Qui, presentiamo un metodo automatizzato di digestione delle proteine plasmatiche per l'analisi proteomica quantitativa basata sulla spettrometria di massa. In questo protocollo, le fasi di trasferimento e incubazione di liquidi per la denaturazione delle proteine, la riduzione, l'alchilazione e le reazioni di digestione della cipina sono semplificate e automatizzate. Ci vogliono circa cinque ore per preparare una piastra da 96 pozze con la precisione desiderata.