अध्ययन मानव P53 करने के लिए कार्यात्मक परख के विकास के लिए एक चेसिस के रूप में खमीर
Summary
यहाँ प्रस्तुत चार प्रोटोकॉल का निर्माण और खमीर Saccharomyces cerevisiae रिपोर्टर उपभेदों मानव P53 transactivation क्षमता का अध्ययन करने के लिए शोषण कर रहे हैं, इसके विभिन्न कैंसर से जुड़े उत्परिवर्तनों के प्रभावों, सह expressed बातचीत प्रोटीन, और विशिष्ट छोटे अणुओं के प्रभाव.
Abstract
यह निष्कर्ष कि प्रसिद्ध स्तनधारी P53 प्रोटीन खमीर एस सेरेविएसिया में एक प्रतिलेखन कारक (टीएफ) के रूप में कार्य कर सकता है, विभिन्न कार्यात्मक परख के विकास के लिए अनुमति दी गई है 1) बाइंडिंग साइट [यानी, प्रतिक्रिया तत्व (आरई)] P53 transactivation विशिष्टता या 2) TP53 उत्परिवर्तनों पर अनुक्रम वेरिएंट, सह expressed cofactors, या P53 रूपांतरण गतिविधि पर छोटे अणुओं. विभिन्न बुनियादी और अनुवाद अनुसंधान अनुप्रयोगों को विकसित किया गया है. प्रायोगिक रूप से, ये दृष्टिकोण खमीर मॉडल के दो प्रमुख लाभ का फायदा उठाते हैं। एक तरफ, जीनोम संपादन की आसानी isogenic उपभेदों है कि केवल एक विशिष्ट P53-RE के स्तर पर अलग P53-निर्भर की अनुक्रम-विशिष्टता की जांच करने के लिए शोषण द्वारा गुणात्मक या मात्रात्मक रिपोर्टर सिस्टम के त्वरित निर्माण सक्षम बनाता है रूपांतरण. दूसरी ओर, अस्थानिक P53 अभिव्यक्ति के लिए विनियमित प्रणालियों की उपलब्धता प्रोटीन अभिव्यक्ति की एक विस्तृत श्रृंखला में transactivation के मूल्यांकन की अनुमति देता है. इस रिपोर्ट में समीक्षा की बड़े पैमाने पर सिस्टम है कि रंग रिपोर्टर जीन, luciferase पर आधारित हैं, और खमीर के विकास के लिए उनके मुख्य methodological कदम वर्णन और गंभीर रूप से उनके भविष्य कहनेवाला शक्ति का आकलन कर रहे हैं. इसके अलावा, इन दृष्टिकोणों की चरम बहुमुखी प्रतिभा आसानी से P63 और P73, जो TP53 जीन परिवार के अन्य सदस्य हैं सहित विभिन्न TFs का अध्ययन करने के लिए शोषण किया जा सकता है.
Introduction
ट्रांसक्रिप्शन एक अत्यंत जटिल प्रक्रिया है जिसमें विशिष्ट उत्तेजनाओं 1 के प्रत्युत्तर में क्रोमैटिन क्षेत्रों पर आरएनए पॉलिमरेज की भर्ती और मॉडुलन के लिए प्रतिलेखन कारकों (टीएफ) के गतिशील, स्थानिक और अस्थायी संगठन शामिल हैं। . मानव P53 ट्यूमर suppressor सहित अधिकांश TFs, डीएनए दृश्यों के रूप में विशिष्ट cis अभिनय तत्वों को पहचान प्रतिक्रिया तत्वों (आरईएस) कहा जाता है, जो एकल (या एकाधिक) अद्वितीय रूपांकनों से मिलकर बनता है -6-10 nucleotides लंबे समय. इन रूपांकनों के भीतर, व्यक्तिगत पदों परिवर्तनशीलता2के विभिन्न डिग्री दिखा सकते हैं, आमतौर पर स्थिति वजन matrices (PWM) या लोगो3,4द्वारा संक्षेप.
