Påvisande av cirkulerande ribonukleinsyra (cRNA) från blod är en icke tillgodosett behov i klinisk diagnostik. Här beskriver vi metoder som kännetecknar cRNA från icke-small cell lung cancerpatienter med hjälp av känsliga och specifika digitala polymeraskedjereaktion. Testerna krav design att upptäcka fusion varianter inom 72 timmar.
Vi har utvecklat nya metoder för isolering och karakterisering av tumör-derived cirkulerande ribonukleinsyra (cRNA) för blod-baserade flytande biopsi. Robust detektion av cRNA återhämtat sig från blod representerar en lösning till ett kritiskt otillfredsställda behov i klinisk diagnostik. Provningen börjar med insamling av helblod in blod insamling rören som innehåller konserveringsmedel som stabilisera cRNA. Cell-free, exosomal och trombocytantalet-associerad RNA är isolerad från plasma i detta testsystem. CRNA är omvänd transkriberas till kompletterande DNA (cDNA) och förstärks med hjälp av digitala polymeras-kedjereaktion (dPCR). Prover utvärderas för såväl de mål biomarkören som en kontroll gen. Test validering ingår gränsen för upptäckt, noggrannhet och robusthet studier med analytic prover. Den metod som utvecklats till följd av dessa studier reproducibly upptäcka flera fusion-varianter för ROS1 (C-Ros proto-onkogener 1; 8 varianter) och RET (ordnas under transfection proto-onkogener; 8 varianter). Prov bearbetning arbetsflödet har optimerats så att testresultat kan konsekvent genereras inom 72 timmar efter provet mottagandet.
Upp till 25% av icke-småcellig lungcancer (NSCLC) kan patienter inte ha tillräcklig vävnad tillgänglig för testning vid tidpunkten för diagnos. Även i fall där det finns vävnad, kan det inte i tillräcklig kvantitet eller kvalitet att utföra rekommenderas molekylära tester1,2. I fall där det finns tillräckligt vävnad från en biopsi för molekylär profilering, patienter kan ha att vänta flera veckor eller längre resultat eller påbörja behandling utan molekylära resultaten3,4. Det är dock avgörande att informativa molekylär diagnos finnas med tanke på tillkomsten av flera riktade behandlingsalternativ för patienter med NSCLC. Provning av cirkulerande cellfria DNA (cfDNA) från flytande biopsi är en lösning på utmaningarna som traditionella vävnad testning4,5,6. Aktuella tester alternativ för angripbara mutationer i NSCLC med cfDNA och en liknande dPCR-baserat arbetsflöde för snabba resultat generation, inkluderar de epidermal tillväxtfaktor (EGFR) sensibiliserande mutationer ΔE746-A750 och L858R, EGFR motstånd mutation T790M , KRAS proto-onkogener (KRAS) varianter och B-Raf proto-onkogener (BRAF) variant V600E. Även om inte så brett antagna av fältet, kan cirkulerande tumör-derived budbärar-RNA (mRNA) isolerade från flytande biopsi också ge viktig klinisk information7,8,9. Vi har tidigare utvecklat och rapporterade om metoder för multiplexering upptäckt tagghudingar mikrotubulära associerade Protein som 4-anaplastiskt lymfom Receptor tyrosinkinas (EML4-ALK) fusion varianter från blodplasma10. I denna studie utökat vi dessa metoder för att inkludera högre ordningens multiplexade RNA mål för ROS1 och RET, som omfattar åtta fusion varianter inom varje analys. Syftet var att utveckla en snabb, känslig, specifika och reproducerbara teknik för detektion av dessa fusion varianter av plasma från patienter som tidigare diagnostiserats med NSCLC.
