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Formaldeído-assistida isolamento de elementos reguladores para acessibilidade de cromatina medida em células de mamíferos
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Formaldehyde-assisted Isolation of Regulatory Elements to Measure Chromatin Accessibility in Mammalian Cells

Formaldeído-assistida isolamento de elementos reguladores para acessibilidade de cromatina medida em células de mamíferos

DOI:
10.3791/57272-v

•

08:08 min

•

April 02, 2018

•

, , , ,
1Department of Oncohematology and Genetics. Institute of Biomedicine of Seville (IBiS),University Hospital Virgen del Rocío, 2Institute of Biochemistry, Medical Faculty, Friedrichstrasse 24, Member of the German Center for Lung Research,Justus-Liebig-University

Capitoli

  • 00:04Titolo
  • 01:03Formaldehyde Crosslinking and Cell Harvesting
  • 02:18Cell Lysis and Chromatin Fragmentation
  • 03:25De-crosslinking of Control DNA
  • 04:04Phenol: Chloroform Purification of DNA
  • 06:44Results: Chromatin Accessibility Quantified
  • 07:29Conclusion

Summary

Traduzione automatica

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A plasticidade da arquitetura nuclear é controlada por mecanismos epigenéticos dinâmicos, incluindo não-codificantes RNAs, DNA methylation, nucleossoma reposicionamento, bem como composição de histona e modificação. Aqui descrevemos um protocolo de isolamento Formaldehyde-Assisted de elementos normativos (FAIRE) que permite a determinação de acessibilidade de cromatina de forma reprodutível, barata e simples.

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Keywords: Chromatin AccessibilityFormaldehyde-assisted IsolationRegulatory ElementsMammalian CellsDNA-protein Cross-linkingChromatin RemodelingFAIRESonicationChromatin Fragmentation

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