Ved hjælp af fluorescens In Situ hybridisering (FISH) til at overvåge status for Arm samhørighed i Prometaphase og metafase jeg Drosophila oocyter
Summary
Dette manuskript præsenterer en detaljeret metode til at generere X-kromosom arm sonder og udfører fluorescens i situ hybridisering (FISH til at undersøge tilstanden af søster) chromatid samhørighed i prometaphase og metafase jeg arresteret Drosophila oocyter. Denne protokol er egnet til at bestemme, om meiotiske arm samhørighed er intakt eller forstyrret i forskellige genotyper.
Abstract
Hos mennesker er kromosom segregation fejl i oocyter ansvarlig for størstedelen af aborter og fødselsdefekter. Desuden, som kvinder alder, er deres risiko for at undfange en aneuploid Foster stiger dramatisk, og dette fænomen kendt som moderens alder effekt. Det er et krav til nøjagtig kromosom segregation under de meiotiske divisioner vedligeholdelse af søster chromatid samhørighed den udvidede prophase periode, oocyter oplever. Cytologiske tyder i både mennesker og modelorganismer på, at meiotiske samhørighed forværres under modningen. Derudover segregation fejl i menneskelige oocyter er mest fremherskende under meiose I, i overensstemmelse med tidlig tab af arm samhørighed. Brugen af modelorganismer er kritisk for optrevling de mekanismer, der ligger bag aldersbetinget tab af samhørighed. Drosophila melanogaster giver flere fordele for at studere regulering af meiotiske samhørighed i oocytter. Men indtil for nylig kun genetiske tests var tilgængelige til analyse for tab af arm samhørighed i oocytter af forskellige genotyper eller under forskellige forsøgsbetingelser. Her, er en detaljeret protokol forudsat for at bruge fluorescens i situ hybridisering (FISH) til direkte visualisere defekter i arm samhørighed i prometaphase jeg og metafase jeg arresteret Drosophila oocyter. Ved at generere en fisk sonde, der hybridiserer de distale arm af X -kromosom og indsamle Konfokal Z stakke, en forsker kan visualisere antallet af enkelte fisk signaler i tre dimensioner og afgøre, om søster chromatid arme adskilt. Den procedure, der er skitseret gør det muligt at kvantificere arm samhørighed defekter i hundredvis af Drosophila oocyter. Som sådan, giver denne metode et vigtigt redskab for at undersøge de mekanismer, der bidrager til samhørighed vedligeholdelse samt de faktorer, der fører til sin død under modningen.
Introduction
Korrekt adskillelse af kromosomerne under mitose og meiose kræver at søster chromatid samhørighed etableret, opretholdes, og udgivet i en koordineret1,2. Samhørighed er etableret under S fase og er medieret af cohesin kompleks, der danner fysiske forbindelser, der holder søsteren kromatider sammen. Meiose, samhørighed distalt for en crossover fungerer også for at holde rekombinante homologs sammen og denne fysiske forening hjælper med at sikre korrekt orientering af bivalent på metafase jeg spindel (figur 1)3,4, 5. Frigivelse af arm samhørighed på anaphase jeg tillader homologs at adskille til spindel to modsatrettede poler. Men hvis arm samhørighed er mistet for tidligt, rekombinante homologs vil miste deres fysiske forbindelse og adskille tilfældigt, hvilket kan resultere i aneuploid mælke (figur 1).
I menneskelige oocytter, fejl i kromosom segregation er den hyppigste årsag til aborter og medfødte defekter, såsom Downs syndrom6, og deres forekomsten stiger eksponentielt med moderens alder7. Søster chromatid samhørighed er etableret i føtal oocyter og meiotiske rekombination er afsluttet før fødslen. Oocytter derefter anholde i midten prophase jeg indtil ægløsning og under denne anholdelse, fortsatte fysiske sammenslutningen af rekombinante homologs afhænger af søster chromatid samhørighed. Nøjagtig segregation under meiose og normal graviditet resultater kræver derfor, at samhørighed forbliver intakt i op til fem årtier.
Tidlig tab af samhørighed under den langvarige meiotiske anholdelse af menneskelige oocyter er blevet foreslået at bidrage til moderens alder effekt og flere linjer af beviser understøtter denne hypotese8,9. Dog i betragtning af udfordringerne ved at studere meiotiske samhørighed i menneskers oocytter, meget af vores forståelse af dette fænomen er baseret på brugen af model organismer5,10,11,12, 13,14,15.
