Clostridium difficile er en patogen bakterie, der er en streng anaerob og forårsager antibiotika associeret diarré (AAD). Her, fremgangsmåder til isolering, dyrkning og vedligeholdelse C. difficile vegetative celler og sporer er beskrevet. Disse teknikker kræver en anaerob kammer, der kræver regelmæssig vedligeholdelse for at sikre ordentlige forhold for optimal C. difficile dyrkning.