Bu protokol, taramalı elektron mikroskopisi kullanılarak endosperm ve nişaste granül morfolojisinin analizi için tahıl tohumlarının enine bölümlerinin (örneğin pirinç) hazırlanmasına izin verir.
Nişasta granülleri (SG’ler), özellikle Poaceae ailesinin endosperminde bitki türlerine bağlı olarak farklı morfolojiler sergiler. Endosperm fenotipleme, taramalı elektron mikroskobik (SEM) analizini kullanarak genotipleri SG morfotipine göre sınıflandırmak için kullanılabilir. SG’ler çekirdekten dilimlenerek (perikarp, aleuron katmanları ve endosperm) ve organeller içeriği açığa açığa alarak SEM kullanılarak görselleştirilebilir. Mevcut yöntemler, pirinç çekirdeğinin plastik reçineye gömülmesini ve bir mikrotom kullanılarak bölümlere ayrıştırılmasını veya kesilmiş bir pipet ucuna gömülmesini ve jilet kullanılarak elle bölümlerek kesilmesini gerektirir. Eski yöntem özel ekipman gerektirir ve zaman alıcıdır, ikincisi ise pirinç genotipine bağlı olarak yeni bir dizi sorun ortaya sunar. Tebeşirli pirinç çeşitleri, özellikle, endosperm dokularının kırılgan doğası nedeniyle bu tür kesitler için bir sorun teşkil ediyor. Burada sunulan, sadece pipet uçları ve neşter bıçağı gerektiren mikroskopi için yarı saydam ve tebeşirli pirinç çekirdeği bölümlerini hazırlamak için bir tekniktir. Pipet ucunun sınırları içindeki bölümlerin hazırlanması, pirinç çekirdeği endosperminin parçalanmasını (yarı saydam veya ‘vitreus’ fenotipler için) ve parçalanmasını (tebeşirli fenotipler için) önler. Bu teknik kullanılarak endosperm hücre deseni ve sağlam SG’lerin yapısı gözlenebilir.
Nişasta granülleri (SG’ler), özellikle Poaceae ailesinin endosperminde bitki türlerine bağlı olarak farklı morfolojiler sergiler1,2. Endosperm fenotipleme, taramalı elektron mikroskobik analizi kullanılarak SG fenotipine dayalı genotipleri sınıflandırmak için kullanılabilir. SG’ler, çekirdeği dilimleyerek ve endosperm hücre duvarlarını çıkararak taramalı elektron mikroskopisi (SEM) kullanılarak görselleştirilebilir2.
Bu tekniğin amacı, enine pirinç çekirdeği bölümlerini sadece hızlı SEM analizi için kolayca hazırlamaktır. Bu tekniğin geliştirilmesi, minimal ekipman kullanılarak görselleştirmeden hemen önce SEM mikroskopisi için numunelerin hazırlandığı hızlı bir kesit yaklaşımının gerekliliği ile motive edildi.
Bu teknik, tamamen hareketsiz hale getirilmesi için kabuklu pirinç çekirdeğinin pipet ucuna yerleştirilmesini içerir. Bu, özellikle, kırılgan ve basınç altında kolayca ufalanan tebeşirli pirinç çekirdeği fenotiplerini kesişirken önemlidir3. Tebeşirleme, çekirdeğin görünümünü etkilediği ve parlatma ve frezeleme sırasında çekirdeğin kolayca kırılmasına neden olduğu için pirinçte istenmeyen bir kalitedir3. Tebeşirlik, çekirdeğin çıplak gözle gözlemlenebilen bir kesitinde opak bir alan olarak ortaya çıkan; mikroskobik düzeyde, tebeşirlik küçük, gevşek paketlenmiş nişasta granülleri ile karakterizedir. Tebeşirliliğin nedenleri genetik4,5 veya çevresel6,7olabilir.
