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Immunologia e infezioni
/
V3的HIV - 1取向的基因型推理使用人口为基础的测序
JoVE Journal
Immunologia e infezioni
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JoVE Journal
Immunologia e infezioni
Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3
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V3的HIV - 1取向的基因型推理使用人口为基础的测序
DOI:
10.3791/2531-v
•
11:10 min
•
December 27, 2010
•
Rachel A. McGovern
,
P. Richard Harrigan
,
Luke C. Swenson
1
Laboratory Program
,
BC Centre for Excellence in HIV/AIDS
Capitoli
00:05
Titolo
01:25
Amplification of HIV cDNA from Blood Plasma
03:37
Gel Electrophoresis
04:29
Sequencing
07:18
Data Analysis with Base Calling Software
08:18
The Geno2pheno Co-receptor Algorithm
09:37
Interpreting the Geno2pheno FPR
10:37
Conclusion
Summary
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可以推断出艾滋病毒嗜性病毒包膜V3区。 V3是一式三份,采用巢式RT - PCR扩增,测序,PCR扩增,并解释使用生物信息学软件。被列为非R5病毒与G2P分数低1个或多个序列(S)的样品。
Tags
HIV-1 Tropism
Genotypic Inference
Population-based Sequencing
V3 Region
CCR5-antagonist
Viral Population
Coreceptor
Tropism Testing
Viral RNA
Reverse Transcriptase-PCR
Software Analysis
RE Call
Bioinformatic Algorithm
Geno2pheno
False Positive Rate
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