खमीर एस cerevisiae पूरक परख के माध्यम से मानव प्रोटीन के विभिन्न पहलुओं का अध्ययन करने के लिए एक उपयुक्त मॉडल प्रणाली है, अस्थानिक अभिव्यक्ति, और कार्यात्मक परख, यहां तक कि जब एक orthologous खमीर जीन मौजूद नहीं है5, 6 , 7. प्रतिलेखन प्रणाली8के बेसल घटकों के विकास के संरक्षण के कारण , कई मानव TFs (जब खमीर कोशिकाओं में अस्थानिक रूप से व्यक्त) प्रमोटरों के माध्यम से अभिनय द्वारा एक पत्रकार जीन की अभिव्यक्ति को व्यवस्थित कर सकते हैं उपयुक्त रीस होते हैं. मानव P53 के लिए यहाँ प्रस्तुत प्रतिलेखन मॉडल प्रणाली तीन प्रमुख चर जिसका प्रभाव संग्राहक किया जा सकता द्वारा विशेषता है: 1) अभिव्यक्ति और P53 के प्रकार की आधुनिकता, 2) पुन: अनुक्रम P53-निर्भर प्रतिलेखन को नियंत्रित करने, और 3) के प्रकार रिपोर्टर जीन (चित्र 1A)
P53 अभिव्यक्ति की मोडलिटी के बारे में, एस सेरेविएसिया ईनड्यूज , दमनकारी, या संरचक प्रमोटरों9,10,11के चुनाव की अनुमति देता है . विशेष रूप से, inducible GAL1 प्रमोटर बेसल की अनुमति देता है (एक कार्बन स्रोत के रूप में रैफिनोस का उपयोग कर) या चर (मीडिया में गैलिक्टोज की मात्रा को बदलने के द्वारा) खमीर में एक TF की अभिव्यक्ति. वास्तव में , पतले टूनाबल अभिव्यक्ति न केवल P53 का अध्ययन करने के लिए एक महत्वपूर्ण विकास का प्रतिनिधित्व करता है , बल्कि अन्य P53 परिवार प्रोटीन12,13.
P53-निर्भर अभिव्यक्ति को नियंत्रित करने के लिए रीज़ के प्रकार के बारे में, एस cerevisiae एक अन्यथा isogenic पृष्ठभूमि में ब्याज की आरई में अद्वितीय मतभेद रखने वाले विभिन्न रिपोर्टर उपभेदों के निर्माण की अनुमति देता है। यह लक्ष्य एस सेरेविसियामें विकसित एक विशेष रूप से बहुमुखी जीनोम संपादन दृष्टिकोण के अनुकूलन का उपयोग करके प्राप्त किया जाता है , जिसे डेलिटो परफेटो12,14,15,16कहा जाता है .
इसके अलावा, विभिन्न रिपोर्टर जीन (यानी, URA3, HIS3, और ADE2) का उपयोग एस सेरेविसियामें मानव TFs की गुणात्मक और मात्रात्मक रूप से प्रतिलिपिकारी गतिविधियों का मूल्यांकन करने के लिए किया जा सकता है, जो विशिष्ट विशेषताओं के साथ प्रत्येक कर सकते हैं प्रायोगिक आवश्यकताओं के अनुरूप होना17,18,19,20,21. इन रिपोर्टर जीनों की अभिव्यक्ति क्रमशः यूरासिल, हिटिडीन और ऐडेनीन प्रोटोट्रोफी प्रदान करती है। URA3 रिपोर्टर 5-FOA की उपस्थिति में कोशिकाओं के विकास की अनुमति नहीं है के रूप में अच्छी तरह से, और इस प्रकार यह counterselected जा सकता है. ADE2 रिपोर्टर प्रणाली लाभ है कि, पोषण चयन के अलावा, यह खमीर कोशिकाओं है कि जंगली प्रकार व्यक्त की पहचान की अनुमति देता है (यानी, ADE2 अभिव्यक्ति पर कार्यात्मक) या उत्परिवर्ती (यानी,ADE2 पर कार्यात्मक नहीं ) कॉलोनी रंग से P53.