Drosophila melanogaster oocyter tilbyder mange fordele for studiet af meiotiske samhørighed og kromosom adskillelse. En simpel genetisk analyse gør det muligt at inddrive afkom fra aneuploid mælke og måle troskab x-kromosom segregation på en stor skala11,16,17. Desuden kan man også bestemme, om kromosom segregation fejl opstår fordi rekombinante homologs missegregate under meiose jeg, en fænotype, der er i overensstemmelse med tidlig tab af arm samhørighed11,18, 19. direkte observation af meiotiske samhørighed i Drosophila oocyter sundhedstilstand er også muligt at bruge fluorescens i situ hybridisering (FISH). Selvom fluorescerende oligonukleotider at krydse sig til gentagne satellit sekvenser har været brugt i over et årti for at overvåge pericentromeric samhørighed i modne Drosophila oocyter4,20, analyse af arm samhørighed er blevet meget mere udfordrende. Visualisering af arm samhørighed sundhedstilstand kræver en sonde, der strækker sig over et stort område af enkelt kopi sekvenser og er lys nok til at resultere i synlige signaler for individuelle Søster kromatider når arm samhørighed er fraværende. Derudover skal oocyt fiksering betingelser og størrelse af mærket DNAs lette penetration21 i den store modne Drosophila oocyt (200 µm bred af 500 µm lange). For nylig, en arm sonde blev med succes udnyttet til at visualisere Drosophila oocyt kromatider under anaphase jeg, men forfatterne udtalt at de ikke kunne registrere et signal i prometaphase eller metafase jeg arresteret oocyter22. Her giver vi en detaljeret protokol for generation af X-kromosom arm fisk sonder og oocyt forberedelse betingelser, der har tilladt os at assay for tidlig tab af søster chromatid samhørighed i prometaphase jeg og metafase jeg oocyter. Disse teknikker, som har gjort det muligt at identificere genprodukter, der er nødvendige for opretholdelsen af meiotiske samhørighed, vil tillade andre at assay for søster chromatid samhørighed defekter i modne Drosophila oocytter af forskellige genotyper.
Protocol
Representative Results
Discussion
Brugen af fisk sonder for at vurdere tilstanden af arm samhørighed i prometaphase jeg og metafase jeg Drosophila oocyter er en betydelig fremgang i feltet af Drosophila meiose. Drosophila forskere har historisk set været begrænset til genetiske tests til at udlede for tidlig tab af arm samhørighed i modne oocyter11,18,19. Nu, med de metoder, der præsenteres her, tilstand af arm samhørighed kan an…
Divulgazioni
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Dette arbejde blev støttet af NIH Grant GM59354 tildeles Sharon E. Bickel. Vi takker Huy Q. Nguyen for bistand i forbindelse med udviklingen af protokollen til at generere fluorescerende arm sonder, Ann Lavanway til hjælp med Konfokal mikroskopi og J. Emiliano Reed for teknisk bistand. Vi takker også mange kolleger i Drosophila Fællesskabet til nyttige diskussioner og rådgivning.
