Protein konformasjon og dynamikk er nøkkelen til å forstå forholdet mellom protein struktur og funksjon. Hydrogen utveksling kombinert med høy oppløsning massespektrometri er en anvendelig metode for å studere konformasjonsendringer dynamikken i proteiner, så vel som å karakterisere protein-ligand-og protein-protein interaksjoner, herunder kontaktgrensesnitt og allosteriske effekter.