उदाहरण के लिए, ADE2 जीन व्यक्त खमीर कोशिकाओं adenine की मात्रा सीमित युक्त प्लेटों पर सामान्य रूप से आकार सफेद कालोनियों उत्पन्न (2.5-5.0 mg/L), जबकि उन है कि खराब या प्रतिलेखन नहीं है यह छोटे लाल के रूप में एक ही थाली पर दिखाई देते हैं (या गुलाबी) कालोनियों. यह एडेनिन बायोसिंथेटिक मार्ग (यानी, पी-रिबोसिलेमिनो-इमिडाज़ोल, जिसे पहले एमिनो-इमिडाज़ोल राइबोटाइड या एआईआर कहा जाता है) में मध्यवर्ती के संचय के कारण होता है, जो लाल वर्णक के रूप में परिवर्तित हो जाता है। गुणात्मक रंग आधारित ADE2 रिपोर्टर जीन के बाद से मात्रात्मक जुगनू Photinus pyralis (LUC1)12,22के साथ बदल दिया गया है . हाल ही में, ADE2 रिपोर्टर एक आसान करने के लिए स्कोर, अर्द्ध मात्रात्मक, डबल रिपोर्टर परख है कि कार्यक्षमता के अपने अवशिष्ट स्तर के अनुसार उप वर्गीकृत P53 म्यूटेंट के लिए शोषण किया जा सकता है में लाख रिपोर्टर के साथ संयुक्त किया गया है 23.
ऐसे EGFP के रूप में फ्लोरोसेंट पत्रकारों (बढ़ाया हरी फ्लोरोसेंट प्रोटीन) या DsRed (डिस्कोसोमा सपा लाल फ्लोरोसेंट प्रोटीन) भी सभी संभव missense उत्परिवर्तनों के साथ जुड़े ट्रांसएक्टिवेशन गतिविधि के मात्रात्मक मूल्यांकन के लिए इस्तेमाल किया गया है TP53 कोडिंग अनुक्रम24| अंत में, RE और/या रिपोर्टर जीन के लिए भिन्न isogenic खमीर उपभेदों के साथ P53 allele अभिव्यक्ति के लिए टूनाबल प्रमोटरों के संयोजन का मौका एक डेटा मैट्रिक्स है कि कैंसर से जुड़े और germline के एक परिष्कृत वर्गीकरण उत्पन्न के विकास के लिए नेतृत्व किया है उत्परिवर्ती P53 alleles25,26,27.
ऊपर वर्णित दृष्टिकोण P53 प्रोटीन की प्रतिलेखन गतिविधि को मापने के लिए उपयोग किया जाता है. हालांकि, खमीर एस cerevisiae28 और Schizosaccharomyces pombe29 में जंगली प्रकार P53 की अभिव्यक्ति विकास मंदता पैदा कर सकता है, जो सेल चक्र गिरफ्तारी के साथ संबद्ध किया गया है28,30 या सेल मौत31| दोनों ही मामलों में, खमीर विकास निषेध उच्च P53 अभिव्यक्ति से शुरू होता है और अंतर्जात खमीर सेल विकास में शामिल जीन की संभावित प्रतिलेखनीय मॉडुलन के साथ सहसंबद्ध किया गया है. इस परिकल्पना का समर्थन करते हुए, हानि के समारोह उत्परिवर्ती P53 R273H खमीर सेल विकास के साथ हस्तक्षेप नहीं किया जब जंगली प्रकार P5332के रूप में इसी तरह के स्तर पर व्यक्त किया. इसके विपरीत, विषाक्त उत्परिवर्ती P53 V122A के खमीर में अभिव्यक्ति (जंगली प्रकार P53 की तुलना में उच्च प्रतिलेखनात्मक गतिविधि के लिए जाना जाता है) जंगली प्रकार P5332की तुलना में एक मजबूत विकास निरोधात्मक प्रभाव का कारण बना.
