Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

Michael L. Beshiri; Abul Islam; Dannielle C. DeWaal; William F. Richter; Jennifer Love; Nuria Lopez-Bigas; Elizaveta V. Benevolenskaya

doi:10.3791/2101

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アイソフォーム特異的遺伝子標的を同定するためのチップを使用してゲノムワイド解析

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Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

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アイソフォーム特異的遺伝子標的を同定するためのチップを使用してゲノムワイド解析

DOI:

10.3791/2101-v

•

11:19 min

•

July 07, 2010

•

Michael L. Beshiri, Abul Islam, Dannielle C. DeWaal, William F. Richter, Jennifer Love, Nuria Lopez-Bigas, Elizaveta V. Benevolenskaya

¹Department of Biochemistry and Molecular Genetics,University of Illinois Chicago – UIC, ²Research Unit on Biomedical Informatics,Universitat Pompeu Fabra, ³Genome Technology Core,Whitehead Institute for Biomedical Research

Capitoli

00:00Titolo
00:53Introduction
01:33Cell Cross-linking
02:39Cell Sonication
04:03Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)
07:06Amplification of Genomic DNA
08:27Gel Purification of Amplified Products
09:46Representative Results for Genome-wide Analysis Using ChIP
10:53Conclusion

Summary

Traduzione automatica

ここでは、ヒストン結合ドメインが異なるタンパク質アイソフォームのゲノムワイド位置解析のためのクロマチン免疫沈降（ChIP）の手順を提示している。我々はKDM5A/JARID1A/RBP2ヒストン脱メチル化酵素の標的を同定するためのChIP - seqの分析に適用しています。

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