L'immunità innata fornisce la prima linea di difesa critica in risposta agli agenti patogeni e agli insulti sterili. Una componente meccanicistica chiave di questa risposta è l'inizio della morte cellulare immunoprogrammata innata (PCD) per eliminare le cellule infette o danneggiate e propagare le risposte immunitarie. Tuttavia, l'eccesso di PCD è associato a infiammazione e patologia. Pertanto, la comprensione dell'attivazione e della regolazione della PCD è un aspetto centrale della caratterizzazione delle risposte immunitarie innate e dell'identificazione di nuovi bersagli terapeutici in tutto lo spettro della malattia.
Questo protocollo fornisce metodi per caratterizzare l'attivazione immunitaria innata della PCD monitorando le caspasi, una famiglia di proteasi dipendenti dalla cisteina che sono spesso associate a diversi percorsi di PCD, tra cui apoptosi, piroptosi, necroptosi e PANoptosi. I rapporti iniziali hanno caratterizzato la caspasi-2, la caspasi-8, la caspasi-9 e la caspasi-10 come caspasi iniziatrici e le caspasi-3, caspasi-6 e caspasi-7 come caspasi effettrici nell'apoptosi, mentre studi successivi hanno scoperto che le caspasi infiammatorie, caspasi-1, caspasi-4, caspasi-5 e caspasi-11, guidano la piroptosi. È ormai noto che esiste un'ampia diafonia tra le caspasi e altre molecole innate di morte immunitaria e cellulare attraverso i percorsi PCD precedentemente definiti, identificando una lacuna di conoscenza chiave nella comprensione meccanicistica dell'immunità innata e della PCD e portando alla caratterizzazione della PANoptosis. La PANoptosi è una via PCD infiammatoria immunitaria innata unica regolata da complessi PANoptosoma, che integrano componenti, comprese le caspasi, da altre vie di morte cellulare.
Qui vengono forniti metodi per valutare l'attivazione delle caspasi in risposta a vari stimoli. Questi metodi consentono la caratterizzazione delle vie della PCD sia in vitro che in vivo, poiché le caspasi attivate subiscono una scissione proteolitica che può essere visualizzata mediante western blotting utilizzando anticorpi e condizioni di blotting ottimali. Sono stati stabiliti un protocollo e un flusso di lavoro western blotting che consentono la valutazione dell'attivazione di più caspasi dalla stessa popolazione cellulare, fornendo una caratterizzazione completa dei processi PCD. Questo metodo può essere applicato in tutte le aree di ricerca in sviluppo, omeostasi, infezione, infiammazione e cancro per valutare i percorsi PCD attraverso i processi cellulari in salute e malattia.