Denna artikel presenterar ett modulärt protokoll för vävnad lipidomics och transkriptomics och plasma lipidomics i neurologiska sjukdom mus modeller som riktar sig till lipider underliggande inflammation och neuronal aktivitet, membran lipider, nedströms budbärare och mRNA-kodning enzymer/receptorer underliggande lipid funktion. Provtagnings-, provbearbetnings-, extraktions- och kvantifieringsförfaranden beskrivs.