Denne protokol beskriver, hvordan man udfører optogenetiske eksperimenter til kontrol af genekspression med rødt og langt rødt lys ved hjælp af PhyB og PIF3. Inkluderet er trinvise instruktioner til opbygning af et enkelt og fleksibelt belysningssystem, som muliggør kontrol af genekspression eller anden optogenetik med en computer.
Kontrol af biologiske processer ved hjælp af lys har øget nøjagtigheden og hastigheden, hvormed forskere kan manipulere mange biologiske processer. Optisk kontrol giver mulighed for en hidtil uset evne til at dissekere funktion og har potentialet til at muliggøre nye genetiske terapier. Imidlertid kræver optogenetiske eksperimenter tilstrækkelige lyskilder med rumlig, tidsmæssig eller intensitetskontrol, ofte en flaskehals for forskere. Her beskriver vi, hvordan man bygger et billigt og alsidigt LED-belysningssystem, der let kan tilpasses til forskellige tilgængelige optogenetiske værktøjer. Dette system kan konfigureres til manuel eller computerstyring med justerbar LED-intensitet. Vi leverer en illustreret trin-for-trin guide til opbygning af kredsløbet, hvilket gør det computerstyret og konstruerer lysdioderne. For at lette samlingen af denne enhed diskuterer vi også nogle grundlæggende loddeteknikker og forklarer kredsløbet, der bruges til at styre lysdioderne. Ved hjælp af vores open source-brugergrænseflade kan brugerne automatisere præcis timing og pulsering af lys på en personlig computer (pc) eller en billig tablet. Denne automatisering gør systemet nyttigt til eksperimenter, der bruger lysdioder til at kontrollere gener, signalveje og andre cellulære aktiviteter, der spænder over store tidsskalaer. For denne protokol kræves der ingen forudgående ekspertise inden for elektronik for at bygge alle de nødvendige dele eller bruge belysningssystemet til at udføre optogenetiske eksperimenter.
Optogenetiske værktøjer bliver allestedsnærværende, og ny teknologi udvikles konstant til optisk styring af biologiske processer såsom genekspression, cellesignalering og mange flere 1,2,3. Evnen til at styre cellulære processer med lys giver mulighed for hurtig kinetik, stram rumlig kontrol og dosisafhængig regulering, der kan styres af lysintensitet og eksponeringstid. For at bruge disse værktøjer er en enhed til styring af disse parametre nødvendig. Vi har for nylig udviklet en genetisk kodet PhyB-PIF3 pattedyrs genkontakt, der reversibelt aktiverer og deaktiverer gener ved hjælp af henholdsvis rødt/langt rødt lys4. Dette system blev testet i flere pattedyrcellelinjer og muliggjorde uovertruffen induktion af genekspression selv med meget små mængder lys, herunder lysimpulser. Forskere, der ønsker at bruge PhyB-kontakten og lignende værktøjer 5,6, anmoder ofte om oplysninger om metoder til styring af belysningens intensitet og varighed. Derfor udviklede vi denne protokol med trinvise instruktioner for at muliggøre bredere anvendelse af disse værktøjer til optogenetik.
Før den udbredte anvendelse af lysdioder blev bredbåndslyskilder med filtre brugt til at studere lysresponsive proteiner såsom fytokromer7. For nylig, nogle LED-belysningssystemer er blevet offentliggjort sammen med optogenetiske værktøjer 8,9,10,11,12, men disse protokoller kan kræve betydelig ekspertise inden for elektronik / software, kræve specialudstyr (f.eks. 3D-printere, laserskæremaskiner eller fotomasker) eller giver ikke de trinvise instruktioner, som nogle forskere skal implementere til deres forskningsbehov. Mens uafhængig kontrol af individuelle brønde i en multibrøndplade kan være nyttig, er det ofte unødvendigt, når forskere kun behøver at sammenligne flere forskellige prøver i lyst og mørkt eller rødt lys versus langt rødt lys. Mange eksisterende kommercielle systemer er også dyre med begrænset tilpasningsevne. Imidlertid er LED’erne beskrevet i denne protokol omkostningseffektive, lyse, og kan monteres på mange måder; Derfor kan de bruges til at belyse flere forskellige typer prøver. Med protokollen og den medfølgende software kan lysdioder, der spænder fra ultraviolet (UV) til NIR, bruges og styres med software til at udføre optogenetiske eksperimenter ved hjælp af UVR8 13,14, Dronpa 15,16, LOV-domæner 17,18, Step Function Opsins 19,20, CRY2 21,22, PhyB 4,23,24 ,25, bakterielle fytokromer26,27,28,29 og andre lysfølsomme systemer 30,31,32.