इसके अतिरिक्त, यह दिखा दिया गया था कि मानव DD2 खमीर में मानव P53 प्रतिलेखन गतिविधि को बाधित करने में सक्षम था, इसकी सर्वव्यापकता और बाद में गिरावट33को बढ़ावा देने . तदनुसार, मानव एमडीएम 2 और MDMX की क्षमता P53 प्रेरित खमीर विकास निषेध को बाधित करने के लिए32,34का प्रदर्शन किया गया था. एक अतिरिक्त अध्ययन में, P53 ट्रांसक्रिप्शनल गतिविधि और actin अभिव्यक्ति के स्तर के बीच एक संबंध स्थापित किया गया था, खमीर32में ACT1 जीन पर एक putative P53 RE अपस्ट्रीम की पहचान के साथ. लगातार, actin अभिव्यक्ति जंगली प्रकार P53 द्वारा बढ़ाया गया था और भी अधिक तो P53 V122A द्वारा, लेकिन उत्परिवर्ती P53 R273H द्वारा नहीं. इसके विपरीत, P53 द्वारा actin अभिव्यक्ति P53 inhibitors DD2, MDMX, या pifithrin-जेड (P53 ट्रांसक्रिप्शनल गतिविधि के एक छोटे अणु अवरोध करनेवाला) के सह-उपस्थिति में कमी आई, खमीर वृद्धि परख के आधार पर परिणामों के अनुरूप. महत्वपूर्ण बात यह है कि इन परिणामों ने P53-प्रेरित विकास अवरोध और खमीर में अपनी गतिविधि की डिग्री के बीच एक सहसंबंध की स्थापना की, जिसे छोटे अणुओं की पहचान करने और अध्ययन करने के लिए भी शोषण किया गया है P53 फ़ंक्शन28,34 , 35.
Protocol
Representative Results
Discussion
खमीर आधारित परख P53 प्रोटीन कार्यों के विभिन्न पहलुओं की जांच करने के लिए उपयोगी साबित कर दिया है. ये परख विशेष रूप से कार्यात्मक बहुरूपता के मूल्यांकन सहित आरई लक्ष्य स्थलों के भिन्न रूपों की ओर P53 रूपां?…
Divulgazioni
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
हम यूरोपीय संघ (FEDER funds POCI/01/0145/FEDER/007728 के माध्यम से Programa Operacional Factores de Competitividade – COMPETE) और नेशनल फंड (FCT/MEC, Funda]o para a Cincia e Tecnologia और मिनिस्ट्री दा एडकूई ई सिएनसिया के तहत धन्यवाद देते हैं साझेदारी करार PT2020 UID/QUI/50006/2019 और परियोजनाओं (3599-PPCDT) PTDC/DTP-FTO/1981/2014 – POCI-01-0145-FEDER-016581. FCT फैलोशिप: SFRH/BD/96189/2013 (एस. गोम्स). यह काम Compagnia एस पाओलो, ट्यूरिन, इटली (परियोजना 2017.0526) और स्वास्थ्य मंत्रालय, (परियोजना 5×1000, 2015 और 2016; वर्तमान अनुसंधान 2016) द्वारा समर्थित किया गया था। हम गहराई से वीडियो रिकॉर्डिंग के साथ सहायता के लिए डॉ टेरेसा लेपेज़-Arias मोंटेनेग्रो (ट्रेंटो विश्वविद्यालय, प्रयोगात्मक विज्ञान शिक्षण प्रयोगशालाओं) का शुक्र है।
Materials
| L-Aspartic acid | SIGMA | 11189 | |
| QIAquick PCR Purification Kit | QIAGEN | 28104 | |
| L-Phenylalanine | SIGMA | 78019 | |
| Peptone | BD Bacto | 211677 | |
| Yeast ex+A2:C26tract | BD Bacto | 212750 | |
| Difco Yeast Nitrogen Base w/o Amino Acids and Ammonium Sulfate | BDTM | 233520 | |
| Lithium Acetate Dihydrate | SIGMA | 517992 | |
| Bacteriological Agar Type A | Biokar Diagnostics | A1010 HA | |
| G418 disulfate salt | SIGMA | A1720 | |
| Ammonium Sulfate | SIGMA | A2939 | |
| L-Arginine Monohydro-chloride | SIGMA | A5131 | |
