JoVE Journal > Neuroscience
Summary
Abstract
Introduction
Protocol
Risultati
Discussion
Divulgazioni
Acknowledgements
Materials
Riferimenti
Traduzione automatica
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.
Neuroscienze

Handmatige segmentatie van de menselijke plexus choroideus met behulp van hersen-MRI

Published: December 15, 2023
doi:
10.3791/65341
, , , ,
1Department of Psychiatry,Beth Israel Deaconess Medical Center, 2Division of Translational Neuroscience,Beth Israel Deaconess Medical Center, 3Huaxi MR Research Center (HMRRC), Department of Radiology,West China Hospital of Sichuan University, 4Department of Psychiatry and Psychotherapy,Jena University Hospital, 5AI in Medical Imaging,German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE), 6A. A. Martinos Center for Biomedical Imaging,Massachusetts General Hospital, 7Department of Radiology,Harvard Medical School, 8Department of Psychiatry,Harvard Medical School

Summary

Ondanks de cruciale rol van de plexus choroideus in de hersenen, zijn neuroimaging-studies van deze structuur schaars vanwege het gebrek aan betrouwbare geautomatiseerde segmentatietools. Het huidige protocol heeft tot doel te zorgen voor een handmatige segmentatie van de plexus choroideus die toekomstige neuroimaging-onderzoeken kan informeren.

Abstract

De plexus choroideus is betrokken bij de neurologische ontwikkeling en een reeks hersenaandoeningen. Er zijn aanwijzingen dat de plexus choroideus van cruciaal belang is voor de rijping van de hersenen, de regulatie van het immuunsysteem/de ontsteking en het gedragsmatig/cognitief functioneren. De huidige geautomatiseerde neuroimaging-segmentatietools zijn echter slecht in het nauwkeurig en betrouwbaar segmenteren van de plexus choroideus laterale ventrikel. Bovendien is er geen bestaand hulpmiddel dat de plexus choroideus in de derde en vierde ventrikels van de hersenen segmenteert. Er is dus een protocol nodig dat aangeeft hoe de plexus choroideus in de laterale, derde en vierde ventrikel moet worden gesegmenteerd om de betrouwbaarheid en reproduceerbaarheid te vergroten van studies die de plexus choroideus onderzoeken bij neurologische ontwikkelings- en hersenaandoeningen. Dit protocol biedt gedetailleerde stappen voor het maken van afzonderlijk gelabelde bestanden in 3D Slicer voor de plexus choroideus op basis van DICOM- of NIFTI-afbeeldingen. De plexus choroideus wordt handmatig gesegmenteerd met behulp van de axiale, sagittale en coronale vlakken van T1w-beelden, waarbij ervoor wordt gezorgd dat voxels worden uitgesloten van grijze of witte stofstructuren die grenzen aan de ventrikels. De venstering zal worden aangepast om te helpen bij de lokalisatie van de plexus choroideus en zijn anatomische grenzen. Methoden voor het beoordelen van nauwkeurigheid en betrouwbaarheid zullen worden gedemonstreerd als onderdeel van dit protocol. Gouden standaard segmentatie van de plexus choroideus met behulp van handmatige afbakeningen kan worden gebruikt om betere en betrouwbaardere geautomatiseerde segmentatietools te ontwikkelen die openlijk kunnen worden gedeeld om veranderingen in de plexus choroideus gedurende de levensduur en binnen verschillende hersenaandoeningen op te helderen.