Tahıl tohumu kesitleri geleneksel olarak kimyasal sabitleme yöntemleri kullanılarak ve parafin balmumuna veya başka bir katı matris 4 , 8,9,10’akatı gömmeden sonra bölümleme kullanılarak hazırlanmıştır. 2010 yılında, Matsushima yöntemi karmaşık ve zaman alıcı pirinç çekirdeği numunesi hazırlanmasından kaçınmanın bir yolu olarak tanıtıldı4. Bu yöntem, kabuklu pirinç çekirdeğinin kesilmiş bir pipet ucuna yerleştirilmesini içeriyordu. Uç bir blok düzeltici tarafından sabit tutulur ve ince, kısmi endosperm bölümleri elde tutulan bir jilet kullanılarak toplanır. 2016 yılında geliştirilen başka bir hızlı teknik, tebeşirli çeşitler de dahil olmak üzere çok çeşitli kuru tohumların ince bütün kesitine izin verildi10. Bu yöntemler burada sunulan hızlı tekniğin gelişimini motive etti.
Bu yeni teknik, SEM kullanarak endosperm fenotipleme ve nişasta morfoloji analizi için pirinç çekirdeklerinin bozulmamış enine kesitlerini elde etmek isteyen araştırmacılar için uygundur.
Bu protokol, Matsushima kesilmiş pipet ucu yöntemi4‘ün birkaç önemli değişiklikle bir uyarlamasını temsil eder: (1) çekirdekler tekniğin herhangi bir noktasında imbibed değildir; (2) bölümleri hazırlamak için ne bir blok düzeltici ne de bir ultramikrotom gereklidir. Bu çalışmada vahşi bir ‘yarı saydam’ kültivar(Oryza sativa L. ssp. japonica cv. Nipponbare) ve nipponbare mutajize edilmiş ‘tebeşirli’ bir çizgi (ssg1, standart altı nişasta tanesi1)4 incelenmiştir. Bu iki kültivar, yarı saydam ve tebeşir tipi pirinç bölümlerinin işlenmesindeki teknik ve görsel farklılıkları göstermek için buradaki analiz için seçildi.
Burada sunulan teknik, masaüstü SEM görselleştirmesi için enine pirinç kesitleri hazırlamaya yönelik hızlı, basit ve keskin bir yaklaşımı temsil eder. Bu kesit tekniği endosperm yapısının, endosperm hücre şeklinin, boyutunun ve deseninin, bileşik granüllerin ve nişaste morfolojisinin hızlı bir şekilde gözlemlenmesine olanak tanır. Endosperm fenotipleme ve germplasm taraması amacıyla, pirinç çekirdeğinin 4,23,24kesitinin tamamını elde etmek önemlidir. Neşter bıçağının basıncının endosperim’i parçalanmaya veya parçalanmaya zorlamasını önlemek için çekirdeği tamamen pipet ucuna yerleştirmek çok önemlidir. ‘Teleskop’ montajının düzgün bir şekilde inşa edilmesi koşuluyla, numuneler tipik bir laboratuvar ortamında zaten mevcut malzemelerin kullanılarak 15 saniye içinde(Tablo 2)görselleştirme için hazırlanabilir. Bu teknik, çapı yaklaşık dört milimetre olan herhangi bir elipsoidal tohumun en geniş noktasında kesiti için geçerlidir. Model çim Brachypodium distachyon tohumları (Şekil S2A) benzer şekilde bölümlerek olabilir, ancak annulus içinde kapalı kalmaz. Buğday gibi daha büyük tohumlar kolayca kırılır ve kesitlerken bakım gerektirir (Şekil S2B).
Ancak, burada sunulan tekniğin birkaç sınırlaması vardır. Bu teknik kullanılarak elde edilen bölümler, parlak alan (pirinç çekirdeği bölümleri için 500 μm maksimum numune kalınlığı25)ve iletim elektron mikroskopisi (TEM) (500 nm maksimum numune kalınlığı26) gibi iletilen ışık bazlı mikroskobik yaklaşımlar için bu tekniğin kullanılmasını yasaklayan ışığın geçmesi için yeterince ince değildir. ). Pipet ucunun kesit ‘matrisi’ olarak kullanılması, bu teknik kullanılarak bölümlendirilebilen tohumun boyutunu da sınırlar. Pirinçten oldukça farklı türler için bu tekniği uyarlamak için daha fazla sorun giderme gerekir ve ‘matrisin’ boyutu satın alınabilecek pipet uçlarının boyutu ile sınırlıdır.