Testprocessen initieras i en läkares kontor använder RNA stabilisera blod insamling rör11. Dessa rör innehåller en cell konserveringsmedel samt RNase-hämmare. Prover är levererade prioritet natten till centraliserad College American patologer CAP-ackrediterade/kliniska laboratorium förbättring ändringsförslagen (CLIA)-certifierat laboratorium (Clinical Laboratory) för bearbetning av kompetent personal. När emot av kliniska laboratorium, utförs varje steg i bearbetningen enligt godkänd Standard Operating Procedures (SOP). Helblod centrifugeras för att återställa plasma, som sedan används för att isolera cirkulerande RNA som är antingen fritt i blodet eller inom encapsulating beståndsdelarna, såsom exosomes och trombocyter7,8,9. För att isolera RNA från dessa avdelningar, valt vi systemet för RNA återhämtning som bygger på jämförelser av flera extraktionsmetoder. Den isolerade RNA är koncentrerad och omvänd transkriberas till cDNA. Under optimering av metoden cDNA syntes att maximera ROS1 och RET mål avskrift konvertering10utvärderades flera omvänt transkriptas enzym och gen-specifika primers. Detta är avgörande för låg överflöd cirkulerande avskrifter, såsom tumör-derived fusion varianter. Slutligen, vi optimerat dPCR primer och sonden koncentrationer för multiplexering upptäckt av RET eller ROS1 fusion varianter och kontroll genen, glukuronidas-β (GUSB). Vi kombinerade sedan bästa förutsättningar från varje optimering studierna i en låst slutprotokollet innan du utför de analytic valideringsstudier som beskrivs i denna rapport. Detta protokoll och dessa resultat ligga till grund för en snabb och känslig arbetsflöde för rutinmässig detektion av sällsynta fusion varianter i omlopp.
RET och ROS1 rearrangements utgör tillsammans ~ 3% av de driver mutationerna inom NSCLC befolkningen18. Även sällsynta, är påvisande av dessa genetiska förändringar avgörande. NSCLC patienter med dessa förändringar kan dra nytta av riktade therapeutics som specifikt hämmar aktiviteten avvikande tyrosinkinashämmare som resulterar från den onco-protein13. Några sådana behandlingar är redan godkända av FDA för användning i ROS1 positiv NSCLC, medan andra har visat sig vara effektiva mot RET i kliniska prövningar19.
Digital PCR teknik ger känslighet som är idealisk för flytande biopsi program20. Det har förekommit betydande antagandet av denna teknologi för användning med cirkulerande cellfria DNA för mätning av tumör mutationer hos patienter med NSCLC4,6,21,22,23 . Förutom cfDNA utvecklade vi ett protokoll som utformats för robust mätning av de vanligaste fusion varianterna hos patienter med NSCLC från cirkulerande tumör RNA (figur 1A)10.
Våra etablerade protokollet möjliggör analytic gränsen för upptäckt ner till 0,2% (figur 2). Medan den RT-dPCR är exceptionellt specifika och känsliga, begränsas analyserna till panelen av kända fusion varianter som väljs och multiplexed för detektering i PCR-analysen. Således, fusioner ska ingå i multiplexade analyser måste väljas noggrant att säkerställa ordentlig täckning inom populationen av patienter med NSCLC. Vi har framgångsrikt utformat analyser för RET och ROS1 som samtidigt upptäcka åtta fusion varianter resultanten från rearrangements de RET eller ROS1 loci och täcka 99% och 88% av RET och ROS1 positiva befolkningen, respektive (figur 1B-C )17.
Sista testet arbetsflödet som beskrivs i denna studie innehåller batch kontroller för att säkerställa konsekvens av resultat. Dessa kontroller inkluderar både en positiv analytic standard samt två negativa kontroller, som tillsammans garanterar ingen förorening eller PCR hämning som inträffar inom partiet (figur 3). För att säkerställa robustheten i analysen, utfördes en studie med hjälp av batch-kontrollerna under en 21-dagarsperiod (figur 3D, H). Dessa data visar konsekvens av RNA processen som fastställs i detta protokoll.
God laboratoriesed och lämplig RNA hantering är viktiga komponenter för att säkerställa robust och korrekta resultat. Laboratorium och utrustning dedikerad att använda med RNA, rengöring av utrustning efter varje användning, använder RNase-fri reagenser och förnödenheter och tillämpa ett RNase inaktivering spray på den arbetsplats som alla bidrar till att minska kontaminerande RNaser. Samvetsgrann provhantering RNA av tekniker, inklusive en dedikerad labbrock, ofta handske förändringar, arbetar snabbt genom förfarandet för RNA-extraktion, och hålla prover på is är av yttersta vikt att bevara provet. När RNA har omvänd transkriberas till cDNA, är provet i en mer stabil form som är mindre benägna att nedbrytning. Förutom metoder som stöder RNA integritet, bör PCR-komponenter och prover bibehållas i segregerade områden för att förhindra korskontaminering som kan leda till falskt positiva resultat. Beståndet PCR reagens och beredning av PCR-master mixar bör hållas åtskild från PCR-mallar och stor försiktighet bör iakttas att segregera förstärkta mall (post-PCR) från alla pre förstärkta material inklusive reagenser, RNA och cDNA prover. Slutligen, ordentlig generering och hantering av emulgerade PCR mixar innan förstärkning är centralt för att upprätthålla droplet integritet och optimal dPCR villkor. Försiktighetsåtgärder som dessa är kritiska under genomförandet av detta protokoll att få konsekventa och korrekta resultat. Alla data bör undersökas av utbildad personal innan lanseringen av resultat för att vara säker att alla QC mätvärden har uppfyllts. När det gäller suboptimala resultat (figur 4), batchen måste granskas av teknisk personal och laboratoriet direktör och kan kräva vidareförädling.