Introduction

Plexus choroideus functie
De plexus choroideus is een sterk gevasculariseerde structuur in de hersenen die bestaat uit gefenestreerde haarvaten en een monolaag van epitheelcellen van de plexus choroideus1. De plexus choroideus projecteert in de laterale, derde en vierde hersenventrikels en produceert cerebrospinale vloeistof (CSF), die een belangrijke rol speelt bij neurale patronen2 en hersenfysiologie 3,4. De plexus choroideus scheidt neurovasculaire stoffen af, omvat een stamcelachtige opslagplaats en fungeert als een fysieke barrière om de toegang van toxische metabolieten te belemmeren, een enzymatische barrière om delen te verwijderen die de fysieke barrière omzeilen, en een immunologische barrière om te beschermen tegen vreemde indringers. De plexus choroideus moduleert neurogenese6, synaptische plasticiteit7, ontsteking8, circadiaans ritme 9,10, darmhersenas11 en cognitie12. Bovendien kunnen perifere cytokines, stress en infectie (waaronder SARS-CoV-2) de bloed-CSF-barrière verstoren 13,14,15,16. Het choroideus plexus-CSF-systeem is dus een integraal onderdeel van neurologische ontwikkeling, rijping van het neurocircuit, homeostase van de hersenen en herstel17. Aangezien immuun-, inflammatoire, metabole en enzymatische veranderingen van invloed zijn op de hersenen, gebruiken onderzoekers neuroimaging-instrumenten om de rol van de plexus choroideus gedurende de levensduur en bij hersenaandoeningen te beoordelen 18,19,20. Er zijn echter beperkingen in veelgebruikte geautomatiseerde tools voor segmentatie van de plexus choroide, zoals FreeSurfer, waardoor de plexus choroideus slecht gesegmenteerd is. Er is dus een kritieke behoefte aan handmatige segmentatie van de plexus choroideus die kan worden gebruikt om een nauwkeurig geautomatiseerd hulpmiddel voor segmentatie van de plexus choroideus te ontwikkelen.

Plexus choroideus bij neurologische ontwikkeling en hersenaandoeningen
De rol van de plexus choroideus bij hersenaandoeningen is lange tijd verwaarloosd, vooral omdat het werd beschouwd als een ondersteunende speler wiens rol het was om de hersenen op te vangen en een goede zoutbalans te handhaven 2,21. De plexus choroideus heeft echter aandacht gekregen als een structuur die verband houdt met hersenaandoeningen zoals pijnsyndromen22, SARS-CoV-216,23,24, neurologische ontwikkeling2 en hersenaandoeningen19, wat wijst op een transdiagnostisch effect bij de ontwikkeling van gedragsstoornissen. Bij neurologische ontwikkelingsstoornissen werden cysten van de plexus choroideus geassocieerd met een verhoogd risico op ontwikkelingsachterstand, aandachtstekortstoornis met hyperactiviteit (ADHD) of autismespectrumstoornis (ASS)25,26. Bovendien bleek het volume van de plexus choroideus lateraal ventrikel verhoogd te zijn bij patiënten met ASS27. Bij hersenaandoeningen zijn sinds 1921 afwijkingen van de plexus choroideus beschreven bij psychotische stoornissen28,29. Eerdere studies hebben verbale plexusvergroting geïdentificeerd met behulp van FreeSurfer-segmentatie bij een grote steekproef van patiënten met psychotische stoornissen in vergelijking met zowel hun eerstegraads familieleden als controles19. Deze bevindingen werden gerepliceerd met behulp van handmatig gesegmenteerd plexusvolume van het vaatvlies in een grote steekproef van de klinische populatie met een hoog risico op psychose en ontdekten dat deze patiënten een groter volume van de plexus choroideus hadden in vergelijking met gezonde controles. Er is een groeiend aantal onderzoeken die vergroting van de plexus choroideus aantonen bij complex regionaal pijnsyndroom22, beroerte31, multiple sclerose20,32, Alzheimer33,34 en depressie35, waarbij sommige een verband aantonen tussen perifere en immuun-/ontstekingsactiviteit in de hersenen. Deze neuroimaging-onderzoeken zijn veelbelovend; een slechte segmentatie van de plexus choroidus choroides laterale ventrikel door FreeSurfer21 beperkt echter de betrouwbaarheid van geautomatiseerde schatting van het volume van de plexus choroideus (choroideus plexus). Als gevolg hiervan zijn studies in multiple sclerose20,32, depressie35, Alzheimer34 en vroege psychose36 begonnen met het handmatig segmenteren van de laterale ventrikel choroideuze plexus, maar er zijn geen huidige richtlijnen voor hoe dit te doen, noch is hun begeleiding voor het segmenteren van de derde en vierde ventrikel choroideuze plexus.

