Fenotypiska variation för egenskaper kan bero på mutationer i cis-reglerande element (CRE) sekvenser som styr genuttryck mönster. Metoder härrör för användning i Drosophila melanogaster kan kvantitativt jämföra nivåer av rumsliga och tidsmässiga mönster av genuttryck medieras av ändrat eller naturligt förekommande CRE varianter.