Capire come le piante e gli agenti patogeni interagiscono e se tale interazione culmina nella difesa o nella malattia, è necessario per sviluppare strategie più forti e più sostenibili per la salute delle piante. I progressi nei metodi che visualizzano in modo più efficace i campioni di patogeni vegetali durante l'infezione e la colonizzazione hanno prodotto strumenti come il saggio della guaina delle foglie di riso, che è stato utile nel monitoraggio dell'infezione e degli eventi di colonizzazione precoce tra il riso e il patogeno fungino, Magnaporthe oryzae. Questo patogeno emi-biotrofico causa gravi perdite di malattia nel riso e nelle monocotiledoni correlate, tra cui miglio, segale, orzo e, più recentemente, grano. Il saggio della guaina fogliare, se eseguito correttamente, produce una sezione vegetale otticamente chiara, spessa diversi strati, che consente ai ricercatori di eseguire l'imaging di cellule vive durante l'attacco di patogeni o generare campioni fissi colorati per caratteristiche specifiche. Indagini cellulari dettagliate sull'interazione orzo-M. oryzae sono rimaste indietro rispetto a quelle dell'ospite del riso, nonostante la crescente importanza di questo grano come fonte di cibo per animali e umani e come bevande fermentate. Qui è riportato lo sviluppo di un saggio di guaina per foglie d'orzo per studi complessi sulle interazioni di M. oryzae durante le prime 48 ore post-inoculazione. Il saggio della guaina fogliare, indipendentemente dalla specie studiata, è delicato; Viene fornito un protocollo che copre tutto, dalle condizioni di crescita dell'orzo e l'ottenimento di una guaina fogliare, all'inoculazione, all'incubazione e all'imaging del patogeno sulle foglie delle piante. Questo protocollo può essere ottimizzato per lo screening ad alta produttività utilizzando qualcosa di semplice come uno smartphone per scopi di imaging.