La rigenerazione muscolare scheletrica è un processo dinamico guidato dalle cellule staminali muscolari adulte e dalla loro progenie. Per lo più quiescenti in uno stato stazionario, le cellule staminali muscolari adulte si attivano in seguito a una lesione muscolare. Dopo l'attivazione, proliferano e la maggior parte della loro progenie si differenzia per generare cellule muscolari competenti per la fusione, mentre le rimanenti si autorinnovano per ricostituire il pool di cellule staminali. Mentre l'identità delle cellule staminali muscolari è stata definita più di un decennio fa, sulla base della co-espressione di marcatori di superficie cellulare, i progenitori miogenici sono stati identificati solo di recente utilizzando approcci unicellulari ad alta dimensione. Qui, presentiamo un metodo di citometria di massa a singola cellula (citometria a tempo di volo [CyTOF]) per analizzare le cellule staminali e le cellule progenitrici in lesioni muscolari acute per risolvere le dinamiche cellulari e molecolari che si svolgono durante la rigenerazione muscolare. Questo approccio si basa sulla rilevazione simultanea di nuovi marcatori di superficie cellulare e fattori chiave di trascrizione miogenica la cui espressione dinamica consente l'identificazione di cellule staminali attivate e popolazioni di cellule progenitrici che rappresentano punti di riferimento della miogenesi. È importante sottolineare che viene descritta una strategia di smistamento basata sul rilevamento dei marcatori di superficie cellulare CD9 e CD104, che consente l'isolamento prospettico delle cellule staminali muscolari e delle cellule progenitrici utilizzando la selezione cellulare attivata dalla fluorescenza (FACS) per studi approfonditi della loro funzione. Le cellule progenitrici muscolari forniscono un anello mancante critico per studiare il controllo del destino delle cellule staminali muscolari, identificare nuovi bersagli terapeutici per le malattie muscolari e sviluppare applicazioni di terapia cellulare per la medicina rigenerativa. L'approccio qui presentato può essere applicato allo studio delle cellule staminali muscolari e delle cellule progenitrici in vivo in risposta a perturbazioni, come gli interventi farmacologici mirati a specifiche vie di segnalazione. Può anche essere utilizzato per studiare le dinamiche delle cellule staminali muscolari e delle cellule progenitrici in modelli animali di malattie muscolari, facendo progredire la nostra comprensione delle malattie delle cellule staminali e accelerando lo sviluppo di terapie.