Denne protokol udgør en tutorial til samling af kredsløb og anden hardware, der er nødvendig for at kontrollere forskellige parametre til lysstimulering samt de molekylære / cellulære værktøjer til at køre et optogenetisk eksperiment. Derudover rapporterer vi plasmider optimeret fra Kyriakakis et al.4 , der er mindre og mere stabile til kloning. Gennem denne protokol kan biologer uden ekspertise inden for elektronik og optik bygge belysningssystemer, der er fleksible og robuste. På en trinvis måde viser vi, hvordan man bygger LED-systemer og fjerner den tekniske flaskehals for en bredere anvendelse af optogenetiske værktøjer. Dette system kan let bruges i de fleste cellekulturinkubatorer, selvom de ikke indeholder trådporte. For eksempel har vi opbevaret LED-systemet i en befugtet CO2 -inkubator kontinuerligt i mere end 6 måneder uden fald i ydeevnen. Vi forklarer også, hvordan du forbinder LED-systemet til en computer og forbinder det med open source-software, vi leverer på GitHub (https://github.com/BreakLiquid/LED-Control-User-Interfaces). Opbygning af et system ved hjælp af denne protokol giver forskere den grundlæggende viden til at fejlfinde potentielle problemer, udskifte dele og forbedre / udvide funktionaliteter.
Systemoversigt
Opbygning af belysningssystemet involverer (1) opbygning af det elektroniske kredsløb, (2) opbygning af periferiudstyr (strømforsyningsledning, afbryder osv.), (3) opbygning af lysdioderne, (4) samling af alle disse komponenter og (5) installation af softwaren til styring af lysdioderne med en brugergrænseflade (figur 1A). Når belysningssystemet er færdigt, kan det styre op til fire lysdioder uafhængigt med en brugergrænseflade (figur 1B). Brugergrænsefladen gør det muligt for hver LED at pulsere med bestemte tidsintervaller og slukke efter et bestemt tidspunkt. Der er også en startforsinkelse for at starte belysningsprogrammer på et bestemt tidspunkt. Potentiometre (POT’er) regulerer hver LED’s intensitet uafhængigt eller kan bruges til manuel LED-kontrol uden en computer. Ledningerne til lysdioderne kan være enhver brugerdefineret længde, så de let kan placeres i en inkubator eller laboratorieplads. På grund af disse lysdioders høje effekt kan de bruges til at belyse et stort område med en enkelt LED på afstand.
Beskrivelse af LED-driver
For at drive og kontrollere LED’ernes intensitet gennemgår denne protokol trin for at opbygge en “LED-driver”. Hver LED har en række spændinger, hvor den fungerer (figur 1C). Under drift kan regulatorens udgangsspænding, som styrer lysintensiteten, indstilles af et potentiometer. POT varierer modstanden og justerer udgangsspændingen/lysstyrken. Tuning med en 1kΩ (1 kilo-ohm) POT giver det, vi kalder “højspændingskredsløbet” og har en rækkevidde på 1,35 V til 2,9 V. Da 2,9 V er for høj til betjening af lavspændings-LED’erne (figur 1C), viser vi en enkelt ændring (modstand 3 eller “R3” supplerende figur 1A), der begrænser rækkevidden til at matche lavspændings-LED’erne. R3 tjener til at reducere den maksimale spænding, der påføres LED’erne, til 1,85 V (samling beskrevet i supplerende figur 8), når den er parallel med potentiometeret. Ved at bruge spænding til at styre lysstyrken i stedet for strøm er systemet mere fleksibelt til lysdioder med forskellige driftsspændinger. Figur 1C indeholder en liste over høj- og lavspændings-LED’er til at guide det optimale kredsløbsvalg. Dette design holder minimumsspændingen lav nok, så LED’en er helt slukket, når potentiometeret er slukket, og tillader ikke, at spændingen går over LED’ens typiske driftsspænding. Til PhyB-optogenetik bruger vi dybe røde og langt røde lysdioder, der bruger lavspændingskredsløbet.
