Isolamento e identificazione congiuntivale dei commensali nei topi

Kirsten Smith-Page; Abirami Kugadas; Tiffany Lin; Mary Delaney; Lynn Bry; Mihaela Gadjeva

doi:10.3791/61672

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Articolo metodologico

Isolamento e identificazione congiuntivale dei commensali nei topi

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DOI:

10.3791/61672

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1 maggio 2021

Kirsten Smith-Page¹ , Abirami Kugadas¹ , Tiffany Lin¹ , Mary Delaney²^,³ , Lynn Bry²^,³ , Mihaela Gadjeva¹

¹Department of Medicine, Division of Infectious Diseases, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School, ²Massachusetts Host-Microbiome Center, Department of Pathology, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School, ³Clinical Microbiology Laboratory, Department of Pathology, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School

In questo articolo

Sommario

Qui è presentato un protocollo per l'isolamento e l'amplificazione di batteri commenali congiuntivali anaerobici aerobici e facultativi del topo utilizzando un tampone oculare unico e una fase di arricchimento basata sulla coltura con successiva identificazione con metodi microbiologici basati e spettrometria di massa MALDI-TOF.

Abstract

La superficie oculare era un tempo considerata immune privilegiata e abiotica, ma recentemente sembra che ci sia una piccola ma persistente presenza commerciale. L'identificazione e il monitoraggio delle specie batteriche nella mucosa oculare sono stati impegnativi a causa della loro bassa abbondanza e della limitata disponibilità di una metodologia appropriata per la crescita e l'identificazione commensal. Esistono due approcci standard: metodi basati sulla cultura o sequenziamento del DNA. Il primo metodo è problematico a causa dei batteri recuperabili limitati e il secondo approccio identifica sia i batteri vivi che morti che portano a una rappresentazione aberrante dello spazio oculare. Abbiamo sviluppato un metodo robusto e sensibile per l'isolamento batterico basandoci su tecniche di coltivazione microbiologiche standard. Questa è una tecnica a base di tampone, utilizzando un tampone sottile "in-lab" realizzato che si rivolge alla congiuntiva inferiore, seguita da una fase di amplificazione per i generi anaerobici aerobici e facultativi. Questo protocollo ci ha permesso di isolare e identificare specie congiuntivali come Corynebacterium spp., Coagulase Negative Staphylococcus spp., Streptococcus spp. L'approccio è adatto a definire la diversità commenale nei topi in diverse condizioni di malattia.

Introduzione

Lo scopo di questo protocollo è quello di migliorare l'isolamento specifico di microbi anaerobici aerobici e facultativi vitali e rari dalla congiuntiva oculare per caratterizzare il microbioma oculare. Studi approfonditi hanno profilato le comunità mucose commenali sulla pelle, l'intestino, le vie respiratorie e genitali e mostrano che queste comunità influenzano lo sviluppo del sistema immunitario^{e la risposta 1,}^2,³. Le comunità commenali oculari hanno dimostrato di cambiare durante alcune patologie della malattia, come la malattia dell'occhio^{secco 4,}