Hybrid <em>De Novo</em> Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

Belle M. Sharon; Neha V. Hulyalkar; Vivian H. Nguyen; Philippe E. Zimmern; Kelli L. Palmer; Nicole J. De Nisco

doi:10.3791/62872

/

Hybride de novo genoomassemblage voor het genereren van complete genomen van urinebacteriën met behulp van short- en long-read sequencing-technologieën

JoVE Journal
Genetics

This content is Free Access.

JoVE Journal Genetics

Hybrid De Novo Genome Assembly for the Generation of Complete Genomes of Urinary Bacteria using Short- and Long-read Sequencing Technologies

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Hybride de novo genoomassemblage voor het genereren van complete genomen van urinebacteriën met behulp van short- en long-read sequencing-technologieën

DOI:

10.3791/62872-v

•

12:08 min

•

August 20, 2021

•

Belle M. Sharon, Neha V. Hulyalkar, Vivian H. Nguyen, Philippe E. Zimmern, Kelli L. Palmer, Nicole J. De Nisco

¹Department of Biological Sciences,University of Texas at Dallas, ²Department of Urology,University of Texas Southwestern Medical Center

Chapters

00:04Introduction
01:00dsDNA Pool Cleanup and Concentration
03:25Sequence the Genome Library
05:14Long (MinION) Reads
06:55Generating Hybrid Genome Assembly
08:34Assessing Assembly Quality
09:34Genome Annotation
10:07Results: Analysis of Extracted DNA and Complete Genome Sequencing of Urinary Bacteria
11:37Conclusion

Summary

Automatic Translation

Dit protocol beschrijft een alomvattende aanpak voor het kweken, sequentiëren en de novo hybride genoomassemblage van urinebacteriën. Het biedt een reproduceerbare procedure voor het genereren van volledige, circulaire genoomsequenties die nuttig zijn bij het bestuderen van zowel chromosomale als extrachromosomale genetische elementen die bijdragen aan urinaire kolonisatie, pathogenese en verspreiding van antimicrobiële resistentie.

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Procedure voor Adaptive Laboratorium Evolutie van micro-organismen met behulp van een Chemostat

CyVerse Resources gebruiken voor<em> De Novo</em> Vergelijkende transcriptomics van onderverdiende (niet-model) organismen

Zuivering van hoog molecuulgewicht Genomic DNA van echte meeldauw voor Long-Read Sequencing

Generatie van inheemse chromatine Immunoprecipitation Sequencing bibliotheken nucleosoom dichtheid p.a.

Zeldzame gebeurtenis detectie met behulp van fout-gecorrigeerd DNA en RNA Sequencing

Een snelle en kwantitatieve methode voor de posttranslationele wijziging en Variant ingeschakeld toewijzing van peptiden aan Genomes

Versterking van in de buurt van Full-length HIV-1 Proviruses voor Next-Generation Sequencing

High-throughput identificatie van regelgevende gensequenties met behulp van Next-generation Sequencing van circulaire chromosoom conformatie Capture (4C-seq)