Beskrivelse af LED-computerstyringssystem
LED-belysningssystemet kan bruges til konstant belysning uden computer eller mikrocontroller. Til pulserende programmer og til styring af individuel LED-timing skal der dog installeres en mikrocontroller. For at bruge en mikrocontroller til at styre lysdioderne kræves en transistor for at forbinde mikrocontrolleren til kredsløbet. Denne transistor registrerer spænding fra mikrocontrolleren og skifter fra at være ledende eller isolerende. For at styre “on” og “off” bruger vi det, der kaldes en “NPN switching type transistor” (2N2222) som en kontrollerbar shunt over R2 (supplerende figur 1A). Når spændingen fra mikrocontrolleren påføres transistorbasen, transistoren bliver ledende og gør LED-spændingen lav og slukker LED’en. Således styres LED og transistorens tænd og sluk-tilstande direkte af mikrocontrolleren, som styres af den software, der er installeret på pc’en.
For at fremstille belysningssystemet kræves følgende trin: Byg det elektriske kredsløb; bygge strømforsyningen, manuel afbryder, POT’er og mikrocontrollerforbindelse; bygge lysdioderne; rumme en sort boks, der passer til belysningssystemet; tilslut alle ledninger og enheder; installer LED-styringssoftwaren, stimulere cellerne med lys; Mål genekspression ved hjælp af et dobbelt luciferase-assay.
LED-systemet beskrevet her er blevet brugt i vores laboratorium til at optimere, karakterisere og arbejde med flere optogenetiske værktøjer. I Kyriakakis et al.4 testede vi mange kombinationer af PhyB-PIF-genskift parallelt. Vi brugte derefter dette system til at teste lysimpulser ved forskellige frekvenser for at måle genskiftekinetikken og den effektive lysintensitet. Dette system blev også brugt til at optimere og karakterisere to optogenetiske systemer, der bruger blåt lys til stimulering 5,6. Da kun en LED skulle være lys nok til at aktivere de fleste optogenetiske værktøjer, er det ikke altid nødvendigt at købe et system med et stort antal lysdioder over hver brønd. Denne opsætning er billig, pålidelig, nem at omkonfigurere og kræver ingen forudgående elektrisk ekspertise for at følge monteringsprotokollen.
I de supplerende supplerende figurer 31-38 beskriver vi, hvordan op til fire lysdioder kan indbygges i systemet. Selvom dette kan begrænse nogle eksperimenter, der kræver et stort antal parallelle forhold, kan flere lysdioder tilføjes ved at erstatte 9 Volt strømforsyningen, der bruges i denne protokol, med en højere watt. På samme måde kan flere LED’er med lavere effekt tilsluttes parallelt med hvert kredsløb. I sidstnævnte arrangement styres nogle lysdioder ikke individuelt, men dette kan være nyttigt, når der kræves mange lysdioder for at dække et større område. Når du først er fortrolig med elektronikken i dette system, er der mange måder at tilpasse det på. Yderligere strategier til tilpasning af systemet inkluderer placering af LED’en længere eller tættere på prøven og belysning gennem filtre / diffusorer for homogene belysningsforhold eller for at forhindre opvarmning som i (supplerende figur 23) og Allen et al.5. Et andet bemærkelsesværdigt træk ved vores LED-design er, at det er indkapslet i epoxy og har en berøringslukning på bagsiden; dette gør det muligt at placere LED’en sikkert med lethed stort set overalt: i inkubatorer, akvarier, dyrebure, vægge osv.
Mange eksperimenter, der bruger optogenetik til at kontrollere gener, signalveje og anden cellulær aktivitet, kræver ofte pulsering, spænder over store tidsskalaer eller skal udføres i en inkubator, hvilket kræver automatisering eller fjernmanipulation uden mikroskop. Dette LED-system er blevet testet kontinuerligt i flere måneder inde i en befugtet CO2 -inkubator uden problemer. Derudover kan eksperimentatoren med reversible systemer såsom PhyB optogenetiske systemer muligvis programmere specifikke pulserende belysningsplaner. I vores tidligere arbejde4 brugte vi pulserende programmer til at teste reversibilitetsdynamikken af en PhyB-PIF3-switch i pattedyrceller gennem brugergrænsefladen. Ved hjælp af den metode, der er beskrevet i dette manuskript, er programmering af en pulserende protokol let, hvilket giver den fleksibilitet og autonomi, der er nødvendig for mange typer optogenetiske eksperimenter på en brugervenlig måde.
