Detta protokoll beskriver hur man utför optogenetiska experiment för att kontrollera genuttryck med rött och långrött ljus med hjälp av PhyB och PIF3. Inkluderat är steg-för-steg-instruktioner för att bygga ett enkelt och flexibelt belysningssystem, vilket möjliggör kontroll av genuttryck eller annan optogenetik med en dator.
Att styra biologiska processer med hjälp av ljus har ökat noggrannheten och hastigheten med vilken forskare kan manipulera många biologiska processer. Optisk kontroll möjliggör en oöverträffad förmåga att dissekera funktion och har potential att möjliggöra nya genetiska terapier. Optogenetiska experiment kräver dock adekvata ljuskällor med rumslig, tidsmässig eller intensitetskontroll, ofta en flaskhals för forskare. Här beskriver vi hur man bygger ett billigt och mångsidigt LED-belysningssystem som enkelt kan anpassas för olika tillgängliga optogenetiska verktyg. Detta system kan konfigureras för manuell eller datorstyrning med justerbar LED-intensitet. Vi tillhandahåller en illustrerad steg-för-steg-guide för att bygga kretsen, göra den datorstyrd och konstruera lysdioderna. För att underlätta monteringen av denna enhet diskuterar vi också några grundläggande lödtekniker och förklarar kretsarna som används för att styra lysdioderna. Med hjälp av vårt användargränssnitt med öppen källkod kan användare automatisera exakt timing och pulsering av ljus på en persondator (PC) eller en billig surfplatta. Denna automatisering gör systemet användbart för experiment som använder lysdioder för att styra gener, signalvägar och andra cellulära aktiviteter som spänner över stora tidsskalor. För detta protokoll krävs ingen tidigare expertis inom elektronik för att bygga alla delar som behövs eller för att använda belysningssystemet för att utföra optogenetiska experiment.
Optogenetiska verktyg blir allestädes närvarande och ny teknik utvecklas ständigt för att optiskt styra biologiska processer som genuttryck, cellsignalering och många fler 1,2,3. Förmågan att styra cellulära processer med ljus möjliggör snabb kinetik, tät rumslig kontroll och dosberoende reglering som kan styras av ljusintensitet och exponeringstid. För att använda dessa verktyg krävs en enhet för att styra dessa parametrar. Vi har nyligen utvecklat en genetiskt kodad PhyB-PIF3 genomkopplare för däggdjur som reversibelt aktiverar och inaktiverar gener med rött/långrött ljus respektive4. Detta system testades i flera däggdjurscellinjer och möjliggjorde oöverträffad induktion av genuttryck även med mycket små mängder ljus, inklusive ljuspulser. Forskare som vill använda PhyB-omkopplaren och liknande verktyg 5,6 begär ofta information om metoder för att kontrollera belysningsintensitet och varaktighet. Därför utvecklade vi detta protokoll med steg-för-steg-instruktioner för att möjliggöra bredare antagande av dessa verktyg för optogenetik.
Innan den utbredda användningen av lysdioder användes bredbandsljuskällor med filter för att studera ljuskänsliga proteiner som fytokromer7. Nyligen har vissa LED-belysningssystem publicerats tillsammans med optogenetiska verktyg 8,9,10,11,12, men dessa protokoll kan kräva betydande expertis inom elektronik / programvara, kräva specialutrustning (t.ex. 3D-skrivare, laserskärmaskiner, eller fotomasker), eller ger inte de steg-för-steg-instruktioner som vissa forskare skulle behöva distribuera för sina forskningsbehov. Medan oberoende kontroll av enskilda brunnar i en multiwellplatta kan vara användbar, är det ofta onödigt när forskare bara behöver jämföra flera olika prover i ljus och mörkt eller rött ljus kontra långt rött ljus. Dessutom är många befintliga kommersiella system dyra, med begränsad anpassningskapacitet. Lysdioderna som beskrivs i detta protokoll är dock kostnadseffektiva, ljusa, och kan monteras på många sätt; Därför kan de användas för att belysa flera olika typer av prover. Med protokollet och den medföljande programvaran kan lysdioder som sträcker sig från ultraviolett (UV) till NIR användas och styras med programvara för att utföra optogenetiska experiment med UVR8 13,14, Dronpa 15,16, LOV-domäner 17,18, stegfunktion opsiner 19,20, CRY2 21,22, PhyB 4,23,24 ,25, bakteriella fytokromer26,27,28,29 och andra ljuskänsliga system 30,31,32.
