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Analisi di fusioni e fluidi da Ab Initio Molecular Dynamics Simulations con il pacchetto UMD
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Chimica
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JoVE Journal Chimica
Analyzing Melts and Fluids from Ab Initio Molecular Dynamics Simulations with the UMD Package
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Analisi di fusioni e fluidi da Ab Initio Molecular Dynamics Simulations con il pacchetto UMD

DOI:
10.3791/61534-v

•

06:37 min

•

September 17, 2021

•

, , , , ,
1Ecole Normale Supérieure de Lyon, Laboratory of Geology of Lyon UMR5276,CNRS, 2Centre for Earth Evolution and Dynamics (CEED),University of Oslo, 3CEA, DAM, DIF

Capitoli

  • 00:05Introduction
  • 00:24Analysis of the Molecular-dynamics Runs
  • 01:15Perform the Structural Analysis
  • 02:05Perform the Speciation Analysis
  • 02:51Compute Diffusion Coefficients
  • 03:27Time Correlation Functions
  • 04:04Thermodynamic Parameters Stemming from the Simulations
  • 04:29Results: Lifetime of the Si-O Chemical Species
  • 05:59Conclusion

Summary

Traduzione automatica

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Fusioni e fluidi sono vettori onnipresenti del trasporto di massa nei sistemi naturali. Abbiamo sviluppato un pacchetto open source per analizzare le simulazioni di dinamica molecolare ab initio di tali sistemi. Calcoliamo le proprietà strutturali (legame, clusterizzazione, speciazione chimica), trasporto (diffusione, viscosità) e termodinamiche (spettro vibrazionale).

Tags

Ab Initio Molecular DynamicsUMD PackagePhysical PropertiesChemical PropertiesFluidsPython ScriptsMD SimulationVASPPair Distribution FunctionInteratomic Bond DistancesCoordination PolyhedraPolymerizationMean Square DisplacementSelf-diffusivityDiffusion Coefficients

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