Veelgebruikte segmentatietools sluiten de plexus choroideus uit
Hersensegmentatiepijplijnen zoals FreeSurfer37,38,39, FMRIB Software Library (FSL)40, SLANT41 en FastSurfer (ontwikkeld door de co-auteur Martin Reuter)42,43, segmenteren nauwkeurig en betrouwbaar corticale en subcorticale structuren met behulp van atlasgebaseerde (FSL), atlas- en oppervlaktegebaseerde (FreeSurfer) en deep learning-segmentatieparadigma’s (SLANT en FastSurfer). Zwakke punten van sommige van deze benaderingen zijn onder meer verwerkingssnelheid, beperkte generalisatie naar verschillende scanners, veldsterktes en voxelgroottes37,44, en geforceerde uitlijning van de labelkaart in een standaard atlasruimte. De mogelijkheid om de plexus choroideus te segmenteren en de compatibiliteit met MRI met hoge resolutie wordt echter alleen aangepakt door FreeSurfer en FastSurfer. De neurale netwerken achter FastSurfer zijn getraind op FreeSurfer-choroïde plexuslabels, dus ze erven de eerder besproken betrouwbaarheids- en dekkingsbeperkingen van FreeSurfer, waarbij de derde en vierde ventrikels worden genegeerd21. De huidige beperkingen voor MRI met hoge resolutie bestaan ook, maar FreeSurfer’s stream45 met hoge resolutie en FastSurferVINN43 kunnen worden gebruikt om dit probleem op te lossen.

Huidige segmentatietools voor plexus choroideus
Er is slechts één vrij beschikbaar segmentatiehulpmiddel voor de plexus choroideus, maar de segmentatienauwkeurigheid is beperkt. Nauwkeurige segmentatie van de plexus choroideus kan worden beïnvloed door verschillende factoren, waaronder (1) variabiliteit in de locatie van de plexus choroideus (ruimtelijk niet-stationair) vanwege de locatie in de ventrikels, (2) verschillen in voxelintensiteit, contrast, resolutie (heterogeniteit binnen de structuur) als gevolg van cellulaire heterogeniteit, dynamische plexusfunctie van het vaatvlies, pathologische veranderingen of gedeeltelijke volume-effecten, (3) leeftijds- of pathologiegerelateerde verschillen in ventriculaire grootte die van invloed zijn op de grootte van de plexus choroideus, en (4) nabijheid van aangrenzende subcorticale structuren (hippocampus, amygdala, caudaat en cerebellum), die ook moeilijk te segmenteren zijn. Gezien deze uitdagingen wordt de plexus choroideus vaak onderschat of overschat of genegeerd door FreeSurfer-segmentaties.

Drie recente publicaties gingen in op de lacune van betrouwbare segmentatie van de plexus choroideus met een Gaussiaans mengselmodel (GMM)46, een axiaal-MLP47 en op U-Net gebaseerde deep learning-benaderingen48. Elk model werd getraind en geëvalueerd met behulp van privé, handmatig gelabelde datasets van maximaal 150 proefpersonen met een beperkte diversiteit aan scanners, sites, demografische gegevens en aandoeningen. Hoewel deze publicaties 46,48,49 significante verbeteringen bereikten ten opzichte van FreeSurfer’s choroid plexus segmentatie – soms een verdubbeling van de kruising van voorspelling en grondwaarheid, is geen van beide methoden (1) gevalideerd in MRI met hoge resolutie, (2) heeft speciale generalisatie- en betrouwbaarheidsanalyses, (3) beschikt over grote representatieve trainings- en testdatasets, (4) richt zich specifiek op of analyseert choroid plexus segmentatie-uitdagingen zoals gedeeltelijke volume-effecten, of (5) is openbaar beschikbaar als een kant-en-klaar hulpmiddel. De huidige “gouden standaard” voor segmentatie van de plexus choroideus is dus handmatige tracering, bijvoorbeeld met behulp van 3D Slicer50 of ITK-SNAP51, die nog niet eerder is beschreven en een grote uitdaging is geweest voor onderzoekers die de rol van de plexus choroideus in hun studies willen onderzoeken. 3D Slicer werd gekozen voor handmatige segmentatie vanwege de bekendheid van de auteur met de software en omdat het de gebruiker verschillende tools biedt op basis van verschillende benaderingen die kunnen worden gecombineerd om het gewenste resultaat te verkrijgen. Andere tools kunnen worden gebruikt, zoals ITK-SNAP, dat voornamelijk gericht is op beeldsegmentatie, en als de tool eenmaal onder de knie is, kan de gebruiker goede resultaten behalen. Daarnaast hebben de auteurs een case-control studie uitgevoerd die de hoge nauwkeurigheid en betrouwbaarheid van hun handmatige segmentatietechniek met behulp van 3D Slicer30 aantoont, en die specifieke methodologie wordt hierin beschreven.