De mest kritiske trin i opbygningen af dette system inkluderer at sammensætte det elektriske kredsløb på printkortet og forbinde komponenterne, som er beskrevet i afsnit 1 og afsnit 2. Det er vigtigt nøje at følge hvert trin i disse sektioner og dobbelttjekke pinhole-numrene linje for linje, før du lodder hver komponent. Afsnit 2 forklarer, hvordan du konfigurerer de komponenter, der skal tilsluttes kredsløbet. For at komponenterne tilsluttes i den rigtige retning, er det især vigtigt at sikre, at farverne på de sorte og røde ledninger på ledning-til-tråd-stikkene matcher. Små forglemmelser i disse to sektioner vil meget sandsynligt påvirke systemets funktionalitet. Faktisk vil det første trin i fejlfinding af denne metode være at kontrollere, at kredsløbet blev bygget korrekt, og at alle forbindelser er på plads. For det andet er det særlig vigtigt at kontrollere loddekvaliteten for løse forbindelser og ledningerne til flaring af trådhår, der kan kortslutte kredsløbet. Et tredje trin ville være at sikre, at lysdioderne fungerer korrekt, hvilket kan gøres ved hjælp af en strømforsyning eller et 1,5 V batteri ved at klippe LED’ens to terminaler med alligatorklip. En anden potentielt kritisk overvejelse er at forhindre opvarmning (når du bruger LED’erne ved høj effekt) eller diffundere lyset for bredere spredt belysning. For at imødekomme disse overvejelser kan LED’erne monteres uden for en sort boks med “privatlivsfilm” på indersiden, som beskrevet i supplerende figur 23 og Allen et al.5. På grund af enkelheden i dette system er det ikke svært at skille det ad for at verificere, ændre, opgradere eller reparere modulære komponenter.
En anden kritisk faktor for inducerbare gensystemer er at overveje, hvor meget aktivering der kræves, eller hvor meget lækage der er acceptabel for det biologiske system, der kontrolleres. Som vist i figur 6 kan disse variere med mængden af reporter-DNA. Derudover vil transfektionseffektiviteten og derfor kopiantallet af reporterkonstruktioner i hver celle variere. Det kan være fordelagtigt for nogle eksperimenter at lave en cellelinje med en fast mængde reporter- eller PhyB-genkontaktkomponenter og screene for kloner med det ønskede interval af induceret ekspression, som det almindeligvis gøres med lægemiddelinducerbare systemer. På grund af størrelsen og ustabiliteten af lentiviral plasmid pPK-2304 lavede vi også ikke-lentivirale plasmidversioner af PhyB-kontakten i pcDNA-rygraden pPK-351 (Addgene #157921) og pPK-352 (Addgene #157922).
Ved at opbygge dette LED-belysningssystem efter denne protokol, brugere har alle de nødvendige komponenter til at udføre en bred vifte af optogenetiske eksperimenter in vitro og in vivo. Kombineret med instruktionerne til brug af PhyB-PIF3 i pattedyrceller vil denne protokol give ikke-ingeniører og biologer mulighed for fleksibelt og effektivt at bruge PhyB-baseret optogenetik i en række sammenhænge.
The authors have nothing to disclose.
Vi vil gerne takke Yingxiao (Peter) Wang, Ziliang Huang og Molly Allen for at teste forskellige versioner af LED-systemet, da det blev udviklet. Dette arbejde blev støttet af Kavli Institute for Brain and Mind ved UC San Diego og Salk Institute, National Science Foundation gennem NSF Center for Science of Information under Grant CCF-0939370, NIH Grant NS060847 og NIH Grant R21DC018237.
