En detaljeret protokol er beskrevet for adskillelse, identifikation og karakterisering af proteoforms i protein prøver ved hjælp af kapillar zone elektroforese-electrospray Ionisation-tandem massespektrometri (CZE-ESI-MS/MS). Protokollen kan bruges til høj opløsning karakterisering af proteoforms i enkle protein prøver og omfattende identifikation af proteoforms i komplekst proteom prøver.