Protocol

Het huidige protocol is goedgekeurd door de Institutional Review Board van het Beth Israel Deaconess Medical Center. Een gezonde proefpersoon met een MRI-scan van de hersenen die vrij was van artefacten of beweging werd gebruikt voor deze protocoldemonstratie en er werd schriftelijke geïnformeerde toestemming verkregen. Een 3,0 T MRI-scanner met een 32-kanaals kopspoel (zie Materiaaltabel) werd gebruikt om 3D-T1-beelden te verkrijgen met een resolutie van 1 mm x 1 mm x 1,2 mm. De MP-RAGE ASSET-sequentie…

Representative Results

De voorgestelde methode heeft een iteratieve verfijning ondergaan voor de plexus choroideus van het laterale ventrikel, waarbij uitgebreid is getest op een cohort van 169 gezonde controles en 340 patiënten met een klinisch hoog risico op psychose30. Met behulp van de hierboven beschreven techniek verkregen de auteurs een hoge intra-beoordelaar nauwkeurigheid en betrouwbaarheid met een DC = 0,89, avgHD = 3,27 mm3 en single-rater ICC = 0,9730, wat de kracht van het hierin beschreven prot…

Discussion

Kritieke stappen van het protocol
Drie cruciale stappen vereisen speciale aandacht bij de implementatie van dit protocol. Ten eerste is het controleren van de kwaliteit en het contrast van MR-beelden essentieel om een nauwkeurige segmentatie te garanderen. Als de kwaliteit van het beeld te slecht is, of het contrast te laag of te hoog, kan dit leiden tot een onnauwkeurige afbakening van de plexus choroideus. Het contrast voor de afbeelding kan worden aangepast door de grijswaardenwaarde van de afbeeld…

Divulgazioni

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Dit werk werd ondersteund door een National Institute of Mental Health Award R01 MH131586 (aan PL en MR), R01 MH078113 (aan MK) en een Sydney R Baer Jr Foundation Grant (aan PL).

Materials

3D Slicer 3D Slicer https://www.slicer.org/ A free, open source software for visualization, processing, segmentation, registration, and analysis of medical, biomedical, and other 3D images and meshes; and planning and navigating image-guided procedures.
FreeSurfer FreeSurfer https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/ An open source neuroimaging toolkit for processing, analyzing, and visualizing human brain MR images
ITK-SNAP ITK-SNAP http://www.itksnap.org/pmwiki/pmwiki.php A free, open-source, multi-platform software application used to segment structures in 3D and 4D biomedical images. 
Monai Package Monai Consortium https://docs.monai.io/en/stable/metrics.html Use for Dice Coefficient and DeepMind average Surface Distance. 
MRI scanner GE Discovery MR750 
Psych Package R-Project https://cran.r-project.org/web/packages/psych/index.html A general purpose toolbox developed originally for personality, psychometric theory and experimental psychology.
R Software R-Project https://www.r-project.org/ R is a free software environment for statistical computing and graphics. 
RStudio Posit https://posit.co/ An RStudio integrated development environment (IDE) is a set of tools built to help you be more productive with R and Python. 
Windows or Apple OS Desktop or Laptop Any company n/a Needed for running the software used in this protocol. 
DOWNLOAD MATERIALS LIST