Detta protokoll utgör en handledning för montering av kretsar och annan hårdvara som behövs för att styra olika parametrar för ljusstimulering samt molekylära / cellulära verktyg för att köra ett optogenetiskt experiment. Dessutom rapporterar vi plasmider optimerade från Kyriakakis et al.4 som är mindre och stabilare för kloning. Genom detta protokoll kan biologer utan expertis inom elektronik och optik bygga belysningssystem som är flexibla och robusta. På ett steg-för-steg-sätt visar vi hur man bygger LED-system, vilket tar bort den tekniska flaskhalsen för ett bredare antagande av optogenetiska verktyg. Detta system kan enkelt användas i de flesta cellodlingsinkubatorer, även om de inte innehåller trådportar. Till exempel har vi hållit LED-systemet i en fuktad CO2-inkubator kontinuerligt i mer än 6 månader utan att minska prestandan. Vi förklarar också hur man ansluter LED-systemet till en dator och gränssnitt det med öppen källkodsprogramvara som vi tillhandahåller på GitHub (https://github.com/BreakLiquid/LED-Control-User-Interfaces). Att bygga ett system med detta protokoll ger forskare grundläggande kunskaper för att felsöka potentiella problem, byta ut delar och förbättra / utöka funktioner.
Systemöversikt
Att bygga belysningssystemet innebär (1) att bygga den elektroniska kretsen, (2) att bygga kringutrustning (nätsladd, strömbrytare etc.), (3) att bygga lysdioderna, (4) montera alla dessa komponenter och (5) installera programvaran för att styra lysdioderna med ett användargränssnitt (figur 1A). När det är klart kan belysningssystemet styra upp till fyra lysdioder oberoende av varandra med ett användargränssnitt (figur 1B). Användargränssnittet gör det möjligt för varje lysdiod att pulsera vid angivna tidsintervall och stänga av efter en viss tid. Det finns också en startfördröjning för att starta belysningsprogram vid en viss tidpunkt. Potentiometrar (POTTs) reglerar varje LED-intensitet oberoende eller kan användas för manuell LED-styrning utan dator. Ledningarna till lysdioderna kan vara vilken anpassad längd som helst, så att de enkelt kan placeras i en inkubator eller labbutrymme. På grund av dessa lysdioders höga effekt, de kan användas för att belysa ett stort område med en enda LED på avstånd.
Beskrivning av LED-drivrutin
För att driva och kontrollera lysdiodernas intensitet kommer detta protokoll att gå igenom steg för att bygga en “LED-drivrutin”. Varje lysdiod har ett spänningsområde där den arbetar (figur 1C). Under drift kan regulatorns utspänning, som styr ljusintensiteten, ställas in med en potentiometer. POT varierar motståndet och justerar utspänningen/ljusstyrkan. Tuning med en 1kΩ (1 kilo-ohm) POT ger det vi kallar “högspänningskretsen” och har en räckvidd på 1,35 V till 2,9 V. Eftersom 2,9 V är för högt för att driva lågspänningslamporna (figur 1C) visar vi en enda modifiering (motstånd 3 eller “R3” kompletterande figur 1A) som begränsar intervallet för att matcha lågspänningslamporna. R3 tjänar till att minska den maximala spänningen som appliceras på lysdioderna till 1,85 V (montering som beskrivs i kompletterande figur 8) när den är parallell med potentiometern. Genom att använda spänning för att styra ljusstyrka istället för ström är systemet mer flexibelt för lysdioder med olika driftspänningar. Figur 1C innehåller en lista över hög- och lågspänningslysdioder för att styra det optimala kretsvalet. Denna design håller minimispänningen tillräckligt låg så att lysdioden är helt avstängd när potentiometern är avstängd och tillåter inte spänningen att gå över lysdiodens typiska driftspänning. För PhyB-optogenetik använder vi djupröda och långröda lysdioder, som använder lågspänningskretsen.
Beskrivning av LED-datorstyrsystem
LED-belysningssystemet kan användas för konstant belysning utan dator eller mikrokontroller. i alla fall, för pulserande program och för att styra individuell LED-timing, en mikrokontroller måste installeras. För att använda en mikrokontroller för att styra lysdioderna krävs en transistor för att ansluta mikrokontrollern till kretsen. Denna transistor känner av spänning från mikrokontrollern och växlar från att vara ledande eller isolerande. För att styra “på” och “av” använder vi vad som kallas en “NPN-switchande transistor” (2N2222) som en kontrollerbar shunt över R2 (kompletterande figur 1A). När spänningen från mikrokontrollern appliceras på transistorbasen blir transistorn ledande och gör LED-spänningen låg och stänger av lysdioden. Således styrs LED och transistorn på och av tillstånd direkt av mikrokontrollern, som styrs av programvaran installerad på datorn.