18AWG 2pin RED Black wire | Amazon | 15M-28AWG-2468 | Inexpensive wire to connect LEDs to the power circuit. https://www.amazon.com/gp/product/B072KGYH1M/ref=oh_aui_detailpage_o05_s00?ie=UTF8&psc=1 |
1K Ohm potentiometer | Amazon | 52161500 | 2 x 1K Ohm potentiometer potential + 2 x black control Knob. https://www.amazon.com/gp/product/B00XIWA2GO/ref=oh_aui_detailpage_o00_s00?ie=UTF8&psc=1 |
20 Gauge Silicone JST Connector | Amazon | SIM&NAT 5.9 inch 2 Pin Male Female JST RCY Plug Connectors | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/gp/product/B071XN7C43/ref=oh_aui_detailpage_o00_s01?ie=UTF8&psc=1 |
22 AWG solid jumper wires | Amazon | WJW-60B-R | Jameco Valuepro WJW-60B-R Wire Jumper Kit 350 each 22 AWG, 14 Lengths 10 Colors 25 Of Each Length. https://www.amazon.com/Jameco-Valuepro-WJW-60B-R-Jumper-Lengths/dp/B01KHWEB3W/ref=sr_1_5?s=industrial&ie=UTF8&qid=1519261370&sr=1-5&keywords=solid+wire+breadboard&dpID=51UopZhPJeL&preST=_SX342_QL70_&dpSrc=srch |
560 ohm 1/2watt 1% tolerance | Amazon | a14051600ux0301 | Uxcell a14051600ux0301 60 Piece Axial Lead 1% Tolerance Colored Ring Metal Film Resistor Resistance, 560 Ohm 1/2W. https://www.amazon.com/a14051600ux0301-Tolerance-Colored-Resistor-Resistance/dp/B016ZU2DGC/ref=pd_day0_328_9?_encoding=UTF8&pd_rd_i=B016ZU2DGC&pd_rd_r=XTM6KHQ3NT8DHWB1QWZN&pd_rd_w=txGNx&pd_rd_wg=ELyii&psc=1&refRID=XTM6KHQ3NT8DHWB1QWZN |
820 ohm 1/2watt 1% tolerance | Amazon | TTL-A-8035-50Ea | Set of 50Ea Metal Film Resistor 820 Ohm 1% 1/2W (0.5W). https://www.amazon.com/50Ea-Metal-Film-Resistor-0-5W/dp/B00VGU2SS0/ref=sr_1_14?s=industrial&ie=UTF8&qid=1518045187&sr=1-14&keywords=1%2F2W+820+Ohm+resistor |
A Male to B Male Cable (10 Feet) | Amazon | Part# 30-001-10B | The cable that comes with the Arduino doesn't fit well in the box. https://www.amazon.com/gp/product/B001MSU1HG/ref=oh_aui_detailpage_o07_s00?ie=UTF8&psc=1 |
Ardiuino UNO equivilent | Amazon | Elegoo EL-CB-001 | UNO R3 Board ATmega328P ATMEGA16U2 with USB Cable for Arduino. https://www.amazon.com/gp/product/B01EWOE0UU/ref=oh_aui_detailpage_o03_s00?ie=UTF8&psc=1 |
Arduino holder | Digikey | X000018 | Fits very snug. https://www.digikey.com/product-detail/en/arduino/X000018/1050-1150-ND/8135632 |
Black boxes for circuits and light chambers | Amazon | 1591ESBK | Hammond 1591ESBK ABS Project Box Black. https://www.amazon.com/gp/product/B0002BSRIO/ref=oh_aui_detailpage_o07_s00?ie=UTF8&psc=1 |
Blue LED | Digikey | LXML-PB01-0040 | LED LUXEON REBEL BLUE SMD. Uses "Saber 20 mm Star base" https://www.digikey.com/product-detail/en/lumileds/LXML-PB01-0040/1416-1029-1-ND/3961134 |
Cable ties | Amazon | sd027 | Tarvol Nylon Zip Ties (Pack of 100) 8 Inch with Self Locking Cable Ties (White). https://www.amazon.com/Tarvol-Nylon-Locking-Cable-White/dp/B01MRD0JRR/ref=sr_1_7?s=hi&ie=UTF8&qid=1519261882&sr=1-7&keywords=Cable+ties&dpID=51zUNmuUjyL&preST=_SY300_QL70_&dpSrc=srch |
Command Fridge Clips | Amazon | 17210CLR | Clips for holding circuit board inside of the black box. Command strips can also be used. https://www.amazon.com/gp/product/B0084M69YM/ref=oh_aui_detailpage_o00_s01?ie=UTF8&psc=1 |
Cyan LED | Digikey | LXML-PE01-0070 | LED LUXEON REBEL CYAN SMD. Uses "Saber 20 mm Star base" https://www.digikey.com/products/en?keywords=1416-1031-1-nd |
