En ribosomalt RNA (rRNA) udtømning protokol blev udviklet til at berige messenger RNA (mRNA) for RNA-seq af myg tarmen metatranscriptome. Prøve specifikke rRNA prober, som blev brugt til at fjerne rRNA via subtraktion, blev skabt fra myg og dens tarm mikrober. Udførelsen af protokollen kan resultere i fjernelse af tilnærmelsesvis 90-99% af rRNA.