grunn av produksjonsvariasjon. Velg et sett med lysdioder som har en effekt på 10% av hverandre. Antall lysdioder, strømbegrensende motstand og strøminngang kan modifiseres for forskjellige typer cellekulturbeholdere ( f.eks. En 6-brønn eller 24-brønn plate). En 24 t lysbelysning med en effekt på 0,2 mW / cm2 fremkaller ikke detekterbar fototoxicitet <…
The authors have nothing to disclose.
Dette arbeidet ble støttet av University of Illinois i Urbana-Champaign (UIUC) og National Institutes of Health (NIGMS R01GM111816).
Glass coverslip | VWR | 48393 230 | Substrate for live cell imaging |
Coverslip holder | Newcomer Supply | 6817B | Holder for coverslips |
Detergent | ThermoFisher | 16 000 104 | For cleaning coverslips |
Boric acid | Sigma-Aldrich | B6768-500G | For making PLL buffer |
Disodium tetraborate | Sigma-Aldrich | 71996-250G | For making PLL buffer |
Plastic beaker | Nalgene | 1201-1000 | For cleaning coverslips |
Sodium hydroxide | Sigma-Aldrich | 221465-2.5KG | For adjust pH |
Poly-L-lysine hydrobromide | Sigma-Aldrich | P1274-500MG | For coating coverslip |
Diethylpyrocarbonate (DEPC)-Treated Water | ThermoFisher Scientific | 750024 | For DNA preparation |
Cover Glass Forceps | Ted Pella | 5645 | Cover glass handling |
Tissue cutlure dish | Thermofisher | 12565321 | Cell culture dish |
Sterile centrifuge tubes | ThermoFisher | 12-565-271 | Buffer storage |
Transfection Reagent | ThermoFisher | R0534 | Transfection |
CO2-independent medium | ThermoFisher | 18045088 | For live cell imaging |
Polydimethylsiloxane (PDMS) | Ellsworth Adhesives | 184 SIL ELAST KIT 0.5KG | Form make cell chamber |
Plasmid Maxiprep kit | Qiagen | 12965 | Plasmid preparation |
DMEM medium | ThermoFisher | 11965-084 | Cell culturing medium component |
F12K medium | ThermoFisher | 21127022 | Cell culturing medium component |
Horse serum | ThermoFisher | 16050122 | Cell culturing medium component |
Fetal Bovine Serum | Signa-Aldrich | 12303C-500 mL | Cell culturing medium component |
Penicillin-Streptomycin-Glutamine | ThermoFisher | 10378016 | Cell culturing medium component |
Trypsin (0.25%), phenol red | ThermoFisher Scientific | 15050065 | For mammalian cell dissociation |
Agarose | Fisher Scientific | BP1356-100 | For DNA preparation |
Ficoll PM400 | GE Heathcare Life Sciences | 17-5442-02 | For embryo buffer |
L-Cysteine hydrochloride monohydrate | Sigma-Aldrich | 1.02839.0025 | Oocyte preparation |
ApaI | ThermoFisher | FD1414 | For linearization of plasmids |
Dnase I | ThermoFisher | AM2222 | For removing DNA template in the in vitro transcription assay |
Index-match materials (immersion oil) | Thorlabs | MOIL-20LN | For matching the index between sample substrate and objective |
Blue LED | Adafruit | 301 | Light source for optogenetic stimulation |
Resistor kit | Amazon | EPC-103 | current-limiting resistor |
Aluminum boxes | BUD Industries | AC-401 | light box |
BreadBoard | Jekewin | 837654333686 | For making LED array |
Hook up Wire | Electronix Express | 27WK22SLD25 | For making LED array |
Relay Module | Jbtek | SRD-05VDC-SL-C | For intermittent light control |
DC Power Supply | TMS | DCPowerSupply-LW-(PS-305D) | Power supply for LED |
Silicon Power Head | Thorlabs | S121C | For light intensity measurement |
Power meter | Thorlabs | PM100D | For light intensity measurement |
Microscope | Leica Biosystems | DMI8 | For live cell imaging |
BioSafety Cabinet | ThermoFisher | 1300 Series A2 | For mammalian cell handling |
CO2 incubator | ThermoFisher | Isotemp | For mammalian cell culturing |
Stereo microscope | Leica | M60 | For embryo micro-manipulation |
Microinjector | Narishige | IM300 | For embryo microinjection |
Micropipette puller | Sutter Instruments | P87 | Needle puller |
in vitro transcription kit | ThermoFisher | AM1340 | For in vitro transcription. The kit includes nuclease-free water, SP6 RNA Polymerase, ribonucleotide mixture, cap analog, lithium choride precipitation solution, and spin column |
RNA purfication kit | Qiagen | 74104 | Silica-membrane spin column for purification of synthesized RNA |
Convection oven | MTI corporation | EQ-DHG-9015 | PDMS curing |
Centrifugal mixer and teflon container | THINKY | AR310 | For mixing PDMS |
Silicon wafer | UniversityWafer | 452 | Base for making PDMS devices |
Blade | Techni Edge | 01-801 | For cutting PDMS |
Capillary glass | Sutter Instruments | BF100-58-10 | For fabrication of injecting needles. |