Materials
| Kits | |||
| Midi Prep kit | Qiagen | 12143 | Prep BAC clone DNA |
| GenomePlex Complete Whole Genome Amplification (WGA) Kit | Sigma | WGA2 | Amplify BAC clone DNA |
| ARES Alexa Fluor 647 DNA labeling kit | Invitrogen | A21676 | Label BAC clone DNA |
| PCR purification kit | Qiagen | 28104 | Remove non-conjugated dye following labeling of BAC clone DNA |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Chemicals & Solutions | |||
| Note: All solutions are prepared using sterile ultrapure water and should be sterilized either by autoclave or filter sterilization. | |||
| Bovine serum albumin (BSA) | Fisher Scientific | BP1600-100 | Prepare 10% stock Freeze aliquots |
| Calcium chloride | Fisher Scientific | C75-500 | |
| DAPI (4’, 6-Diamidino-2-Phenylindole, Dihydrochloride) | Invitrogen | D1306 | Toxic: wear appropriate protection. Prepare 100µg/ml stock in 100% ethanol, store in aliquots at -20 °C. Prepare 1 µg/ml solution in 2X SSCT before use. |
| Dextran sulfate | Sigma | D-8906 | |
| Drierite | Drierite Company | 23001 | |
| Dithiothreitol (DTT) | Invitrogen | 15508-013 | Prepare 10 mM stock |
| dTTP (10 µmol, 100 µl) | Boehringer Mannheim | 1277049 | Prepare 1 mM stock |
| EDTA (Disodium ethylenediamine tetraacetic acid) | Fisher Scientific | S311-500 | Prepare 250 mM stock |
| 100% ethanol (molecular grade, 200 proof) | Decon Laboratories | 2716 | |
| Tris (Ultra Pure) | Invitrogen | 15504-020 | |
| EGTA (Ethylenebis(oxyethylenenitrilo)tetraacetic acid) | Sigma | E-3889 | |
| 16% formaldehyde | Ted Pella, Inc. | 18505 | Toxic: wear appropriate protection |
| Formamide | Invitrogen | AM9342 | Toxic: wear appropriate protection |
| Glucose | Fisher Scientific | D16-1 | |
| Glycogen | Roche | 901393 | |
| HEPES | Boehringer Mannheim | 737-151 | |
| Heptane | Fisher Scientific | H350-4 | Toxic: wear appropriate protection. |
| Hydrochloric acid | Millipore | HX0603-4 | Toxic: wear appropriate protection. |
| Hydroxylamine | Sigma | 438227 | Prepare 3 M stock |
| 4.9 M Magnesium chloride | Sigma | 104-20 | |
| Na2HPO4 Ÿ 7H2O | Fisher Scientific | S373-500 | |
| NaH2PO4 Ÿ 2H2O | Fisher Scientific | S369-500 | |
| Poly-L-lysine (0.1mg/ml) | Sigma | P8920-100 | |
| Potassium acetate | Fisher Scientific | BP364-500 | |
| Sodium acetate | Fisher Scientific | S209-500 | Prepare 3M stock |
| Sodium cacodylate | Polysciences, Inc. | 1131 | Toxic: wear appropriate protection. Prepare 400mM stock |
| Sodium citrate | Fisher Scientific | BP327-1 | |
| Sodium chloride | Fisher Scientific | S271-3 | Sodium chloride |
| Sucrose | Fisher Scientific | S5-500 | |
| 10% Tween 20 | Thermo Scientific | 28320 | Surfact-Amps |
| 10% Triton X-100 | Thermo Scientific | 28314 | Surfact-Amps |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Solutions | |||
| Note: All solutions are prepared using sterile ultrapure water and should be sterilized either by autoclave or filter sterilization. | |||
| TE buffer | 10 mM Tris, 1 mM EDTA, pH = 8.0 | ||
| 20X SSC (Saline Sodium Citrate) | 3 M NaCl, 300 mM sodium citrate | ||
| 2X cacodylate fix solution | Toxic: wear appropriate protection. 200 mM sodium cacodylate, 200 mM sucrose, 80 mM sodium acetate, 20 mM EGTA | ||
| 1.1X Hybridization buffer | 3.3X SSC, 55% formamide, 11% dextran sulfate | ||
| Fix solution | Toxic: wear appropriate protection. 4% formaldehyde, 1X cacodylate fix solution | ||
| PBSBTx | 1X PBS, 0.5% BSA, 0.1% Trition X-100 | ||
| PBSTx | 1X PBS, 1% Trition X-100 | ||
| Extraction buffer (PBSTx + Rnase) | 1X PBS, 1% Trition X-100, 100 µg/mL RNase | ||
| 2X SSCT | 2X SSC, 0.1% Tween 20 | ||
| 2X SSCT + 20% formamide | Toxic: wear appropriate protection. 2X SSC, 0.1% Tween 20, 20% formamide | ||
| 2X SSCT + 40% formamide | Toxic: wear appropriate protection. 2X SSC, 0.1% Tween 20, 40% formamide | ||