För att göra belysningssystemet krävs följande steg: Bygg den elektriska kretsen; bygga strömförsörjningen, manuell strömbrytare, POT och mikrokontrolleranslutning; bygga lysdioderna; rymma en svart låda för att passa belysningssystemet; anslut alla ledningar och enheter; installera LED-kontrollprogramvaran, stimulera cellerna med ljus; mäta genuttryck med hjälp av en dubbel luciferasanalys.
LED-systemet som beskrivs här har använts i vårt laboratorium för att optimera, karakterisera och arbeta med flera optogenetiska verktyg. I Kyriakakis et al.4 testade vi många kombinationer av PhyB-PIF-genomkopplare parallellt. Vi använde sedan detta system för att testa ljuspulser vid olika frekvenser för att mäta genomkopplarens kinetik och effektiv ljusintensitet. Detta system användes också för att optimera och karakterisera två optogenetiska system som använder blått ljus för stimulering 5,6. Eftersom endast en lysdiod behövde vara tillräckligt ljus för att aktivera de flesta optogenetiska verktyg är det inte alltid nödvändigt att köpa ett system med ett stort antal lysdioder över varje brunn. Denna installation är billig, pålitlig, lätt att konfigurera om och kräver ingen tidigare elektrisk expertis för att följa monteringsprotokollet.
I de kompletterande kompletterande figurerna 31–38 beskriver vi hur man kan integrera upp till fyra lysdioder i systemet. Även om detta kan begränsa vissa experiment som kräver ett stort antal parallella förhållanden, kan fler lysdioder läggas till genom att ersätta 9 Volt strömförsörjning som används i detta protokoll med en högre watt. På samma sätt kan flera lysdioder med lägre effekt anslutas parallellt med varje krets. I det senare arrangemanget kommer vissa lysdioder inte att styras individuellt, men det kan vara användbart när många lysdioder krävs för att täcka ett större område. När du väl är bekant med elektroniken i detta system finns det många sätt att anpassa det. Ytterligare strategier för att anpassa systemet inkluderar att placera lysdioden längre eller närmare provet och belysa genom filter / diffusorer för homogena belysningsförhållanden eller för att förhindra uppvärmning som i (kompletterande figur 23) och Allen et al.5. En annan anmärkningsvärd egenskap hos vår LED-design är att den är inkapslad i epoxi och har ett beröringsfäste på baksidan; Detta gör att lysdioden enkelt kan placeras säkert praktiskt taget var som helst: i inkubatorer, akvarium, djurburar, väggar etc.
Många experiment som använder optogenetik för att styra gener, signalvägar och annan cellulär aktivitet kräver ofta pulsering, spänner över stora tidsskalor eller behöver utföras i en inkubator, vilket kräver automatisering eller fjärrmanipulation utan mikroskop. Detta LED-system har testats kontinuerligt i flera månader inuti en fuktad CO2-inkubator utan problem. Dessutom, med reversibla system som PhyB-optogenetiska system, kan experimenten behöva programmera specifika pulserande belysningsscheman. I vårt tidigare arbete4 använde vi pulserande program för att testa reversibilitetsdynamiken hos en PhyB-PIF3-switch i däggdjursceller via användargränssnittet. Med hjälp av den metodik som beskrivs i detta manuskript är det enkelt att programmera ett pulserande protokoll, vilket ger den flexibilitet och autonomi som behövs för många typer av optogenetiska experiment på ett användarvänligt sätt.