RT-dPCR resultat kan produceras så tidigt som 24 timmar från provet kvitto och 95% av provets resultat inom testet som används i denna studie (n = 984) rapporterades för beställning läkaren i mindre än 72 timmar från tidpunkten för mottagandet (figur 5). Detta turn-around tid ger läkare med mycket behövde molekylär information inom en tidsram som gör initiering av lämplig behandling. Dessa resultat är vanligtvis tillgängliga tidigare än de som uppnås med hjälp av en konventionell vävnad biopsi. Ytterligare biomarkörer för NSCLC och andra cancerformer kan utvecklas med hjälp av liknande cirkulerande RNA-baserade metoder och skulle dra nytta av samma snabba tid-till-resultat. Mätning av programmerad död Ligand 1 (PD-L1) mRNA avskriften med RT-dPCR skulle exempelvis kunna informera läkare om immunterapi alternativ. Det finns också ett växande intresse för nyttan av flytande biopsi och dPCR i övervakning för terapeutisk effekt. Tidigare indikationer på återuppvaknande av tumören med hjälp av genomiska tester för vissa varianter kan möjliggöra läkare justera behandlingsregimer innan patienter är symtomatisk av standard av Omvårdnadsåtgärder såsom imaging24. Protokoll som den som rapporterats i denna studie är idealisk för övervakning på grund av deras icke-invasivt, känslighet, snabb turn-around tid och kostnadseffektivitet. Analysen beskrivs häri ger resultat inom 72 timmar från provet mottagandet, med minimal upptäcktstakt i falskt positivt, vilket underlättar snabb behandlingsbeslut och kringgår vissa begränsningar som upplevt med tissue-baserade tester4.
Våra protokoll och data visar ett robust testsystem för att identifiera låga överflöd RNA varianter samt risken för blod-baserade mutation testning i klinisk praxis. För de patienter som inte har en angripbara drivrutin mutation identifieras av snabba riktade flytande biopsi närmar sig som denna, tillsats av mer omfattande genomet och proteomet testning från både vävnad och blod kan ge ännu bredare klinisk information att stödja dosplanering.
The authors have nothing to disclose.
Vi tackar våra samarbetspartners, Stephen Jones, Nia Charrington, Dr Dianna Maar och Dr Samantha Cooper från Digital Biology Center (Bio-Rad Inc. CA) för deras assay design stöd; Nezar Rghei och Dr. Moemen Abdalla (Norgen Biotek, Kanada) för kritiska råd när du optimerar RNA extraktion protokollet. och Shannon Campbell, Scott Thurston, Jeff Fensterer, Shannon Martello och Joellyn Enos för hjälp med testa krav och kommersiella övervakning.