Riferimenti

  1. Lun, M. P., Monuki, E. S., Lehtinen, M. K. Development and functions of the choroid plexus-cerebrospinal fluid system. Nature Reviews Neuroscience. 16 (8), 445-457 (2015).
  2. Dani, N., Herbst, R. H., McCabe, C. A cellular and spatial map of the choroid plexus across brain ventricles and ages. Cell. 184 (11), 3056-3074 (2021).
  3. Kaiser, K., Bryj, a. V. Choroid plexus: the orchestrator of long-range signalling within the CNS. IJMS. 21 (13), 4760 (2020).
  4. Damkier, H. H., Brown, P. D., Praetorius, J. Cerebrospinal fluid secretion by the choroid plexus. Physiological Reviews. 93, 46 (2013).
  5. Liddelow, S. A. Development of the choroid plexus and blood-CSF barrier. Frontiers in Neuroscience. 9, 00032 (2015).
  6. Gato, A., Alonso, M. I., Lamus, F., Miyan, J. Neurogenesis: A process ontogenically linked to brain cavities and their content, CSF. Seminars in Cell & Developmental Biology. 102, 21-27 (2020).
  7. Spatazza, J., Lee, H. H. C., Di Nardo, A. A. Choroid-plexus-derived Otx2 homeoprotein constrains adult cortical plasticity. Cell Reports. 3 (6), 1815-1823 (2013).
  8. Kim, S., Hwang, Y., Lee, D., Webster, M. J. Transcriptome sequencing of the choroid plexus in schizophrenia. Translational Psychiatry. 6 (11), e964-964 (2016).
  9. Myung, J., Schmal, C., Hong, S. The choroid plexus is an important circadian clock component. Nature Communications. 9 (1), 1062 (2018).
  10. Quintela, T., Furtado, A., Duarte, A. C., Gonçalves, I., Myung, J., Santos, C. R. A. The role of circadian rhythm in choroid plexus functions. Progress in Neurobiology. 205, 102129 (2021).
  11. Gorlé, N., Blaecher, C., Bauwens, E., et al. The choroid plexus epithelium as a novel player in the stomach-brain axis during Helicobacter infection. Brain, Behavior, and Immunity. 69, 35-47 (2018).
  12. Zappaterra, M. W., Lehtinen, M. K. The cerebrospinal fluid: regulator of neurogenesis, behavior, and beyond. Cellular and Molecular Life Sciences. 69 (17), 2863-2878 (2012).
  13. Cardia, E., Molina, D., Abbate, F. Morphological modifications of the choroid plexus in a rodent model of acute ventriculitis induced by gram-negative liquoral sepsis: Possible implications in the pathophysiology of hypersecretory hydrocephalus. Child’s Nervous System. 11 (9), 511-516 (1995).
  14. Coisne, C., Engelhardt, B. Tight junctions in brain barriers during central nervous system inflammation. Antioxidants & Redox Signaling. 15 (5), 1285-1303 (2011).
  15. Szmydynger-Chodobska, J., Strazielle, N., Gandy, J. R. Posttraumatic Invasion of monocytes across the blood-cerebrospinal fluid barrier. Journal of Cerebral Blood Flow & Metabolism. 32 (1), 93-104 (2012).
  16. Pellegrini, L., Albecka, A., Mallery, D. L. SARS-CoV-2 infects the brain choroid plexus and disrupts the blood-csf barrier in human brain organoids. Cell Stem Cell. 27 (6), 951-961 (2020).
  17. Bitanihirwe, B., Lizano, P., Woo, T. Deconstructing the functional neuroanatomy of the choroid plexus: an ontogenetic perspective for studying neurodevelopmental and neuropsychiatric disorders. Review at Molecular Psychiatry. , (2022).
  18. Ramaekers, V., Sequeira, J. M., Quadros, E. V. Clinical recognition and aspects of the cerebral folate deficiency syndromes. Clinical Chemistry and Laboratory Medicine. 51 (3), 0543 (2012).
  19. Lizano, P., Lutz, O., Ling, G. Association of choroid plexus enlargement with cognitive, inflammatory, and structural phenotypes across the psychosis spectrum. AJP. 176 (7), 564-572 (2019).
  20. Kim, H., Lim, Y. M., Kim, G. Choroid plexus changes on magnetic resonance imaging in multiple sclerosis and neuromyelitis optica spectrum disorder. Journal of the Neurological Sciences. 415, 116904 (2020).