De mest kritiska stegen för att bygga detta system inkluderar att sätta ihop den elektriska kretsen på kretskortet och ansluta komponenterna, som beskrivs i avsnitt 1 och avsnitt 2. Det är viktigt att noggrant följa varje steg i dessa avsnitt och dubbelkontrollera pinhole-numren rad för rad innan du lödar varje komponent. Avsnitt 2 förklarar hur man ställer in komponenterna som ska anslutas till kretsen. För att komponenterna ska anslutas i rätt riktning är det särskilt viktigt att se till att färgerna på de svarta och röda ledningarna på tråd-till-tråd-kontakterna matchar. Små förbiseenden i dessa två avsnitt kommer sannolikt att påverka systemets funktionalitet. Det första steget i felsökning av denna metod är faktiskt att kontrollera att kretsen byggdes korrekt och att alla anslutningar är på plats. För det andra är det särskilt viktigt att kontrollera lödkvaliteten för lösa anslutningar och ledningarna för blossande trådhår som kan kortsluta kretsen. Ett tredje steg skulle vara att se till att lysdioderna fungerar korrekt, vilket kan göras med hjälp av en strömförsörjning eller ett 1,5 V-batteri genom att klippa lysdiodens två terminaler med alligatorklämmor. Ett annat potentiellt kritiskt övervägande är att förhindra uppvärmning (vid användning av lysdioderna med hög effekt) eller diffusion av ljuset för bredare spridningsbelysning. För att ta itu med dessa överväganden kan lysdioderna monteras utanför en svart låda med “sekretessfilm” på insidan, som beskrivs i kompletterande figur 23 och Allen et al.5. På grund av enkelheten i detta system är det inte svårt att ta isär det för att verifiera, modifiera, uppgradera eller reparera modulära komponenter.
En annan kritisk faktor för inducerbara gensystem är att överväga hur mycket aktivering som krävs eller hur mycket läckage som är acceptabelt för det biologiska systemet som kontrolleras. Som visas i figur 6 kan dessa variera med mängden rapportör-DNA. Dessutom varierar transfektionseffektiviteten och därmed kopieringsantalet rapportörkonstruktioner i varje cell. Det kan vara fördelaktigt för vissa experiment att göra en cellinje med en fast mängd reporter- eller PhyB-genswitchkomponenter och screena för kloner med önskat intervall av inducerat uttryck, vilket vanligtvis görs med läkemedelsinducerbara system. På grund av storleken och instabiliteten hos lentiviral plasmid pPK-2304 gjorde vi också icke-lentivirala plasmidversioner av PhyB-omkopplaren i pcDNA-ryggraden pPK-351 (Addgene #157921) och pPK-352 (Addgene #157922).
Genom att bygga detta LED-belysningssystem enligt detta protokoll, användare har alla komponenter som behövs för att utföra ett brett spektrum av optogenetiska experiment in vitro och in vivo. I kombination med instruktionerna för användning av PhyB-PIF3 i däggdjursceller kommer detta protokoll att göra det möjligt för icke-ingenjörer och biologer att, flexibelt och effektivt, använda PhyB-baserad optogenetik i olika sammanhang.
The authors have nothing to disclose.
Vi vill tacka Yingxiao (Peter) Wang, Ziliang Huang och Molly Allen för att ha testat olika versioner av LED-systemet när det utvecklades. Detta arbete stöddes av Kavli Institute for Brain and Mind vid UC San Diego och Salk Institute, National Science Foundation genom NSF Center for Science of Information under Grant CCF-0939370, NIH Grant NS060847 och NIH Grant R21DC018237.