Ultrapure Distilled Water (DNAse, RNAse Free) (500 mL) | Life Technologies | 10977-015 | 1604071 |
Ultrapure Distilled Water (DNAse, RNAse Free) (500 mL) | Life Technologies | 10977-015 | 1809353 |
Nuclease-free water (molecular grade) | Ambion | AM9938 | 1604071 |
Nuclease-free water (molecular grade) | Ambion | AM9938 | 1606077 |
Phosphate Buffered Saline 1X, Sterile | Amresco | K812-500mL | 1446C189 |
Phosphate Buffered Saline 1X, Sterile – 500 mL | Invitrogen | 10010023 | 1916C092 |
RNase Zap (Life Tech) (250 mL) | Ambion | AM9780 | 353952 |
Beta-Mercaptoethanol (BME) (250 mL) | CalbioChem | 6050 | W105B |
OmniPur Ethyl Alcohol | CalbioChem | 4455-4L | 56054611 |
OmniPur Ethyl Alcohol | CalbioChem | 4455-4L | 56238638 |
Isopropyl Alcohol | VWR | 0918-4L | 2116C416 |
TranscriptAid T7 High Yield Transcription Kit | Thermo Scientific | K0441 | 403648 |
TranscriptAid T7 High Yield Transcription Kit | Thermo Scientific | K0441 | 288461 |
DNase I | Thermo | K0441 | 371299 |
QIAzol Lysis Reagent | Qiagen | 79306 | 54809699 |
20x TE buffer pH 8.0 | Alfa Aesar | J62388 | R13C548 |
UltraPure Agarose | Invitrogen | 16500-100 | 552730 |
10x TBE buffer | Invitrogen | AM9863 | 353065 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 60110327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 61900327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 61480327 |
Cell-Free RNA BCT | Streck | 218976 | 62320327 |
Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Kit (Slurry Format) 50 preps | Norgen | 42800 | 585849 |
Plasma/Serum Circulating and Exosomal RNA Purification Kit (Slurry Format) 50 preps | Norgen | 42800 | 588308 |
Lysis Buffer | Norgen | 21205 | A5F61E |
RNA Cleanup and Concentration Micro-Elute Kit (Norgen) 50 preps | Norgen | 61000 | 585848 |
RNA Cleanup and Concentration Micro-Elute Kit (Norgen) 50 preps | Norgen | 61000 | 588309 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC186976 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC188077 |
DNA Clean and ConcentratorTM- 5 200 preps (samples) | Zymo | D4014 | ZRC188413 |
Collection Tubes 500 pack | Zymo | C1001-500 | N/A |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 391657 |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 392504 |
SuperScript IV First Strand Synthesis System 200 rxn (samples) | Life Technologies | 18091200 | 448001 |
SuperScript IV Reverse Transcriptase | Life Technologies | 18090200 | 451702 |
Qubit HS RNA Assay Kit (500) | Life Technologies | Q32854 | 1745264 |
Qubit assay tubes (500) | Life Technologies | Q32856 | 13416Q311 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64031651 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64063941 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64065740 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64065741 |
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP) | Bio-Rad | 1863023 | 64079083 |
ddPCR Buffer Control for Probes | Bio-Rad | 1863052 | 64025320 |
ddPCR Buffer Control for Probes | Bio-Rad | 1863052 | 64052358 |
gBlock KIF5B-RET K15:R12 | IDT | 151004172 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K16:R12 | IDT | 151004173 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K22:R12 | IDT | 151004174 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K23:R12 | IDT | 151004175 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K24:R11 | IDT | 151004176 | 4-Oct-16 |
gBlock KIF5B-RET K24:R8 | IDT | 151004177 | 4-Oct-16 |
gBlock CCDC6-RET C1:R12 | IDT | 151004178 | 4-Oct-16 |
gBlock TRIM33-RET T14:R12 | IDT | 151004179 | 4-Oct-16 |
RET exon 8 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554385 | 28-Sep-16 |
5’-CTCCACTCACACCTG-3’ | IDT | 150554385 | 28-Sep-16 |
RET exon 11 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554384 | 28-Sep-16 |
5’-GCAAACTTGTGGTAGCAG-3’ | IDT | 150554384 | 28-Sep-16 |
RET exon 12 RT Gene Specific Primer | IDT | 150554383 | 28-Sep-16 |
5’-CTGCCTTTCAGATGGAAG-3’ | IDT | 150554383 | 28-Sep-16 |
gBlock CD74-ROS1 C6:R34 | IDT | 152324366 | 15-Nov-16 |
gBlock CD74-ROS1 C6:R32 | IDT | 152324367 | 15-Nov-16 |
gBlock SDC4-ROS1 S2:R32 | IDT | 152324368 | 15-Nov-16 |
gBlock SDC4-ROS1 S2:R34 | IDT | 152324369 | 15-Nov-16 |
gBlock S13del2046-ROS1 S13del2046:R32 | IDT | 152324370 | 15-Nov-16 |
gBlock S13del2046-ROS1 S13del2046:R34 | IDT | 152324371 | 15-Nov-16 |
gBlock EZR-ROS1 E10:R34 | IDT | 152324372 | 15-Nov-16 |
gBlock TPM3-ROS1 T8:R35 | IDT | 152324373 | 15-Nov-16 |
ROS1 exon 34 RT Gene Specific Primer | IDT | 152704983 | 21-Nov-16 |
5’-CCTTCCTTGGCACTTT-3’ | IDT | 152704983 | 21-Nov-16 |
ROS1 exon 35 RT Gene Specific Primer | IDT | 152704985 | 21-Nov-16 |
5’-CTCTTGGGTTGGAAGAGTATG-3’ | IDT | 152704985 | 21-Nov-16 |
ALK Gene Specific Primer | IDT | 140035422 | 26-Aug-16 |
