Il tessuto adiposo bruno (BAT) è un deposito adiposo specializzato nella dissipazione di energia che può anche servire come organo endocrino attraverso la secrezione di molecole bioattive. La creazione di topi knockout specifici per BAT è uno degli approcci più popolari per comprendere il contributo di un gene di interesse alla regolazione dell'energia mediata da BAT. La strategia convenzionale di targeting genico che utilizza il sistema Cre-LoxP è stato l'approccio principale per generare topi knockout tessuto-specifici. Tuttavia, questo approccio richiede tempo e noia. Qui, descriviamo un protocollo per il knockout rapido ed efficiente di un gene di interesse in BAT utilizzando un sistema combinato Cre-LoxP, CRISPR-Cas9 e virus adeno-associato (AAV) a guida singola (sgRNA). Il BAT interscapolare si trova nello strato profondo tra i muscoli. Pertanto, il BAT deve essere esposto per iniettare l'AAV in modo preciso e diretto nel BAT all'interno del campo visivo. Una corretta manipolazione chirurgica è fondamentale per prevenire danni ai nervi e ai vasi simpatici, come la vena di Sultzer che si collega al BAT. Per ridurre al minimo il danno tissutale, vi è una necessità critica di comprendere la posizione anatomica tridimensionale del BAT e le competenze chirurgiche richieste nelle fasi tecniche. Questo protocollo evidenzia le procedure tecniche chiave, tra cui la progettazione di sgRNA mirati al gene di interesse, la preparazione di particelle AAV-sgRNA e l'intervento chirurgico per la microiniezione diretta di AAV in entrambi i lobi BAT per generare topi knockout specifici per BAT, che possono essere ampiamente applicati per studiare le funzioni biologiche dei geni nelle BAT.