18AWG 2pin RED Black wire | Amazon | 15M-28AWG-2468 | Inexpensive wire to connect LEDs to the power circuit. https://www.amazon.com/gp/product/B072KGYH1M/ref=oh_aui_detailpage_o05_s00?ie=UTF8&psc=1 |
1K Ohm potentiometer | Amazon | 52161500 | 2 x 1K Ohm potentiometer potential + 2 x black control Knob. https://www.amazon.com/gp/product/B00XIWA2GO/ref=oh_aui_detailpage_o00_s00?ie=UTF8&psc=1 |
20 Gauge Silicone JST Connector | Amazon | SIM&NAT 5.9 inch 2 Pin Male Female JST RCY Plug Connectors | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/gp/product/B071XN7C43/ref=oh_aui_detailpage_o00_s01?ie=UTF8&psc=1 |
22 AWG solid jumper wires | Amazon | WJW-60B-R | Jameco Valuepro WJW-60B-R Wire Jumper Kit 350 each 22 AWG, 14 Lengths 10 Colors 25 Of Each Length. https://www.amazon.com/Jameco-Valuepro-WJW-60B-R-Jumper-Lengths/dp/B01KHWEB3W/ref=sr_1_5?s=industrial&ie=UTF8&qid=1519261370&sr=1-5&keywords=solid+wire+breadboard&dpID=51UopZhPJeL&preST=_SX342_QL70_&dpSrc=srch |
560 ohm 1/2watt 1% tolerance | Amazon | a14051600ux0301 | Uxcell a14051600ux0301 60 Piece Axial Lead 1% Tolerance Colored Ring Metal Film Resistor Resistance, 560 Ohm 1/2W. https://www.amazon.com/a14051600ux0301-Tolerance-Colored-Resistor-Resistance/dp/B016ZU2DGC/ref=pd_day0_328_9?_encoding=UTF8&pd_rd_i=B016ZU2DGC&pd_rd_r=XTM6KHQ3NT8DHWB1QWZN&pd_rd_w=txGNx&pd_rd_wg=ELyii&psc=1&refRID=XTM6KHQ3NT8DHWB1QWZN |
820 ohm 1/2watt 1% tolerance | Amazon | TTL-A-8035-50Ea | Set of 50Ea Metal Film Resistor 820 Ohm 1% 1/2W (0.5W). https://www.amazon.com/50Ea-Metal-Film-Resistor-0-5W/dp/B00VGU2SS0/ref=sr_1_14?s=industrial&ie=UTF8&qid=1518045187&sr=1-14&keywords=1%2F2W+820+Ohm+resistor |
A Male to B Male Cable (10 Feet) | Amazon | Part# 30-001-10B | The cable that comes with the Arduino doesn't fit well in the box. https://www.amazon.com/gp/product/B001MSU1HG/ref=oh_aui_detailpage_o07_s00?ie=UTF8&psc=1 |
Ardiuino UNO equivilent | Amazon | Elegoo EL-CB-001 | UNO R3 Board ATmega328P ATMEGA16U2 with USB Cable for Arduino. https://www.amazon.com/gp/product/B01EWOE0UU/ref=oh_aui_detailpage_o03_s00?ie=UTF8&psc=1 |
Arduino holder | Digikey | X000018 | Fits very snug. https://www.digikey.com/product-detail/en/arduino/X000018/1050-1150-ND/8135632 |
Black boxes for circuits and light chambers | Amazon | 1591ESBK | Hammond 1591ESBK ABS Project Box Black. https://www.amazon.com/gp/product/B0002BSRIO/ref=oh_aui_detailpage_o07_s00?ie=UTF8&psc=1 |
Blue LED | Digikey | LXML-PB01-0040 | LED LUXEON REBEL BLUE SMD. Uses "Saber 20 mm Star base" https://www.digikey.com/product-detail/en/lumileds/LXML-PB01-0040/1416-1029-1-ND/3961134 |
Cable ties | Amazon | sd027 | Tarvol Nylon Zip Ties (Pack of 100) 8 Inch with Self Locking Cable Ties (White). https://www.amazon.com/Tarvol-Nylon-Locking-Cable-White/dp/B01MRD0JRR/ref=sr_1_7?s=hi&ie=UTF8&qid=1519261882&sr=1-7&keywords=Cable+ties&dpID=51zUNmuUjyL&preST=_SY300_QL70_&dpSrc=srch |
Command Fridge Clips | Amazon | 17210CLR | Clips for holding circuit board inside of the black box. Command strips can also be used. https://www.amazon.com/gp/product/B0084M69YM/ref=oh_aui_detailpage_o00_s01?ie=UTF8&psc=1 |
Cyan LED | Digikey | LXML-PE01-0070 | LED LUXEON REBEL CYAN SMD. Uses "Saber 20 mm Star base" https://www.digikey.com/products/en?keywords=1416-1031-1-nd |
Electrical tape – 3M Scotch #35 Electrical Tape Value Pack | Amazon | 03429NA | Scotch 700 Electrical Tape, 03429NA, 3/4 in x 66 ft. https://www.amazon.com/Scotch-Electrical-Tape-4-Inch-66-Foot/dp/B001ULCB1O/ref=psdc_256161011_t1_B001B19FDK |