5’-CAGTAGTTGGGGTTGTAGTCG-3’ | IDT | 140035422 | 26-Aug-16 |
EML4-ALK Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
SLC34A2-ROS1 Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
CCDC6-RET Cell line pellet | Horizon Discovery | N/A | 11-Jun-15 |
Human Brain Total RNA | Ambion | AM7962 | 1703548 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K15:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K16:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K22:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K23:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K24:R11 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: K24:R8 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C1:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: T14:R12 | Bio-Rad | N/A | 17-Aug-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C6:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: C6:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S2:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S2:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S13del2046:R32 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: S13del2046:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: E10:R34 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: T8:R35 | Bio-Rad /Biodesix | N/A | 6-Dec-16 |
(version 2) | Bio-Rad | 12003909 | 213939881 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: ROS1 Multiplex (version 3.2) | Bio-Rad | N/A | 13-Dec-16 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: ROS1 Multiplex (version 3.2) | Bio-Rad | N/A | 20170112v3.2 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 212851151 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 207383915 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 195995635 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 212851152 |
PrimePCR ddPCR Gene Expression Probe Assay: GUSB, Human | Bio-Rad | 10031257 | 213949301 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: EML4-ALK | Bio-Rad | 12003909 | 20160914 |
PrimePCR ddPCR Expert Design Assay: EML4-ALK | Bio-Rad | 12003909 | 211383227 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 1065C220 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 64052953 |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad | 186-3005 | 64052358 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 1065C320 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 64052952 |
Automated Droplet Generation Oil for Probes (20×96) | Bio-Rad | 186-4110 | 64064127 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000065883 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084276 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000079928 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084395 |
DG8 Cartridges for QX100/QX200 Droplet Generator | Bio-Rad | 186-4008 | C000084634 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20160627 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161107 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161206 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20161216 |
Droplet Generator DG8 Gasket | Bio-Rad | 186-3009 | 20170125 |
Pipet Tips for Automated Droplet Generator | Bio-Rad | 1864120 | PR125340 |
DG32 Cartridge for Automated Droplet Generator (10-96 well plates) | Bio-Rad | 186-4108 | 206894 |
DG32 Cartridge for Automated Droplet Generator (10-96 well plates) | Bio-Rad | 186-4108 | 206893 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 1409850 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 100402 |
Pierceable Foil Heat Seal | Bio-Rad | 1814040 | 145851 |
Microseal 'B' seals | Bio-Rad | MSB1001 | BR00428490 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64039089 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64049253 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64049255 |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad | 186-3004 | 64081870 |
DNA Lo Bind Tube 0.5 mL | Eppendorf | 22431005 | E1629620 |
DNA Lo Bind Tube 1.5 mL | Eppendorf | 22431021 | F16698K |
DNA Lo Bind Tube 2 mL | Eppendorf | 22431048 | E160610I |
50 mL Conicals, Polypropylene (25) | Thermo | 339652 | G5ZF5W8118 |
TempAssure PCR 8-Strips, Optical Caps, Natural, polypropylene (120) | USA Scientific | 1402-4700 | 16202 |
For Rainin LTS Pipettors 0.5-20 µL tips | Pipette.com | LF-20 | 40155-642C4-642C |
For Rainin LTS Pipettors 5-200 µL tips | Pipette.com | LF-250 | 40154-642C4-642B |
Tips LTS 200 ul Filter 960/10 RT-L200F (10 boxes) | Rainin | 17002927 | 1635 |
Pipet Tips, 10 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1181-3710 | F1175551-1108 |
Pipet Tips, 10 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1181-3710 | F118054L-1720 |