| 2X SSCT + 50% formamide | Toxic: wear appropriate protection. 2X SSC, 0.1% Tween 20, 50% formamide | ||
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Enzymes | |||
| AluI | New England Biolabs | R0137S | |
| HaeIII | New England Biolabs | R0108S | |
| MseI | New England Biolabs | R0525S | |
| MspI | New England Biolabs | R0106S | |
| RsaI | New England Biolabs | R0167S | |
| BfuCI | New England Biolabs | R0636S | |
| 100X BSA | New England Biolabs | Comes with NEB enzymes | |
| 10X NEB buffer #2 | New England Biolabs | Restriction enzyme digestion buffer. Comes with NEB enzymes | |
| Terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) 400 U/µl | Roche/Sigma | 3333566001 | |
| TdT buffer | Roche/Sigma | Comes with TdT enzyme | |
| Cobalt chloride | Roche/Sigma | Toxic: wear appropriate protection. Comes with TdT enzyme | |
| RNase A (10 mg/mL) | Thermo-Scientific | EN0531 | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Cytology Tools etc. | |||
| Forceps | Dumont | #5 INOX, Biologie | |
| 9” Disposable glass Pasteur pipettes | Fisher | 13-678-20C | Autoclave to sterilize |
| Shallow glass dissecting dish | Custom made | ||
| Deep well dish (3 wells) | Pyrex | 7223-34 | |
| Fisherfinest Premium microscope slides | Fisher Scientific | 22-038-104 | Used to cover deep well dishes |
| Frosted glass slides, 25 x 75 mm | VWR Scientific | 48312-002 | |
| Glass slides, 3 x 1 in, 1 mm thick | Thermo-Scientific | 3051 | |
| Coverslips, 10 x 10 mm, No. 1.5 | Thermo-Scientific | 3405 | |
| Tungsten needle | homemade | ||
| Prolong GOLD mounting media | Molecular Probes | P36930 | |
| Compressed-air in can | Various | ||
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Equipment | |||
| PCR machine | Various | ||
| Nanodrop 2000, spectrophotometer | Thermo-Scientific | microvolume spectrophotometer | |
| Vortexer | Various | ||
| Table top microfuge at room temperature | Various | ||
| Table top microfuge at 4 °C | Various | ||
| Heat block | Various | ||
| Hybridization oven or incubator with rotator | Various | ||
| Nutator | Various | ||
| A1RSi laser scanning confoal | Nikon | 40X oil Plan Fluor DIC (NA 1.3) | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Consumables etc. | |||
| 50 mL conical tubes | Various | ||
| 15 mL conical tubes | Various | ||
| 1.5 mL microfuge tubes | Various | ||
| 500 µl microfuge tubes | Various | ||
| 200 µl PCR tubes | Various | ||
| Plastic container with tight fitting lid | Various | To hold Drierite | |
| Kimwipes | Various | disposable wipes | |
| Parafilm | Various | paraffin film | |
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Altro | |||
| HPLC purified 5'-labeled oligonucleotides | Integrated DNA Technologies | Cy3-labeled probes that recognize the 359 bp satellite repeat of the X chromosome | |
| Volocity 3D Image Analysis Software | PerkinElmer | Version 6.3 |
Riferimenti
- Peters, J. M., Nishiyama, T. Sister chromatid cohesion. CSH Perspect Biol. 4 (11), (2012).
- McNicoll, F., Stevense, M., Jessberger, R. Cohesin in gametogenesis. Curr Top Dev Biol. 102, 1-34 (2013).
- Buonomo, S. B., et al. Disjunction of homologous chromosomes in meiosis I depends on proteolytic cleavage of the meiotic cohesin Rec8 by separin. Cell. 103 (3), 387-398 (2000).
- Bickel, S. E., Orr-Weaver, T., Balicky, E. M. The sister-chromatid cohesion protein ORD is required for chiasma maintenance in Drosophila oocytes. Curr. Biol. 12 (11), 925-929 (2002).
- Hodges, C. A., Revenkova, E., Jessberger, R., Hassold, T. J., Hunt, P. A. SMC1beta-deficient female mice provide evidence that cohesins are a missing link in age-related nondisjunction. Nat Genet. 37 (12), 1351-1355 (2005).
- Freeman, S. B., et al. The National Down Syndrome Project: design and implementation. Public Health Rep. 122 (1), 62-72 (2007).
