Rivista
/
Ricerca sul cancro
/
Drie differentiële expressieanalysemethoden voor RNA-sequencing: limma, EdgeR, DESeq2
JoVE Journal
Ricerca sul cancro
Author Produced
È necessario avere un abbonamento a JoVE per visualizzare questo.  Accedi o inizia la tua prova gratuita.
JoVE Journal Ricerca sul cancro
Three Differential Expression Analysis Methods for RNA Sequencing: limma, EdgeR, DESeq2
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Drie differentiële expressieanalysemethoden voor RNA-sequencing: limma, EdgeR, DESeq2

DOI:
10.3791/62528-v

•

10:10 min

•

September 18, 2021

•

, , , , ,
1Department of Obstetrics and Gynecology,Renmin Hospital of Wuhan University, 2Department of Pathology, Shanghai Skin Disease Hospital,Tongji University School of Medicine

Capitoli

  • 00:08Introduction
  • 01:54I. Download and preprocess the data
  • 05:12II. RNA‐seq differential expression analysis through “limma”
  • 08:53III. RNA‐seq differential expression analysis through “edgeR”
  • 11:34IV. RNA‐seq differential expression analysis through “DESeq2”
  • 13:51V. Venn diagram
  • 14:36Conclusion

Summary

Traduzione automatica

Traduzione automatica

Een gedetailleerd protocol van differentiële expressie analysemethoden voor RNA-sequencing werd verstrekt: limma, EdgeR, DESeq2.

Tags

RNA SequencingDifferential Expression AnalysisLimmaEdgeRDESeq2CholangiocarcinomaCancerGene ExpressionEnsemble Gene IDGene SymbolLow-expressed GenesDesign MatrixDGEListNormalizationLinear ModelT-statisticF-statisticLog-oddsLog2 Fold ChangeFDR

Article

Embed

AGGIUNGI ALLA PLAYLIST

Usage Statistics

Video correlati

check_url/it/62528?article_type=v

Met behulp van RNA-sequencing te detecteren Novel Splice varianten Gerelateerd aan Drug Resistance in<em> In Vitro</em> Cancer Models
check_url/it/62528?article_type=v

Twee-dimensionale gelelektroforese gekoppeld aan massaspectrometrie methoden voor een analyse van menselijke hypofyse adenoom weefsel Proteoom
check_url/it/62528?article_type=v

Driedimensionale bot extracellulaire Matrix Model voor Osteosarcoom
check_url/it/62528?article_type=v

Sequentiëren van klein niet-coderende RNA van Formalin-vaste weefsels en van serum afgeleide Exosomen van castratie bestendige prostaatkanker patiënten
check_url/it/62528?article_type=v

Celdood evalueren met celvrije supernatant van probiotica in driedimensionale sferoïde culturen van colorectale kankercellen
check_url/it/62528?article_type=v

Een geautomatiseerde differentiële nucleaire kleuringtest voor nauwkeurige bepaling van Mitocan Cytotoxicity
check_url/it/62528?article_type=v

Geautomatiseerd dissectieprotocol voor tumorverrijking in weefsels met een laag tumorgehalte
check_url/it/62528?article_type=v

Ruimtelijke profilering van eiwit- en RNA-expressie in weefsel: een benadering om virtuele microdissectie te verfijnen
check_url/it/62528?article_type=v

Fosfolipide mediator geïnduceerde transformatie in driedimensionale culturen
check_url/it/62528?article_type=v

Transmitochondriale Cybride generatie met behulp van kankercellijnen

Read Article