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Analyse du génome entier en utilisant ChIP d'identifier les gènes cibles spécifiques Isoform
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Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets
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Analyse du génome entier en utilisant ChIP d'identifier les gènes cibles spécifiques Isoform

DOI:
10.3791/2101-v

•

11:19 min

•

July 07, 2010

•

, , , , , ,
1Department of Biochemistry and Molecular Genetics,University of Illinois Chicago – UIC, 2Research Unit on Biomedical Informatics,Universitat Pompeu Fabra, 3Genome Technology Core,Whitehead Institute for Biomedical Research

Capitoli

  • 00:00Titolo
  • 00:53Introduction
  • 01:33Cell Cross-linking
  • 02:39Cell Sonication
  • 04:03Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)
  • 07:06Amplification of Genomic DNA
  • 08:27Gel Purification of Amplified Products
  • 09:46Representative Results for Genome-wide Analysis Using ChIP
  • 10:53Conclusion

Summary

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Ici, nous présentons une immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) procédure pour analyse de la localisation du génome entier d'isoformes de protéines qui diffèrent dans un domaine histone-contraignant. Nous sommes en l'appliquant à ChIP-Seq analyse pour identifier les cibles de la déméthylase KDM5A/JARID1A/RBP2 histones.

Tags

Genome-wide AnalysisChIPIsoform-specific Gene TargetsTranscriptional FactorsEpigenetic FactorsProtein DomainsPlant Homeodomain (PHD)Histone ModificationsRBP2Oncogenic FusionHuman LeukemiaTrimethylated Lysine 4Histone H3 (H3K4me3)RBP2 IsoformDifferentiationU937 CellsGenomic RegionsHistone Demethylase ActivityTranscriptional Activity

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