Farred LED 720nm | Luxeon Star LEDs | LXML-PF01 | Far Red (720nm) LUXEON Rebel LED. Uses "Saber 20 mm Star base" https://www.luxeonstar.com/lxml-pf01-far-red-luxeon-rebel-led-260mW |
Farred LED 740nm | Ushio | EDC740D-1100-S5 | Uses "STAR XP 3535" base https://www.ushio-optosemi.com/jp/products/led/power/pdfs/edc/EDC740D-1100-S5.pdf |
Farred LED 780nm | Ushio | EDC780D-1100 | Uses "STAR XP 3535" base http://www.ushio-optosemi.com/jp/products/led/power/pdfs/edc/EDC780D-1100.pdf |
Farred LED 810nm | Ushio | EDC810D-1100 | Uses "STAR XP 3535" base http://www.ushio-optosemi.com/jp/products/led/power/pdfs/edc/EDC810D-1100.pdf |
Farred LED 850nm | Ushio | EDC850D-1100 | Uses "STAR XP 3535" base http://www.ushio-optosemi.com/jp/products/led/power/pdfs/edc/EDC850D-1100.pdf |
Grommets | Amazon | Pico 6120D | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/Pico-6120D-Vinyl-Grommets-Package/dp/B0002ZG47G |
Hair/Alligator Clips | Amazon | 1-3/4 Inch (45 Mm)- Hair Clips Single Prong Metal Alligator Clips Hairbow Accessory -Silver,50 Pcs. https://www.amazon.com/gp/product/B00K09T3L8/ref=oh_aui_detailpage_o00_s00?ie=UTF8&psc=1 |
|
LED base | Luxeon Star LEDs | LXB-RS20A | Saber 20 mm Star Blank Aluminum MCPCB Base For Rebel LEDs https://www.luxeonstar.com/saber-20mm-star-blank-mcpcb-base-for-a-rebel-leds |
LED PCB fopr Ushio LEDs | Adura LED solutions | STAR XP 3535 Package LED | Fits many other LEDs by Ushio http://aduraled.com/product/pcb/1901-star-xp-3535-package-led |
Loctite Epoxy Clear Multi-Purpose, 0.85-Fluid Ounce Syringe | Amazon | 1943587 | Loctite Epoxy Clear Multi-Purpose, 0.85-Fluid Ounce Syringe. https://www.amazon.com/Loctite-Multi-Purpose-0-85-Fluid-Syringe-1943587/dp/B011INNBN0/ref=psdc_256243011_t4_B0044FBB8C |
NTE Heat Shrink 2:1 Assorted Colors and Sizes 160 PCS | Amazon | B000FIDTYG | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/NTE-Heat-Shrink-Assorted-Colors/dp/B000FIDTYG/ref=sr_1_1?s=hi&ie=UTF8&qid=1519261282&sr=1-1&keywords=nte+shrink&dpID=41L5l7LCfiL&preST=_SX342_QL70_&dpSrc=srch |
Picture Hanging Velcro Strips | Amazon | PH204-16NA | With these you can hang the LEDs in many places. https://www.amazon.com/Command-Picture-Hanging-16-Pairs-PH204-16ES/dp/B073XS3CHV/ref=pd_sim_60_5?_encoding=UTF8&pd_rd_i=B073XS3CHV&pd_rd_r=112KGQJNRRYD0RAT598H&pd_rd_w=3n34Q&pd_rd_wg=sRvec&psc=1&refRID=112KGQJNRRYD0RAT598H |
Power supply | Amazon | tb013 | Any other 9V 1.5Z AC/DC converter will do becuase we cut the end off anyway. https://www.amazon.com/gp/product/B06Y1LF8T5/ref=oh_aui_detailpage_o07_s01?ie=UTF8&psc=1 |
Power switch Rocker Switch | Amazon | SIXQJZML | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.ca/COOLOOdirect-Solder-Rocker-Switch-Toggle/dp/B071Y7SMVQ/ref=sr_1_31?_encoding=UTF8&c=ts&dchild=1&keywords=Boat+Rocker+Switches&qid=1594434474&s=sports&sr=1-31&ts_id=2438617011 |
Rectangular Connectors – for crimped wires | Digikey | 2183-1905-ND | 6 Rectangular Connectors – Housings Black 0.100" (2.54mm) https://www.digikey.com/product-detail/en/pololu-corporation/1905/2183-1905-ND/10450382?utm_adgroup=Rectangular%20Connectors%20-%20Housings&utm_source=google&utm_medium=cpc&utm_campaign=Shopping_Product_Connectors%2C%20Interconnects_NEW&utm_term=&utm_content=Rectangular%20Connectors%20-%20Housings&gclid=Cj0KCQjwvIT5BRCqARIsAAwwD-QmETT-ko07ote5VQgodKvWU0uDG8GYN7Vj-6WVBBOWdSgPaPd9azAaAhVLEALw_wcB |