Pipet Tips, 100 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile (10×96) | USA Scientific | 1180-1740 | 0014961Q-2501 |
Pipet Tips, 200 ul TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile | USA Scientific | 1180-8710 | E116684P-1540 |
Pipet Tips, 1000 ul XL TipOne RPT ultra low retention filter tip refill cassette, sterile (10×96) | USA Scientific | 1182-1730 | F118815P |
5 mL Standard Racked Gilson-fit Reference Tips | Scientific Specialties | 4411-00 | 14312 |
Combitips advanced, 0.1 mL Biopur | Eppendorf | 003 008 9618 | F165414H |
Combitips advanced, 0.2 mL Biopur | Eppendorf | 0030 089.626 | F166689J |
Combitips advanced, 5 mL Biopur | Eppendorf | 0030.089 669 | F166054J |
Combitips advanced, 50 mL Biopur | Eppendorf | 003.008.9693 | F166055I |
Reagent Reservoir | VWR | 89094-680 | 141500 |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | E163697P |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | F165029I |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | F165028G |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Clear | Eppendorf | 951020303 | E163697P |
Twin tec PCR Plate 96, semi-skirted, Green | Eppendorf | 951020346 | F166183K |
Equipment Type | Equipment ID | ||
Analytical Balance | EQP0125 | ||
Cryogenic Freezer 1, -80oC | EQP0095 | ||
Refrigerator 6.1 cu ft GP06W1AREF | EQP0139 | ||
-20oC Freezer | EQP0140 | ||
Beckman Coulter Microfuge 22R | EQP0025 | ||
Beckman Coulter Microfuge 22R | EQP0124 | ||
Thermo Scientific Hereaus Megafuge 8 | EQP0104 | ||
Mini Centrifuge | EQP0131 | ||
Mini Centrifuge | EQP0136 | ||
Mini Centrifuge | EQP0134 | ||
Mini Centrifuge | EQP0235 | ||
Mini Centrifuge | EQP0216 | ||
Thermo Scientific HeraTherm Incubator | EQP0105 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0182 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0072 | ||
Pipette 0.1 – 2.5 μL | EQP0070 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0218 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0075 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0169 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0074 | ||
Pipette 0.5-10 μL | EQP0147 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0128 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0160 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0018 | ||
Pipette 2 – 20 μL | EQP0146 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0079 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0181 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0085 | ||
Pipette 10 – 100 μL | EQP0077 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0088 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0087 | ||
Pipette 20 – 200 μL | EQP0231 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0050 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0158 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0217 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0082 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0183 | ||
Pipette 100 – 1000 μL | EQP0083 | ||
Pipette 5 mL | EQP0153 | ||
Timer | S/N 140623950 | ||
Hamilton SafeAire VAV Fume Hood | EQP0206 | ||
Biosafety Cabinet | EQP0205 | ||
Biosafety Cabinet | EQP0204 | ||
Qubit 3.0 | EQP0102 | ||
Benchmark Digital Heat Block | EQP0108 | ||
Benchmark Digital Heat Block | EQP0231 | ||
Polaroid Z2300 Instant Print Digital Gel Camera with WiFi and 16GB SDHC memory card | EQP0111 | ||
Electrophoresis Power Unit | EQP0113 | ||
Electrophoresis Small Gel Box | EQP0116 | ||
Maestro Transilluminator | EQP0118 | ||
Microwave | EQP0215 | ||
Multichannel 8-well Pipette 2 - 20 μL | EQP0207 | ||
Multichannel 8-well Pipette 10 – 100 μL | EQP0090 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0094 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0161 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0162 | ||
Rainin Multichannel 8-well Pipette 50 μL | EQP0163 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0052 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0007 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0132 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0137 | ||
Vortex Genie 2 | EQP0135 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0203 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0096 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0148 | ||
Air Clean PCR Workstation | EQP0097 | ||
QX200 Droplet Generator | EQP0202 | ||
QX200 Droplet Generator | EQP0121 | ||
Automated Droplet Generator | EQP0179 | ||
PX1 PCR Plate Sealer | EQP0123 | ||
PX1 PCR Plate Sealer | EQP0186 | ||
C1000 Touch Cycler w/96W FS RM | EQP0120 | ||
S1000 Cycler w/96W FS RM | EQP0174 | ||
S1000 Cycler w/96W FS RM | EQP0173 | ||
T100 Thermal Cycler | EQP0180 | ||
T100 Thermal Cycler | EQP0175 | ||
QX200 Droplet Reader | EQP0194 | ||
QX200 Droplet Reader | EQP0122 |