- Nagaoka, S. I., Hassold, T. J., Hunt, P. A. Human aneuploidy: mechanisms and new insights into an age-old problem. Nat Rev Genet. 13 (7), 493-504 (2012).
- Angell, R. R. First-meiotic-division nondisjunction in human oocytes. Am. J. Hum. Genet. 61, 23-32 (1997).
- Tsutsumi, M., et al. Age-related decrease of meiotic cohesins in human oocytes. PLoS One. 9 (5), e96710 (2014).
- Liu, L., Keefe, D. L. Defective cohesin is associated with age-dependent misaligned chromosomes in oocytes. Reprod Biomed Online. 16 (1), 103-112 (2008).
- Subramanian, V. V., Bickel, S. E. Aging predisposes oocytes to meiotic nondisjunction when the cohesin subunit SMC1 is reduced. PLoS Genet. 4 (11), e1000263 (2008).
- Chiang, T., Duncan, F. E., Schindler, K., Schultz, R. M., Lampson, M. A. Evidence that weakened centromere cohesion is a leading cause of age-related aneuploidy in oocytes. Curr. Biol. 20 (17), 1522-1528 (2010).
- Lister, L. M., et al. Age-related meiotic segregation errors in mammalian oocytes are preceded by depletion of cohesin and Sgo2. Curr. Biol. 20 (17), 1511-1521 (2010).
- Duncan, F. E., et al. Chromosome cohesion decreases in human eggs with advanced maternal age. Aging Cell. 11 (6), 1121-1124 (2012).
- Yun, Y., Lane, S. I., Jones, K. T. Premature dyad separation in meiosis II is the major segregation error with maternal age in mouse oocytes. Development. 141 (1), 199-208 (2014).
- Subramanian, V. V., Bickel, S. E. Heterochromatin-mediated association of achiasmate homologues declines with age when cohesion is compromised. Genetica. 181, 1207-1218 (2009).
- Jeffreys, C. A., Burrage, P. S., Bickel, S. E. A model system for increased meiotic nondisjunction in older oocytes. Curr. Biol. 13 (6), 498-503 (2003).
- Weng, K. A., Jeffreys, C. A., Bickel, S. E. Rejuvenation of Meiotic Cohesion in Oocytes during Prophase I Is Required for Chiasma Maintenance and Accurate Chromosome Segregation. PLoS Genetics. 10 (9), e1004607 (2014).
- Perkins, A. T., Das, T. M., Panzera, L. C., Bickel, S. E. Oxidative stress in oocytes during midprophase induces premature loss of cohesion and chromosome segregation errors. Proc Natl Acad Sci U S A. 113 (44), E6823-E6830 (2016).
- Dernburg, A. F., Sedat, J. W., Hawley, R. S. Direct evidence of a role for heterochromatin in meiotic chromosome segregation. Cell. 86, 135-146 (1996).
- Dernburg, A. F., Sedat, J. W. . Method Cell Biol. 53, 187-233 (1998).
- Guo, Z., Batiha, O., Bourouh, M., Fifield, E., Swan, A. Role of Securin, Separase and Cohesins in female meiosis and polar body formation in Drosophila. J Cell Sci. 129 (3), 531-542 (2016).
- Giauque, C. C., Bickel, S. E. Heterochromatin-Associated Proteins HP1a and Piwi Collaborate to Maintain the Association of Achiasmate Homologs in Drosophila Oocytes. Genetica. 203 (1), 173-189 (2016).
- Joyce, E. F., Apostolopoulos, N., Beliveau, B. J., Wu, C. T. Germline progenitors escape the widespread phenomenon of homolog pairing during Drosophila development. PLoS Genet. 9 (12), e1004013 (2013).
- Gilliland, W. D., Hughes, S. F., Vietti, D. R., Hawley, R. S. Congression of achiasmate chromosomes to the metaphase plate in Drosophila melanogaster oocytes. Dev Biol. 325 (1), 122-128 (2009).
- Gyuricza, M. R., et al. Dynamic and Stable Cohesins Regulate Synaptonemal Complex Assembly and Chromosome Segregation. Curr Biol. 26 (13), 1688-1698 (2016).
- Radford, S. J., McKim, K. S. Techniques for Imaging Prometaphase and Metaphase of Meiosis I in Fixed Drosophila Oocytes. J Vis Exp. (116), (2016).