Electrical tape – 3M Scotch #35 Electrical Tape Value Pack | Amazon | 03429NA | Scotch 700 Electrical Tape, 03429NA, 3/4 in x 66 ft. https://www.amazon.com/Scotch-Electrical-Tape-4-Inch-66-Foot/dp/B001ULCB1O/ref=psdc_256161011_t1_B001B19FDK |
Farred LED 720nm | Luxeon Star LEDs | LXML-PF01 | Far Red (720nm) LUXEON Rebel LED. Uses "Saber 20 mm Star base" https://www.luxeonstar.com/lxml-pf01-far-red-luxeon-rebel-led-260mW |
Farred LED 740nm | Ushio | EDC740D-1100-S5 | Uses "STAR XP 3535" base https://www.ushio-optosemi.com/jp/products/led/power/pdfs/edc/EDC740D-1100-S5.pdf |
Farred LED 780nm | Ushio | EDC780D-1100 | Uses "STAR XP 3535" base http://www.ushio-optosemi.com/jp/products/led/power/pdfs/edc/EDC780D-1100.pdf |
Farred LED 810nm | Ushio | EDC810D-1100 | Uses "STAR XP 3535" base http://www.ushio-optosemi.com/jp/products/led/power/pdfs/edc/EDC810D-1100.pdf |
Farred LED 850nm | Ushio | EDC850D-1100 | Uses "STAR XP 3535" base http://www.ushio-optosemi.com/jp/products/led/power/pdfs/edc/EDC850D-1100.pdf |
Grommets | Amazon | Pico 6120D | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/Pico-6120D-Vinyl-Grommets-Package/dp/B0002ZG47G |
Hair/Alligator Clips | Amazon | 1-3/4 Inch (45 Mm)- Hair Clips Single Prong Metal Alligator Clips Hairbow Accessory -Silver,50 Pcs. https://www.amazon.com/gp/product/B00K09T3L8/ref=oh_aui_detailpage_o00_s00?ie=UTF8&psc=1 |
|
LED base | Luxeon Star LEDs | LXB-RS20A | Saber 20 mm Star Blank Aluminum MCPCB Base For Rebel LEDs https://www.luxeonstar.com/saber-20mm-star-blank-mcpcb-base-for-a-rebel-leds |
LED PCB fopr Ushio LEDs | Adura LED solutions | STAR XP 3535 Package LED | Fits many other LEDs by Ushio http://aduraled.com/product/pcb/1901-star-xp-3535-package-led |
Loctite Epoxy Clear Multi-Purpose, 0.85-Fluid Ounce Syringe | Amazon | 1943587 | Loctite Epoxy Clear Multi-Purpose, 0.85-Fluid Ounce Syringe. https://www.amazon.com/Loctite-Multi-Purpose-0-85-Fluid-Syringe-1943587/dp/B011INNBN0/ref=psdc_256243011_t4_B0044FBB8C |
NTE Heat Shrink 2:1 Assorted Colors and Sizes 160 PCS | Amazon | B000FIDTYG | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/NTE-Heat-Shrink-Assorted-Colors/dp/B000FIDTYG/ref=sr_1_1?s=hi&ie=UTF8&qid=1519261282&sr=1-1&keywords=nte+shrink&dpID=41L5l7LCfiL&preST=_SX342_QL70_&dpSrc=srch |
Picture Hanging Velcro Strips | Amazon | PH204-16NA | With these you can hang the LEDs in many places. https://www.amazon.com/Command-Picture-Hanging-16-Pairs-PH204-16ES/dp/B073XS3CHV/ref=pd_sim_60_5?_encoding=UTF8&pd_rd_i=B073XS3CHV&pd_rd_r=112KGQJNRRYD0RAT598H&pd_rd_w=3n34Q&pd_rd_wg=sRvec&psc=1&refRID=112KGQJNRRYD0RAT598H |
Power supply | Amazon | tb013 | Any other 9V 1.5Z AC/DC converter will do becuase we cut the end off anyway. https://www.amazon.com/gp/product/B06Y1LF8T5/ref=oh_aui_detailpage_o07_s01?ie=UTF8&psc=1 |
Power switch Rocker Switch | Amazon | SIXQJZML | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.ca/COOLOOdirect-Solder-Rocker-Switch-Toggle/dp/B071Y7SMVQ/ref=sr_1_31?_encoding=UTF8&c=ts&dchild=1&keywords=Boat+Rocker+Switches&qid=1594434474&s=sports&sr=1-31&ts_id=2438617011 |
Rectangular Connectors – for crimped wires | Digikey | 2183-1905-ND | 6 Rectangular Connectors – Housings Black 0.100" (2.54mm) https://www.digikey.com/product-detail/en/pololu-corporation/1905/2183-1905-ND/10450382?utm_adgroup=Rectangular%20Connectors%20-%20Housings&utm_source=google&utm_medium=cpc&utm_campaign=Shopping_Product_Connectors%2C%20Interconnects_NEW&utm_term=&utm_content=Rectangular%20Connectors%20-%20Housings&gclid=Cj0KCQjwvIT5BRCqARIsAAwwD-QmETT-ko07ote5VQgodKvWU0uDG8GYN7Vj-6WVBBOWdSgPaPd9azAaAhVLEALw_wcB |
