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RNA 次世代シーケンシングと、遺伝子座固有のレベルで表現されたライン-1s を識別するバイオインフォマティクスパイプライン

JoVE Journal
Genetica

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RNA Next-Generation Sequencing and a Bioinformatics Pipeline to Identify Expressed LINE-1s at the Locus-Specific Level

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RNA 次世代シーケンシングと、遺伝子座固有のレベルで表現されたライン-1s を識別するバイオインフォマティクスパイプライン

DOI:

10.3791/59771-v

•

11:04 min

•

May 19, 2019

•

Tiffany Kaul, Maria E. Morales, Emily Smither, Melody Baddoo², Victoria P. Belancio³, Prescott Deininger⁴

¹Tulane Cancer Center,Tulane University, ²Department of Pathology,Tulane University, ³Department of Structural and Cellular Biology,Tulane University, ⁴Department of Epidemiology,Tulane University

Capitoli

00:04Titolo
00:52Read Alignment Pipeline to Identify Expressed L1s
02:48Manual Curation
07:48Assess Mappability of Each L1 Loci to Factor in a Transcription Level Correction Score
08:42Results: Identification of Full-length L1 Retroelements in the Human Prostate Tumor Cell Line, DU145
10:01Conclusion

Summary

Traduzione automatica

ここでは、おいのアプローチと分析を提示して、遺伝子座の特定のレベルでライン1式を特定します。

Tags

Keywords: RNA-sequencing Next-generation Sequencing Bioinformatics Pipeline LINE-1 Mobile Elements Genetic Instability L1 Transcripts Cytoplasmic RNA Polyadenylated Transcripts Alignment Strategy Strand Separation Read Counts L1 Loci

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