Vi presenterar ett arbetsflöde för att segmentera och kvantifiera trabekulärt ben för 2D och 3D bilder baserat på bens yttre gräns med en ImageJ plugin. Detta tillvägagångssätt är mer effektiv och korrekt än den nuvarande manuella hand-contouring metoden och ger lager-för-lager kvantifieringar, som inte är tillgängliga i nuvarande kommersiell programvara.