Bu tekniğin sağladığı bir diğer belirgin avantaj da tebeşirli fenotip pirinç çekirdeklerinden üretilebilen örneklerin kalitesidir. Matsushima çalışmasının bile tebeşirli fenotipler için bu özel yöntemi kullanarak kesit eldeetmeninzor olduğunu kabul ettiğini belirtmek gerekir 4 Bu çalışmada karşılaştırma amacıyla çoğaltıldığı gibi (Şekil 1S). Onların durumunda, tebeşirli pirinç örneklerini kimyasal olarak sabitlemek ve bölümleme için reçineye gömmek gerekli hale geldi. Yeni teknik, masaüstü SEM görüntüleme ile birlikte, araştırmacının pirinç çekirdeklerinin enine bölümlerini mikroskobu için immobilizasyon desteği olmadan daha fazla tutarlılıkla kolayca hazırlamasını sağlar (Tablo 3).
Fenomik ve metabolomik yeni çağda, nişastanın tohumlardaki işlevini ve önemini daha iyi anlamak için mutajen çizgilerini ve transposon etiketli kütüphaneleri izlemek önemlidir. Ayrıca, Uluslararası Pirinç Gen Bankası 130.000’den fazla pirinç katılımını elinde bulundursa27. Burada sunulan gibi hızlı bir tohum fenotipleme tekniği, beslenme kalitesi için sınıflandırma ve örneklemesi hızlandırır28. Son olarak, bu teknik iklim değişikliği etkilerinin aşınması ışığında yararlı olabilir. Tahıl doldurma sırasında mevsimsel yüksek sıcaklık stresi zaten tebeşirlemenin önemli bir nedeni olarak tanımlanmıştı6, ancak son çalışmalar pirinç veriminin artan tebeşirliliğine artan küresel sıcaklıkları7,29’abulaştırdı. Bu tür hızlandırılmış endosperm fenotipleme, artan küresel sıcaklıkların etkisinin geniş bir tarımsal görüntüsünü sağlamaya yardımcı olabilir.
The authors have nothing to disclose.
Yazarlar, Phenom ProX Desktop SEM enstrümanlarının yanı sıra Maria Pilarinos (Systems for Research (SFR) Corp.) ve Chloë van Oostende-Triplet (Hücre Biyolojisi ve Görüntü Alma Çekirdek Tesisi, Ottawa Üniversitesi Tıp Fakültesi) tarafından sağlanan teknik yardım için Systems for Research’e (SFR Corp.) minnettardır. Ontario Ekonomik Kalkınma, İş Yaratma ve Ticaret Bakanlığı ve Proteinler Easy Corp. Hükümeti’nden Düşük Karbon İnovasyon Fonu (LCIF) tarafından finansman sağlandı.
JMP 15 | SAS | N/A | N/A |
Leit Adhesive Carbon Tabs 12 mm (Pack of 100) | Agar Scientific | AGG3347N | N/A |
Phenom Pro Desktop SEM | Thermo Scientific | PHENOM-PRO | N/A |
Pipette Tips RC UNV 250 µL | Rainin | 17001116 | N/A |
SEM Pin Stub Ø12.7 Diameter Top, Standard Pin, Aluminium | Micro to Nano | 10-002012-50 | N/A |
Shandon Microdissecting Fine Tips Thumb Forceps, Fine Tips, 12.7 cm | Thermo Scientific | 3120019 | N/A |
Shandon Scalpel Blade No. 20, Sterile, 4.5 cm | Thermo Scientific | 28618256 | N/A |
Shandon Stainless-Steel Scalpel Blade Handle | Thermo Scientific | 5334 | N/A |
Zeiss V20 Discovery Stereomicroscope | Zeiss | N/A | N/A |