| Adenine Hemisulfate Salt | SIGMA | A9126 | |
| Passive Lysis Buffer 5x | PROMEGA | E1941 | |
| Bright-Glo Luciferase Assay System | PROMEGA | E2620 | |
| 5-FOA | Zymo Research | F9001 | |
| D-(+)-Galactose | SIGMA | G0750 | |
| L-Glutamic acid | SIGMA | G1251 | |
| Dextrose | SIGMA | G7021 | |
| L-Histidine | SIGMA | H8125 | |
| L-Isoleucine | SIGMA | I2752 | |
| L-Lysine | SIGMA | L1262 | |
| L-Leucine | SIGMA | L8000 | |
| L-Methionine | SIGMA | M2893 | |
| PEG | SIGMA | P3640 | |
| D-(+)-Raffinose Pentahydrate | SIGMA | R0250 | |
| L-Serine | SIGMA | S4500 | |
| L-Tryptophan | SIGMA | T0271 | |
| L-Threonine | SIGMA | T8625 | |
| Uracil | SIGMA | U0750 | |
| L-Valine | SIGMA | V0500 |
Riferimenti
- Spitz, F., Furlong, E. E. Transcription factors: from enhancer binding to developmental control. Nature Reviews Genetics. 13 (9), 613-626 (2012).
- Pan, Y., Tsai, C. J., Ma, B., Nussinov, R. Mechanisms of transcription factor selectivity. Trends in Genetics. 26 (2), 75-83 (2010).
- Das, M. K., Dai, H. K. A survey of DNA motif finding algorithms. BMC Bioinformatics. 8 Suppl 7, S21 (2007).
- Sebastian, A., Contreras-Moreira, B. The twilight zone of cis element alignments. Nucleic Acids Resesarch. 41 (3), 1438-1449 (2013).
- Iggo, R., et al. Validation of a yeast functional assay for p53 mutations using clonal sequencing. Journal of Pathology. 231 (4), 441-448 (2013).
- Kaeberlein, M., Burtner, C. R., Kennedy, B. K. Recent developments in yeast aging. PLoS Genetics. 3 (5), e84 (2007).
- Scharer, E., Iggo, R. Mammalian p53 can function as a transcription factor in yeast. Nucleic Acids Research. 20 (7), 1539-1545 (1992).
- Kennedy, B. K. Mammalian transcription factors in yeast: strangers in a familiar land. Nature Reviews Molecular Cellular Biology. 3 (1), 41-49 (2002).
- Belli, G., Gari, E., Piedrafita, L., Aldea, M., Herrero, E. An activator/repressor dual system allows tight tetracycline-regulated gene expression in budding yeast. Nucleic Acids Research. 26 (4), 942-947 (1998).
- Mumberg, D., Muller, R., Funk, M. Regulatable promoters of Saccharomyces cerevisiae: comparison of transcriptional activity and their use for heterologous expression. Nucleic Acids Research. 22 (25), 5767-5768 (1994).
- Weinhandl, K., Winkler, M., Glieder, A., Camattari, A. Carbon source dependent promoters in yeasts. Microbial Cell Factories. 13, 5 (2014).
- Inga, A., Storici, F., Darden, T. A., Resnick, M. A. Differential transactivation by the p53 transcription factor is highly dependent on p53 level and promoter target sequence. Molelcular and Cellular Biology. 22 (24), 8612-8625 (2002).
