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RNA Next-Generation-Sequenzierung und eine Bioinformatik-Pipeline zur Identifizierung von ausgedrückten LINE-1s auf der Locus-spezifischen Ebene
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RNA Next-Generation Sequencing and a Bioinformatics Pipeline to Identify Expressed LINE-1s at the Locus-Specific Level
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RNA Next-Generation-Sequenzierung und eine Bioinformatik-Pipeline zur Identifizierung von ausgedrückten LINE-1s auf der Locus-spezifischen Ebene

DOI:
10.3791/59771-v

•

11:04 min

•

May 19, 2019

•

, , , , ,
1Tulane Cancer Center,Tulane University, 2Department of Pathology,Tulane University, 3Department of Structural and Cellular Biology,Tulane University, 4Department of Epidemiology,Tulane University

Capitoli

  • 00:04Titolo
  • 00:52Read Alignment Pipeline to Identify Expressed L1s
  • 02:48Manual Curation
  • 07:48Assess Mappability of Each L1 Loci to Factor in a Transcription Level Correction Score
  • 08:42Results: Identification of Full-length L1 Retroelements in the Human Prostate Tumor Cell Line, DU145
  • 10:01Conclusion

Summary

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Hier stellen wir einen bioinformatischen Ansatz und Analysen vor, um LINE-1-Ausdruck auf der ortsspezifischen Ebene zu identifizieren.

Tags

Keywords: RNA-sequencingNext-generation SequencingBioinformatics PipelineLINE-1Mobile ElementsGenetic InstabilityL1 TranscriptsCytoplasmic RNAPolyadenylated TranscriptsAlignment StrategyStrand SeparationRead CountsL1 Loci

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