Rivista
/
Biochimica
/
Brug af open source-MALDI TOF-MS IDBac-rørledningen til analyse af mikrobiel protein og specialiserede metabolit data
JoVE Journal
Biochimica
This content is Free Access.
JoVE Journal Biochimica
Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

Brug af open source-MALDI TOF-MS IDBac-rørledningen til analyse af mikrobiel protein og specialiserede metabolit data

DOI:
10.3791/59219-v

•

09:29 min

•

May 15, 2019

•

, , , , ,
1Department of Medicinal Chemistry and Pharmacognosy, College of Pharmacy,University of Illinois at Chicago, 2Faculty of Pharmaceutical Sciences,University of Iceland

Capitoli

  • 00:04Titolo
  • 01:10Preparation of MALDI Target Plates and Data Acquisition
  • 02:02Installing the IDBac Software and Starting with Raw Data
  • 02:47Work with Previous Experiments
  • 03:22Setting up Protein Data Analysis and Creating Mirror Plots
  • 04:07Clustering Samples Using Protein Data
  • 04:49Customizing the Protein Dendrogram and Inserting Samples from a Separate Experiment into the Dendrogram
  • 05:32Analyzing Specialized Metabolite Data and Metabolite Association Networks (MANs)
  • 06:51Results: Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data by IDBac
  • 08:28Conclusion

Summary

Traduzione automatica

Traduzione automatica

IDBac er en open-source massespektrometrisk-baseret Bioinformatik pipeline, der integrerer data fra både intakt protein og specialiseret metabolit Spectra, indsamlet på cellemateriale skrabet fra bakterielle kolonier. Rørledningen giver forskerne mulighed for hurtigt at organisere hundreder til tusinder af bakterielle kolonier i formodede taksonomiske grupper, og yderligere differentiere dem baseret på specialiserede metabolit produktion.

Tags

Keywords: MALDI TOF-MSIDBacMicrobial ProteinSpecialized MetaboliteBacterial IdentificationSoftwareMass SpectrometryMALDI MatrixData AnalysisBacterial ColoniesProtein SpectraMetabolite SpectraData Processing

Article

Embed

AGGIUNGI ALLA PLAYLIST

Usage Statistics

Video correlati

check_url/it/59219?article_type=v

Fremgangsmåde til at identificere småmolekylære inhibitorer af protein-protein-vekselvirkning mellem HCN1 og TRIP8b
check_url/it/59219?article_type=v

Brug Stillads Liposomer at Rekonstituer Lipid-proksimal protein-protein interaktioner<em> In vitro</em
check_url/it/59219?article_type=v

2 i 1: et-trins affinitet rensning for den parallelle analyse af Protein-Protein og Protein-metabolit komplekser
check_url/it/59219?article_type=v

Korrekturlæsning og DNA reparation analyse ved hjælp af Single Nucleotide udvidelse og MALDI-TOF-massespektrometri analyse
check_url/it/59219?article_type=v

Kalibrering-fri In Vitro kvantificering af Protein Homo-oligomerisering ved hjælp af kommercielle instrumentering og gratis, Open Source lysstyrke analyse Software
check_url/it/59219?article_type=v

Præcis og præcis enkeltmolekyle FRET-målinger ved hjælp af Open Source smfBox
check_url/it/59219?article_type=v

Shotgun Proteomics prøvebehandling automatiseret af en open source lab robot
check_url/it/59219?article_type=v

Enkeltpartikel-kryo-EM-dataindsamling med scenehældning ved hjælp af Leginon
check_url/it/59219?article_type=v

En open source-ramme til masseberegning af antistofbaserede terapeutiske molekyler
check_url/it/59219?article_type=v

Preparation of Hard Palm Seeds for Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Imaging Mass Spectrometry Analysis

Read Article