- Resnick, M. A., Inga, A. Functional mutants of the sequence-specific transcription factor p53 and implications for master genes of diversity. Proceeding of the National Academy of Science USA. 100 (17), 9934-9939 (2003).
- Tomso, D. J., et al. Functionally distinct polymorphic sequences in the human genome that are targets for p53 transactivation. Proceeding of the National Academy of Science USA. 102 (18), 6431-6436 (2005).
- Storici, F., Lewis, L. K., Resnick, M. A. In vivo site-directed mutagenesis using oligonucleotides. Nature Biotechnology. 19 (8), 773-776 (2001).
- Storici, F., Resnick, M. A. The delitto perfetto approach to in vivo site-directed mutagenesis and chromosome rearrangements with synthetic oligonucleotides in yeast. Methods in Enzymology. 409, 329-345 (2006).
- Campomenosi, P., et al. p53 mutants can often transactivate promoters containing a p21 but not Bax or PIG3 responsive elements. Oncogene. 20 (27), 3573-3579 (2001).
- Flaman, J. M., et al. A simple p53 functional assay for screening cell lines, blood, and tumors. Proceedings of the National Academy of Science USA. 92 (9), 3963-3967 (1995).
- Kovvali, G. K., Mehta, B., Epstein, C. B., Lutzker, S. G. Identification of partial loss of function p53 gene mutations utilizing a yeast-based functional assay. Nucleic Acids Research. 29 (5), E28 (2001).
- Shimada, A., et al. The transcriptional activities of p53 and its homologue p51/p63: similarities and differences. Ricerca sul cancro. 59 (12), 2781-2786 (1999).
- Sunahara, M., et al. Mutational analysis of p51A/TAp63gamma, a p53 homolog, in non-small cell lung cancer and breast. Oncogene. 18 (25), 3761-3765 (1999).
- Andreotti, V., et al. p53 transactivation and the impact of mutations, cofactors and small molecules using a simplified yeast-based screening system. PLoS ONE. 6 (6), e20643 (2011).
- Hekmat-Scafe, D. S., et al. Using yeast to determine the functional consequences of mutations in the human p53 tumor suppressor gene: An introductory course-based undergraduate research experience in molecular and cell biology. Biochemistry Molecular Biology Educaction. 45 (2), 161-178 (2017).
- Kato, S., et al. Understanding the function-structure and function-mutation relationships of p53 tumor suppressor protein by high-resolution missense mutation analysis. Proceedings of the National Academy of Science USA. 100 (14), 8424-8429 (2003).
- Monti, P., et al. Transcriptional functionality of germ line p53 mutants influences cancer phenotype. Clinical Cancer Research. 13 (13), 3789-3795 (2007).
- Monti, P., et al. Dominant-negative features of mutant TP53 in germline carriers have limited impact on cancer outcomes. Molecular Cancer Research. 9 (3), 271-279 (2011).
- Leroy, B., et al. The TP53 website: an integrative resource centre for the TP53 mutation database and TP53 mutant analysis. Nucleic Acids Research. 41 (Database issue), D962-D969 (2013).
- Nigro, J. M., Sikorski, R., Reed, S. I., Vogelstein, B. Human p53 and CDC2Hs genes combine to inhibit the proliferation of Saccharomyces cerevisiae. Molecular and Cellular Biology. 12 (3), 1357-1365 (1992).
- Bureik, M., Jungbluth, A., Drescher, R., Wagner, P. Human p53 restores DNA synthesis control in fission yeast. Biological Chemistry. 378 (11), 1361-1371 (1997).
- Leao, M., et al. Alpha-mangostin and gambogic acid as potential inhibitors of the p53-MDM2 interaction revealed by a yeast approach. Journal of Natural Products. 76 (4), 774-778 (2013).