Red LED | Digikey | LXM3-PD01 | LED LUXEON REBEL DEEP RED SMD. Uses "Saber 20 mm Star base" https://www.digikey.com/products/en?keywords=1416-1701-1-nd |
Sandpaper | Amazon | B002NEV6GS | 3M Wetordry Sandpaper, 03022, 800 Grit, 3 2/3 inch x 9 inch. https://www.amazon.com/3M-03022-Imperial-Wetordry-Sandpaper/dp/B002NEV6GS/ref=sr_1_1?dchild=1&keywords=3M+Imperial+Wetordry+3-2%2F3+in.+x+9+in.+800+Grit+Sandpaper+Sheets+%2810+Sheets-Pack%29&qid=1594435012&sr=8-1 |
Solder for soldering wires and circuit components | Amazon | Mudder Lead Free Solder Wire Sn99 Ag0.3 Cu0.7 with Rosin Core for Electrical Soldering 0.22lbs (0.6 mm) | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/Mudder-Solder-Electrical-Soldering-0-22lbs/dp/B01B61TWGY |
Solder-able Breadboard for building the circuit | Amazon | GK1007 | Gikfun Solder-able Breadboard Gold Plated Finish Proto Board PCB Diy Kit for Arduino (Pack of 5PCS) GK1007. https://www.amazon.com/gp/product/B071R3BFNL/ref=oh_aui_detailpage_o04_s00?ie=UTF8&psc=1 |
Spade drill bit | Amazon | Irwin 88811 | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/Speedbor%C2%AE-Blue-GrooveTM-Standard-Length-Woodboring/dp/B017S9JXB2/ref=sr_1_10?ie=UTF8&qid=1519516560&sr=8-10&keywords=11%2F16+spade+bit |
Transistor | Newark | 2N2222A | Can buy from many places. http://www.newark.com/nte-electronics/2n2222a/bipolar-transistor-npn-40v-to/dp/10M4197 |
Voltage regulator | Newark | LM317T | Equivilent to NTE956. https://www.newark.com/stmicroelectronics/lm317t/adjustable-linear-regulator-1/dp/89K0685?gclid=CjwKCAiAu9vwBRAEEiwAzvjq-1rmUi6lvOIFFt-BxttHXvmAeUoni4NM0BW-BtM_LMliSqxA9Xq4KxoCfikQAvD_BwE&mckv=sQqHZDDRz_dc|pcrid|219869297712|plid||kword|lm317t|match|p|slid||product||pgrid|35966450488|ptaid|kwd-541160713|&s_kwcid=AL!8472!3!219869297712!p!!g!!lm317t&CMP=KNC-GUSA-SKU-MDC |
Windows 10 tablet | Amazon | B08BYTT79Y | Any Windows 10 PC will do. https://www.amazon.com/gp/product/B08BYTT79Y/ref=ppx_yo_dt_b_asin_title_o01_s00?ie=UTF8&psc=1 |
Cell Culture Reagents | |||
Human Embryonic Kidney 293 cells HEK293 | ATCC | ATCC CRL-1573 | Common Cell line. https://www.atcc.org/products/all/CRL-1573.aspx |
Fetal Bovine Serum | ThermoFisher | 26140079 | These are very common and there are many equivalents. https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/26140079#/26140079 |
Dulbecco’s Modified Eagle Medium High Glucose | ThermoFisher | 11965−092 | These are very common and there are many equivalents. https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/11965118?SID=srch-srp-11965118#/11965118?SID=srch-srp-11965118 |
10,000 units/mL of penicillin and 10,000 µg/mL of streptomycin | ThermoFisher | 15140122 | These are very common and there are many equivalents. https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/15140122?SID=srch-srp-15140122#/15140122?SID=srch-srp-15140122 |
White Corning 96-Well Solid Black or White Polystyrene Microplates | ThermoFisher | 07-200-589 | White plates are preferred. Do not use clear plates. https://www.fishersci.com/shop/products/costar-96-well-black-white-solid-plates-8/p-152852 |
PEI MAX – Transfection Grade Linear Polyethylenimine Hydrochloride (MW 40,000) | PolySciences | 24765-1 | Can be replaced with another transfection reagent. https://www.polysciences.com/default/catalog-products/life-sciences/transfection-reagents/polyethylenimine-max-mw40000-high-potency-linear-pei/ |