  21. Bannai, D., Lutz, O., Lizano, P. Neuroimaging considerations when investigating choroid plexus morphology in idiopathic psychosis. Schizophrenia Research. 224, 19-21 (2020).
  22. Zhou, G., Hotta, J., Lehtinen, M. K., Forss, N., Hari, R. Enlargement of choroid plexus in complex regional pain syndrome. Scientific Reports. 5 (1), 14329 (2015).
  23. Jacob, F., Pather, S. R., Huang, W. K. Human pluripotent stem cell-derived neural cells and brain organoids reveal SARS-CoV-2 neurotropism predominates in choroid plexus epithelium. Cell Stem Cell. 27 (6), 937-950 (2020).
  24. Yang, A. C., Kern, F., Losada, P. M. Dysregulation of brain and choroid plexus cell types in severe COVID-19. Nature. 595 (7868), 565-571 (2021).
  25. Lin, Y. J., Chiu, N. C., Chen, H. J., Huang, J. Y., Ho, C. S. Cranial ultrasonographic screening findings among healthy neonates and their association with neurodevelopmental outcomes. Pediatrics & Neonatology. 62 (2), 158-164 (2021).
  26. Chang, H., Tsai, C. M., Hou, C. Y., Tseng, S. H., Lee, J. C., Tsai, M. L. Multiple subependymal pseudocysts in neonates play a role in later attention deficit hyperactivity and autistic spectrum disorder. Journal of the Formosan Medical Association. 118 (3), 692-699 (2019).
  27. Levman, J., Vasung, L., MacDonald, P. Regional volumetric abnormalities in pediatric autism revealed by structural magnetic resonance imaging. International Journal of Developmental Neuroscience. 71 (1), 34-45 (2018).
  28. Taft, A. E. A note on the pathology of the choroid plexus in general paralysis. Archives of Neurology & Psychiatry. 7 (2), 177 (1922).
  29. D, S. R. The choroid plexus in organic diseases of the brain and of schizophreina. The Journal of Nervous and Mental Disease. 56, 21-26 (1921).
  30. Bannai, D., Reuter, M., Hegde, R. Linking choroid plexus enlargement with plasma analyte and structural phenotypes in clinical high risk for psychosis: a multisite neuroimaging study. BioRxiv. , (2022).
  31. Egorova, N., Gottlieb, E., Khlif, M. S., Spratt, N. J., Brodtmann, A. Choroid plexus volume after stroke. International Journal of Stroke. 14 (9), 923-930 (2019).
  32. Ricigliano, V. A., Morena, E., Colombi, A. Choroid plexus enlargement in inflammatory multiple sclerosis: 3.0-T MRI and translocator protein PET evaluation. Radiology. 301 (1), 166-177 (2021).
  33. Tadayon, E., Pascual-Leone, A., Press, D., Santarnecchi, E. Choroid plexus volume is associated with levels of CSF proteins: relevance for Alzheimer’s and Parkinson’s disease. Neurobiology of Aging. 89, 108-117 (2020).
  34. Choi, J. D., Moon, Y., Kim, H. J., Yim, Y., Lee, S., Moon, W. J. Choroid plexus volume and permeability at brain MRI within the Alzheimer Disease clinical spectrum. Radiology. 304 (3), 635-645 (2022).
  35. Althubaity, N., Schubert, J., Martins, D. Choroid plexus enlargement is associated with neuroinflammation and reduction of blood-brain barrier permeability in depression. NeuroImage: Clinical. 33, 102926 (2022).
  36. Senay, O., et al. Choroid plexus volume in individuals with early course and chronic psychosis – a magnetic resonance imaging study. Schizophrenia Bulletin. , (2022).
  37. Fischi, B. FreeSurfer. NeuroImage. 62 (2), 774-781 (2012).
  38. Fischl, B., et al. Cortical folding patterns and predicting cytoarchitecture. Cerebral Cortex. 18 (8), 1973-1980 (2008).
  39. Fischl, B., vander Kouwe, A., Destrieux, C. Automatically parcellating the human cerebral cortex. Cerebral Cortex. 14 (1), 11-22 (2004).
  40. Patenaude, B., Smith, S. M., Kennedy, D. N., Jenkinson, M. A Bayesian model of shape and appearance for subcortical brain segmentation. NeuroImage. 56 (3), 907-922 (2011).
  41. Huo, Y., Xu, Z., Xiong, Y. 3D whole brain segmentation using spatially localized atlas network tiles. NeuroImage. 194, 105-119 (2019).