Red LED | Digikey | LXM3-PD01 | LED LUXEON REBEL DEEP RED SMD. Uses "Saber 20 mm Star base" https://www.digikey.com/products/en?keywords=1416-1701-1-nd |
Sandpaper | Amazon | B002NEV6GS | 3M Wetordry Sandpaper, 03022, 800 Grit, 3 2/3 inch x 9 inch. https://www.amazon.com/3M-03022-Imperial-Wetordry-Sandpaper/dp/B002NEV6GS/ref=sr_1_1?dchild=1&keywords=3M+Imperial+Wetordry+3-2%2F3+in.+x+9+in.+800+Grit+Sandpaper+Sheets+%2810+Sheets-Pack%29&qid=1594435012&sr=8-1 |
Solder for soldering wires and circuit components | Amazon | Mudder Lead Free Solder Wire Sn99 Ag0.3 Cu0.7 with Rosin Core for Electrical Soldering 0.22lbs (0.6 mm) | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/Mudder-Solder-Electrical-Soldering-0-22lbs/dp/B01B61TWGY |
Solder-able Breadboard for building the circuit | Amazon | GK1007 | Gikfun Solder-able Breadboard Gold Plated Finish Proto Board PCB Diy Kit for Arduino (Pack of 5PCS) GK1007. https://www.amazon.com/gp/product/B071R3BFNL/ref=oh_aui_detailpage_o04_s00?ie=UTF8&psc=1 |
Spade drill bit | Amazon | Irwin 88811 | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/Speedbor%C2%AE-Blue-GrooveTM-Standard-Length-Woodboring/dp/B017S9JXB2/ref=sr_1_10?ie=UTF8&qid=1519516560&sr=8-10&keywords=11%2F16+spade+bit |
Transistor | Newark | 2N2222A | Can buy from many places. http://www.newark.com/nte-electronics/2n2222a/bipolar-transistor-npn-40v-to/dp/10M4197 |
Voltage regulator | Newark | LM317T | Equivilent to NTE956. https://www.newark.com/stmicroelectronics/lm317t/adjustable-linear-regulator-1/dp/89K0685?gclid=CjwKCAiAu9vwBRAEEiwAzvjq-1rmUi6lvOIFFt-BxttHXvmAeUoni4NM0BW-BtM_LMliSqxA9Xq4KxoCfikQAvD_BwE&mckv=sQqHZDDRz_dc|pcrid|219869297712|plid||kword|lm317t|match|p|slid||product||pgrid|35966450488|ptaid|kwd-541160713|&s_kwcid=AL!8472!3!219869297712!p!!g!!lm317t&CMP=KNC-GUSA-SKU-MDC |
Windows 10 tablet | Amazon | B08BYTT79Y | Any Windows 10 PC will do. https://www.amazon.com/gp/product/B08BYTT79Y/ref=ppx_yo_dt_b_asin_title_o01_s00?ie=UTF8&psc=1 |
Cell Culture Reagents | |||
Human Embryonic Kidney 293 cells HEK293 | ATCC | ATCC CRL-1573 | Common Cell line. https://www.atcc.org/products/all/CRL-1573.aspx |
Fetal Bovine Serum | ThermoFisher | 26140079 | These are very common and there are many equivalents. https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/26140079#/26140079 |
Dulbecco’s Modified Eagle Medium High Glucose | ThermoFisher | 11965−092 | These are very common and there are many equivalents. https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/11965118?SID=srch-srp-11965118#/11965118?SID=srch-srp-11965118 |
10,000 units/mL of penicillin and 10,000 µg/mL of streptomycin | ThermoFisher | 15140122 | These are very common and there are many equivalents. https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/15140122?SID=srch-srp-15140122#/15140122?SID=srch-srp-15140122 |
White Corning 96-Well Solid Black or White Polystyrene Microplates | ThermoFisher | 07-200-589 | White plates are preferred. Do not use clear plates. https://www.fishersci.com/shop/products/costar-96-well-black-white-solid-plates-8/p-152852 |
PEI MAX – Transfection Grade Linear Polyethylenimine Hydrochloride (MW 40,000) | PolySciences | 24765-1 | Can be replaced with another transfection reagent. https://www.polysciences.com/default/catalog-products/life-sciences/transfection-reagents/polyethylenimine-max-mw40000-high-potency-linear-pei/ |
