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Screening für Funktionelle nichtkodierenden genetischen Varianten Mit elektrophoretische Mobilitäts-Shift-Assay (EMSA) und DNA-Affinitätspräzipitation Assay (DAPA)
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Screening for Functional Non-coding Genetic Variants Using Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) and DNA-affinity Precipitation Assay (DAPA)
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Screening für Funktionelle nichtkodierenden genetischen Varianten Mit elektrophoretische Mobilitäts-Shift-Assay (EMSA) und DNA-Affinitätspräzipitation Assay (DAPA)

DOI:
10.3791/54093-v

•

11:35 min

•

August 21, 2016

•

, , , , ,
1Center for Autoimmune Genomics and Etiology,Cincinnati Children’s Hospital, 2Medical Scientist Training Program,University of Cincinnati, 3Immunology Graduate Program,University of Cincinnati, 4Divisions of Biomedical Informatics and Developmental Biology,Cincinnati Children’s Hospital

Capitoli

  • 00:05Titolo
  • 00:56Preparation of Nuclear Lysate from Cultured Cells
  • 03:19Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)
  • 06:56DNA Affinity Purification Assay (DAPA)
  • 09:37Results: Non-coding Genetic Variants Affect Transcription Factor DNA Binding
  • 11:04Conclusion

Summary

Traduzione automatica

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We present a strategic plan and protocol for identifying non-coding genetic variants affecting transcription factor (TF) DNA binding. A detailed experimental protocol is provided for electrophoretic mobility shift assay (EMSA) and DNA affinity precipitation assay (DAPA) analysis of genotype-dependent TF DNA binding.

Tags

Functional Non-coding Genetic VariantsElectrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)DNA-affinity Precipitation Assay (DAPA)Regulatory ProteinsPathwaysB-lymphoblastoid CellsNuclear LysatesCE BufferNE-bufferDithiothreitol (DTT)Phosphatase InhibitorPhenylmethanesulfonyl Fluoride (PMSF)Nonidet P-40

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