  42. Henschel, L., Conjeti, S., Estrada, S., Diers, K., Fischl, B., Reuter, M. FastSurfer – A fast and accurate deep learning based neuroimaging pipeline. NeuroImage. 219, 117012 (2020).
  43. Henschel, L., Kügler, D., Reuter, M. FastSurferVINN: Building resolution-independence into deep learning segmentation methods-A solution for HighRes brain MRI. NeuroImage. 251, 118933 (2022).
  44. Jovicich, J., Czanner, S., Han, X. MRI-derived measurements of human subcortical, ventricular and intracranial brain volumes: Reliability effects of scan sessions, acquisition sequences, data analyses, scanner upgrade, scanner vendors and field strengths. NeuroImage. 46 (1), 177-192 (2009).
  45. Zaretskaya, N., Fischl, B., Reuter, M., Renvall, V., Polimeni, J. R. Advantages of cortical surface reconstruction using submillimeter 7 T MEMPRAGE. NeuroImage. 165, 11-26 (2018).
  46. Tadayon, E., Moret, B., Sprugnoli, G., Monti, L., Pascual-Leone, A., Santarnecchi, E. Improving choroid plexus segmentation in the healthy and diseased brain: Relevance for Tau-PET imaging in dementia. Journal of Alzheimer’s Disease. 74 (4), 1057-1068 (2020).
  47. Schmidt-Mengin, M., Ricigliano, V. A. G., Bodini, B., Išgum, I., Colliot, O. Axial multi-layer perceptron architecture for automatic segmentation of choroid plexus in multiple sclerosis. Medical Imaging 2022: Image Processing. SPIE. , (2022).
  48. Zhao, L., Feng, X., Meyer, C. H., Alsop, D. C. Choroid plexus segmentation using optimized 3D U-Net. 2020 IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI). IEEE. , 381-384 (2020).
  49. Schmidt-Mengin, M., et al. Axial multi-layer perceptron architecture for automatic segmentation of choroid plexus in multiple sclerosis. arXiv. , (2021).
  50. Egger, J., Kapur, T., Nimsky, C., Kikinis, R., Muñoz-Barrutia, A. Pituitary adenoma volumetry with 3D Slicer. PLoS ONE. 7 (12), 51788 (2012).
  51. Yushkevich, P. A., Piven, J., Hazlett, H. C., et al. User-guided 3D active contour segmentation of anatomical structures: Significantly improved efficiency and reliability. NeuroImage. 31 (3), 1116-1128 (2006).
  52. Dice, L. R. Measures of the amount of ecologic association between species. Ecology. 26 (3), 297-302 (1945).
  53. Aydin, O. U., Taha, A. A., Hilbert, A. On the usage of average Hausdorff distance for segmentation performance assessment: hidden error when used for ranking. European Radiology Experimental. 5 (1), (2021).
  54. Shrout, P. E., Fleiss, J. L. Intraclass correlations: Uses in assessing rater reliability. Psychological Bulletin. 86 (2), 420-428 (1979).
  55. Pawlik, D., Leuzy, A., Strandberg, O., Smith, R. Compensating for choroid plexus based off-target signal in the hippocampus using 18F-flortaucipir PET. NeuroImage. 221, 117193 (2020).
  56. Yazdan-Panah, A., Schmidt-Mengin, M., Ricigliano, V. A. G., Soulier, T., Stankoff, B., Colliot, O. Automatic segmentation of the choroid plexuses: Method and validation in controls and patients with multiple sclerosis. NeuroImage: Clinical. 38, 103368 (2023).

Tags

Choroid PlexusManual SegmentationBrain MRILateral VentricleThird VentricleFourth VentricleNeuroimagingNeurodevelopmentBrain Disorders3D SlicerT1-weighted ImagesAutomated Segmentation
check_url/it/65341?article_type=t

Play Video
PDF
DOI
DOWNLOAD MATERIALS LIST
Citazione di questo articolo
Bannai, D., Cao, Y., Keshavan, M., Reuter, M., Lizano, P. Manual Segmentation of the Human Choroid Plexus Using Brain MRI. J. Vis. Exp. (202), e65341, doi:10.3791/65341 (2023).
Scarica citazione
Ristampe e autorizzazioni

View Video

✖

To prove you're not a robot, please enter the text in the image below

CAPTCHA Image
Play CAPTCHA Audio
Refresh Image