Name of Equipment | |||
Diagonal Cutting Plier (110mm) | Amazon | Proskit 1PK-037S | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/iExcell-Diagonal-Cutting-Nippers-Chrome-Vanadium/dp/B076XYVS6Y/ref=sr_1_11?dchild=1&keywords=diagonal+cutting+pliers&qid=1594436230&sr=8-11 |
Dremil 3000 with cutting tool and grinder | Amazon | Dremel 3000 | Dremel 3000-2/28 Variable Speed Rotary Tool Kit- 1 Attachments & 28 Accessories- Grinder, Sander, Polisher, Router, and Engraver. https://www.amazon.com/Dremel-3000-2-28-Attachments-Accessories/dp/B005JRJE7Y/ref=sr_1_3?dchild=1&keywords=Dremel+200-1%2F15+Two-Speed+Rotary+Tool+Kit&qid=1594436404&s=hi&sr=1-3 |
Dremil cutting and grinding tool | Amazon | Dremel 200-1/15 | Any similar Dremil will work. https://www.amazon.com/Dremel-200-1-Two-Speed-Rotary-Tool/dp/B002BAHF8W/ref=sr_1_1?s=hi&ie=UTF8&qid=1519268058&sr=1-1&keywords=dremel+200&dpID=41h9ZucnTYL&preST=_SY300_QL70_&dpSrc=srch |
Dremil grinding tip | Amazon | Dremel 84922 | Silicon Carbide Grinding Stone. https://www.amazon.com/Dremel-84922-Silicon-Carbide-Grinding/dp/B00004UDKD/ref=sr_1_fkmr0_1?s=hi&ie=UTF8&qid=1519268585&sr=1-1-fkmr0&keywords=dremel+tip+84922 |
EDSYN The Original Deluxe SOLDAPULLT | Amazon | DS017 | For removing solder/mistakes. https://www.amazon.com/EDSYN-The-Original-Deluxe-SOLDAPULLT/dp/B006GOKVKI |
Helping Hand with Magnifying Glass | Amazon | SE MZ101B | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/SE-MZ101B-Helping-Magnifying-Glass/dp/B000RB38X8/ref=sr_1_4?s=hi&ie=UTF8&qid=1519268108&sr=1-4&keywords=Helping+hands&dpID=31GEhMw7WvL&preST=_SX300_QL70_&dpSrc=srch |
Pointed Nose Micro Pliers | Amazon | Hakko CHP PN-20-M | Steel Super Specialty Pointed Nose Micro Pliers with Smooth Jaws, 1.0mm Nose. https://www.amazon.com/Hakko-PN-20-M-Specialty-Pointed-Pliers/dp/B00FZPGUBI/ref=sr_1_1?s=hi&ie=UTF8&qid=1519268153&sr=1-1&keywords=Hakko+CHP+PN-20-M+Steel+Super+Specialty+Pointed+Nose+Micro+Pliers+with+Smooth+Jaws%2C+1.0mm+Nose&dpID=3109XRgwn3L&preST=_SX342_QL70_&dpSrc=srch |
Small screw drivers | Amazon | Wiha 26197 | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/26197-Precision-Slotted-Phillips-Screwdrivers/dp/B01L46TEN2/ref=sr_1_1?s=hi&ie=UTF8&qid=1519268018&sr=1-1&keywords=Wiha+precision+set |
Soldering iron | Amazon | Yihua 939D+ Digital Soldering Station | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/Professional-Digital-Soldering-Station-Switch/dp/B07YSCBZ4F/ref=psdc_13837391_t1_B07RVMZNYR |
TraceTech No-Clean Flux Pen | Amazon | 2507-N | Tech Spray 2507-N No-Clean Flux Dispensing Pen, 11.5 mL. https://www.amazon.com/Tech-Spray-2507-N-No-Clean-Dispensing/dp/B00DDF2FYS/ref=sr_1_1?dchild=1&keywords=2507-N&qid=1595469618&sr=8-1 |
Weller WSA350 120v Bench Top Smoke Absorber | Amazon | WSA350 | For soldering safety. https://www.amazon.com/Weller-WSA350-Bench-Smoke-Absorber/dp/B000EM74SK |
Wire strippers | Amazon | CSP-30-7 | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/Hakko-CSP-30-7-Stripper-Maximum-Capacity/dp/B00FZPHY7M/ref=psdc_553398_t5_B00FZPHMUG |
IWISS IWS-3220M Micro Connector Pin Crimping Tool 0.03-0.52mm² 32-20AWG | Amazon | IWS-3220M | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/gp/product/B078WPT5M1/ref=ppx_yo_dt_b_search_asin_title?ie=UTF8&psc=1 |