Name of Equipment | |||
Diagonal Cutting Plier (110mm) | Amazon | Proskit 1PK-037S | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/iExcell-Diagonal-Cutting-Nippers-Chrome-Vanadium/dp/B076XYVS6Y/ref=sr_1_11?dchild=1&keywords=diagonal+cutting+pliers&qid=1594436230&sr=8-11 |
Dremil 3000 with cutting tool and grinder | Amazon | Dremel 3000 | Dremel 3000-2/28 Variable Speed Rotary Tool Kit- 1 Attachments & 28 Accessories- Grinder, Sander, Polisher, Router, and Engraver. https://www.amazon.com/Dremel-3000-2-28-Attachments-Accessories/dp/B005JRJE7Y/ref=sr_1_3?dchild=1&keywords=Dremel+200-1%2F15+Two-Speed+Rotary+Tool+Kit&qid=1594436404&s=hi&sr=1-3 |
Dremil cutting and grinding tool | Amazon | Dremel 200-1/15 | Any similar Dremil will work. https://www.amazon.com/Dremel-200-1-Two-Speed-Rotary-Tool/dp/B002BAHF8W/ref=sr_1_1?s=hi&ie=UTF8&qid=1519268058&sr=1-1&keywords=dremel+200&dpID=41h9ZucnTYL&preST=_SY300_QL70_&dpSrc=srch |
Dremil grinding tip | Amazon | Dremel 84922 | Silicon Carbide Grinding Stone. https://www.amazon.com/Dremel-84922-Silicon-Carbide-Grinding/dp/B00004UDKD/ref=sr_1_fkmr0_1?s=hi&ie=UTF8&qid=1519268585&sr=1-1-fkmr0&keywords=dremel+tip+84922 |
EDSYN The Original Deluxe SOLDAPULLT | Amazon | DS017 | For removing solder/mistakes. https://www.amazon.com/EDSYN-The-Original-Deluxe-SOLDAPULLT/dp/B006GOKVKI |
Helping Hand with Magnifying Glass | Amazon | SE MZ101B | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/SE-MZ101B-Helping-Magnifying-Glass/dp/B000RB38X8/ref=sr_1_4?s=hi&ie=UTF8&qid=1519268108&sr=1-4&keywords=Helping+hands&dpID=31GEhMw7WvL&preST=_SX300_QL70_&dpSrc=srch |
Pointed Nose Micro Pliers | Amazon | Hakko CHP PN-20-M | Steel Super Specialty Pointed Nose Micro Pliers with Smooth Jaws, 1.0mm Nose. https://www.amazon.com/Hakko-PN-20-M-Specialty-Pointed-Pliers/dp/B00FZPGUBI/ref=sr_1_1?s=hi&ie=UTF8&qid=1519268153&sr=1-1&keywords=Hakko+CHP+PN-20-M+Steel+Super+Specialty+Pointed+Nose+Micro+Pliers+with+Smooth+Jaws%2C+1.0mm+Nose&dpID=3109XRgwn3L&preST=_SX342_QL70_&dpSrc=srch |
Small screw drivers | Amazon | Wiha 26197 | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/26197-Precision-Slotted-Phillips-Screwdrivers/dp/B01L46TEN2/ref=sr_1_1?s=hi&ie=UTF8&qid=1519268018&sr=1-1&keywords=Wiha+precision+set |
Soldering iron | Amazon | Yihua 939D+ Digital Soldering Station | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/Professional-Digital-Soldering-Station-Switch/dp/B07YSCBZ4F/ref=psdc_13837391_t1_B07RVMZNYR |
TraceTech No-Clean Flux Pen | Amazon | 2507-N | Tech Spray 2507-N No-Clean Flux Dispensing Pen, 11.5 mL. https://www.amazon.com/Tech-Spray-2507-N-No-Clean-Dispensing/dp/B00DDF2FYS/ref=sr_1_1?dchild=1&keywords=2507-N&qid=1595469618&sr=8-1 |
Weller WSA350 120v Bench Top Smoke Absorber | Amazon | WSA350 | For soldering safety. https://www.amazon.com/Weller-WSA350-Bench-Smoke-Absorber/dp/B000EM74SK |
Wire strippers | Amazon | CSP-30-7 | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/Hakko-CSP-30-7-Stripper-Maximum-Capacity/dp/B00FZPHY7M/ref=psdc_553398_t5_B00FZPHMUG |
IWISS IWS-3220M Micro Connector Pin Crimping Tool 0.03-0.52mm² 32-20AWG | Amazon | IWS-3220M | These are very common and there are many equivalents. https://www.amazon.com/gp/product/B078WPT5M1/ref=ppx_yo_dt_b_search_asin_title?ie=UTF8&psc=1 |