माइक्रोबियल biofilms विशेष कोशिकाओं की अलग subpopulations द्वारा आम तौर पर गठन कर रहे हैं. इन उप - जनसंख्या की एकल कोशिका विश्लेषण फ्लोरोसेंट पत्रकारों के उपयोग की आवश्यकता है. यहाँ हम एक प्रोटोकॉल का वर्णन करने के लिए कल्पना और कई subpopulationswithin की निगरानी<em> बी. subtilis</em> प्रतिदीप्ति माइक्रोस्कोपी और प्रवाह cytometry का उपयोग biofilms.