Raccolta e disaggregazione: un passo trascurato nella ricerca sui metodi di biofilm

Sommario

Questo documento descrive i metodi che dimostrano tre comuni tecniche di raccolta e disaggregazione del biofilm su due tipi di superficie, test di robustezza di un metodo di raccolta e informazioni minime da considerare quando si scelgono e ottimizzano le tecniche di raccolta e disaggregazione per aumentare la riproducibilità.

Abstract

I metodi del biofilm consistono in quattro fasi distinte: far crescere il biofilm in un modello pertinente, trattare il biofilm maturo, raccogliere il biofilm dalla superficie e disaggregare i ciuffi e analizzare il campione. Delle quattro fasi, la raccolta e la disaggregazione sono le meno studiate, ma comunque critiche quando si considera il potenziale di distorsione dei test. Questo articolo dimostra le tecniche di raccolta e disaggregazione comunemente usate per il biofilm coltivato su tre diverse superfici. Le tre tecniche di raccolta e disaggregazione del biofilm, raccolte da un'ampia revisione della letteratura, includono vortice e sonicazione, raschiatura e omogeneizzazione e raschiatura, vortice e sonicazione. Vengono considerati due tipi di superficie: duro non poroso (policarbonato e vetro borosilicato) e poroso (silicone). Inoltre, forniamo raccomandazioni per le informazioni minime che dovrebbero essere incluse quando si segnala la tecnica di raccolta seguita e un metodo di accompagnamento per verificare la presenza di pregiudizi.

Introduzione

La definizione di biofilm si è evoluta negli ultimi decenni e comprende l'associazione microbica con una varietà di superfici biologiche e/o non biologiche, l'inclusione di componenti noncellulari1 che mostrano una crescita e un'espressione genetica ^diverse2 all'interno di una matrice. Il biofilm fornisce protezione dagli stress ambientali come l'essiccazione e può rendere l'azione dei disinfettanti chimici meno efficace con conseguente sopravvivenza dei microbi. I sopravvissuti all'interno di un biofilm possono potenzialmente fornire una fonte di microrganismi patogeni che sono un problema di salute ^pu....

Protocollo

1. Vortice e sonicazione

1. Coltivare un biofilm maturo di P. aeruginosa ATCC 15442 coltivato secondo lo standard ASTM E25622.
2. Alla fine del periodo di crescita di 48 ore, preparati a trattare il biofilm e i coupon campione secondo lo standard ASTM E28718
3. Inserire asetticamente paraspruzzi autoclavati in tubi conici sterili da 50 ml utilizzando pinze sterilizzate a fiamma. Ripetere per tutti i tubi che riceveranno il trattamento. I tubi per i coupon di controllo non hanno bisogno di un paraspruzzi.
4. Rimuovere asetticamente un'asta selezionata casualmente dal ....

Risultati

Validazione/Conferma di un metodo di raccolta
Diversi studi condotti nel nostro laboratorio hanno esaminato la capacità del vortice e della sonicazione di raccogliere efficacemente il biofilm coltivato nel reattore a biofilm (ASTM E2562)² utilizzando il metodo a tubo singolo (ASTM E2871)⁸.

Un biofilm P. aeruginosa ATCC 15442 è stato coltivato secondo ASTM E25622 su tagliandi di vetro borosilicato.

Discussione

Informazioni minime per i metodi di raccolta e disaggregazione
Per creare dati riproducibili sul biofilm in tutta la comunità scientifica, è imperativo che gli autori includano il maggior numero possibile di dettagli su ciascuna delle fasi di crescita, trattamento, campionamento e analisi di un metodo di biofilm. La standardizzazione dei metodi del biofilm ha aiutato in questo sforzo in quanto consente al ricercatore di fare riferimento a un metodo specifico e ad eventuali modifiche rilevanti. Tuttavi.......

Materiali

Elenco dei materiali utilizzati in questo articolo

Nome	Azienda	Numero di catalogo	Commenti
Fiale coniche da 50 mL	Thermo Scientific	339652
becher in vetro da 100 mL	Fisher Scientific	FB102100
Pipette sierologiche da 5 mL Fisher	Scientific	13-678-12D	Per l'aggiunta del trattamento alle fiale contenenti coupon.
Pipette sierologiche da 50 mL	Fisher Scientific	13-678-14C	Per l'aggiunta di neutralizzante alle fiale al termine del tempo di contatto del trattamento.
Bastoncini applicatori	Puritan	807
Emostatici	Fisher Scientific	16-100-115
Spatola metallica	Fisher Scientific	14-373
Poliziotti in PTFE	Saint-Gobain	06369-04
S 10 N - 10 G - ST Strumento di dispersione	IKA	4446700	Per l'omogeneizzazione di campioni di biofilm.
Forbici	Fisher Scientific	08-951-20
Catetere di Foley in silicone, misura 16 French	Medline Industries	DYND11502
Tubo in silicone, misura 16	Cole-Parmer	EW96400-16
Splash Guards	BioSurface Technologies, Inc.	CBR 2232
T 10 dispersore basico ULTRA-TURRAX	IKA	3737001	Per l'omogeneizzazione di campioni di biofilm.
Connettori per tubi	Cole-Parmer	EW02023-86
Pulitore ad ultrasuoni	Elma	TI-H15
Vortex-Genie 2	Scientific Industries	SI-0236
Vortex-Genie 2 Supporto per provette verticale da 50 mL	Scientific Industries	SI-V506