- Hadj Amor, I. Y., et al. Human p53 induces cell death and downregulates thioredoxin expression in Saccharomyces cerevisiae. FEMS Yeast Research. 8 (8), 1254-1262 (2008).
- Leao, M., et al. Novel simplified yeast-based assays of regulators of p53-MDMX interaction and p53 transcriptional activity. FEBS J. 280 (24), 6498-6507 (2013).
- Di Ventura, B., Funaya, C., Antony, C., Knop, M., Serrano, L. Reconstitution of Mdm2-dependent post-translational modifications of p53 in yeast. PLoS ONE. 3 (1), e1507 (2008).
- Leao, M., et al. Discovery of a new small-molecule inhibitor of p53-MDM2 interaction using a yeast-based approach. Biochemichal Pharmacology. 85 (9), 1234-1245 (2013).
- Billant, O., Blondel, M., Voisset, C. p53, p63 and p73 in the wonderland of S. cerevisiae. Oncotarget. 8 (34), 57855-57869 (2017).
- Cho, Y., Gorina, S., Jeffrey, P. D., Pavletich, N. P. Crystal structure of a p53 tumor suppressor-DNA complex: understanding tumorigenic mutations. Science. 265 (5170), 346-355 (1994).
- Muller, P. A., Vousden, K. H., Norman, J. C. p53 and its mutants in tumor cell migration and invasion. Journal of Cellular Biology. 192 (2), 209-218 (2011).
- Oren, M., Rotter, V. Mutant p53 gain-of-function in cancer. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 2 (2), a001107 (2010).
- Walerych, D., Napoli, M., Collavin, L., Del Sal, G. The rebel angel: mutant p53 as the driving oncogene in breast cancer. Carcinogenesis. 33 (11), 2007-2017 (2012).
- Ciribilli, Y., et al. The coordinated p53 and estrogen receptor cis-regulation at an FLT1 promoter SNP is specific to genotoxic stress and estrogenic compound. PLoS ONE. 5 (4), e10236 (2010).
- Menendez, D., Inga, A., Resnick, M. A. Potentiating the p53 network. Discovery Medicine. 10 (50), 94-100 (2010).
- Monti, P., et al. Characterization of the p53 mutants ability to inhibit p73 beta transactivation using a yeast-based functional assay. Oncogene. 22 (34), 5252-5260 (2003).
- Monti, P., et al. Tumour p53 mutations exhibit promoter selective dominance over wild-type p53. Oncogene. 21 (11), 1641-1648 (2002).
- Shiraishi, K., et al. Isolation of temperature-sensitive p53 mutations from a comprehensive missense mutation library. Journal of Biological Chemistry. 279 (1), 348-355 (2004).
- Soussi, T. TP53 mutations in human cancer: database reassessment and prospects for the next decade. Advances in Cancer Research. 110, 107-139 (2011).
- Malkin, D. Li-Fraumeni Syndrome. Genes and Cancer. 2, 474-484 (2001).
- el-Deiry, W. S., Kern, S. E., Pietenpol, J. A., Kinzler, K. W., Vogelstein, B. Definition of a consensus binding site for p53. Nature Genetics. 1 (1), 45-49 (1992).
- Menendez, D., Inga, A., Resnick, M. A. The expanding universe of p53 targets. Nature Reviews in Cancer. 9, 724-737 (2009).
- Ciribilli, Y., et al. Transactivation specificity is conserved among p53 family proteins and depends on a response element sequence code. Nucleic Acids Research. 41 (18), 8637-8653 (2013).
- Smeenk, L., et al. Characterization of genome-wide p53-binding sites upon stress response. Nucleic Acids Research. 36, 3639-3654 (2008).
- Vyas, P., et al. Diverse p53/DNA binding modes expand the repertoire of p53 response elements. Proceeding of the National Academy of Science USA. 114 (40), 10624-10629 (2017).
- Tebaldi, T., et al. Whole-genome cartography of p53 response elements ranked on transactivation potential. BMC Genomics. 16, 464 (2015).
