Intestinal organoid kulturer är etablerade från hela kryptor och tillåter inte analys av självförnyelse och differentiering i en cell-specifika mode. Det här protokollet beskriver beredning av sorterade stem (Lgr5+) och nischade (Paneth) celler, som ger upphov till organoids samtidigt som deras tidigare biokemisk och genetisk modifiering och funktionell analys.