- Wang, T., et al. Species-specific endogenous retroviruses shape the transcriptional network of the human tumor suppressor protein p53. Proceedings of the National Academy of Science USA. 104, 18613-18618 (2007).
- Bond, G. L., et al. A single nucleotide polymorphism in the MDM2 promoter attenuates the p53 tumor suppressor pathway and accelerates tumor formation in humans. Cell. 119 (5), 591-602 (2004).
- Zeron-Medina, J., et al. A polymorphic p53 response element in KIT ligand influences cancer risk and has undergone natural selection. Cell. 155 (2), 410-422 (2013).
- Lion, M., et al. Evolution of p53 transactivation specificity through the lens of a yeast-based functional assay. PLoS ONE. 10 (2), e0116177 (2015).
- Schumacher, B., et al. C. elegans ced-13 can promote apoptosis and is induced in response to DNA damage. Cell Death and Differentiation. 12 (2), 153-161 (2005).
- Jordan, J. J., et al. Low-level p53 expression changes transactivation rules and reveals superactivating sequences. Proceeding of the National Academy of Science USA. 109 (36), 14387-14392 (2012).
- Soares, J., et al. Oxazoloisoindolinones with in vitro antitumor activity selectively activate a p53-pathway through potential inhibition of the p53-MDM2 interaction. European Journal of Pharmaceutical Sciences. 66, 138-147 (2015).
- Leao, M., et al. Enhanced cytotoxicity of prenylated chalcone against tumour cells via disruption of the p53-MDM2 interaction. Life Sciences. 142, 60-65 (2015).
- Soares, J., et al. A tryptophanol-derived oxazolopiperidone lactam is cytotoxic against tumors via inhibition of p53 interaction with murine double minute proteins. Pharmacol Research. 95-96, 42-52 (2015).
- Soares, J., et al. DIMP53-1: a novel small-molecule dual inhibitor of p53-MDM2/X interactions with multifunctional p53-dependent anticancer properties. Molecular Oncology. 11 (6), 612-627 (2017).
- Soares, J., et al. Reactivation of wild-type and mutant p53 by tryptophanolderived oxazoloisoindolinone SLMP53-1, a novel anticancer small-molecule. Oncotarget. 7 (4), 4326-4343 (2016).
- Sharma, V., Monti, P., Fronza, G., Inga, A. Human transcription factors in yeast: the fruitful examples of P53 and NF-small ka, CyrillicB. FEMS Yeast Research. 16 (7), (2016).
- Stepanov, A., Nitiss, K. C., Neale, G., Nitiss, J. L. Enhancing drug accumulation in Saccharomyces cerevisiae by repression of pleiotropic drug resistance genes with chimeric transcription repressors. Molecular Pharmacology. 74 (2), 423-431 (2008).
- Sharma, V., et al. Quantitative Analysis of NF-kappaB Transactivation Specificity Using a Yeast-Based Functional Assay. PLoS ONE. 10 (7), e0130170 (2015).
- Epinat, J. C., et al. Reconstitution of the NF-kappa B system in Saccharomyces cerevisiae. Yeast. 13 (7), 599-612 (1997).
- Inga, A., Reamon-Buettner, S. M., Borlak, J., Resnick, M. A. Functional dissection of sequence-specific NKX2-5 DNA binding domain mutations associated with human heart septation defects using a yeast-based system. Human Molecular Genetics. 14 (14), 1965-1975 (2005).
- Reamon-Buettner, S. M., Ciribilli, Y., Inga, A., Borlak, J. A loss-of-function mutation in the binding domain of HAND1 predicts hypoplasia of the human hearts. Human Molecular Genetics. 17 (10), 1397-1405 (2008).
- Balmelli-Gallacchi, P., et al. A yeast-based bioassay for the determination of functional and non-functional estrogen receptors. Nucleic Acids Research. 27 (8), 1875-1881 (1999).
