Rivista
/
Ricerca sul cancro
/
Три метода дифференциального экспрессионного анализа для секвенирования РНК: limma, EdgeR, DESeq2
JoVE Journal
Ricerca sul cancro
Author Produced
È necessario avere un abbonamento a JoVE per visualizzare questo.  Accedi o inizia la tua prova gratuita.
JoVE Journal Ricerca sul cancro
Three Differential Expression Analysis Methods for RNA Sequencing: limma, EdgeR, DESeq2
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Три метода дифференциального экспрессионного анализа для секвенирования РНК: limma, EdgeR, DESeq2

DOI:
10.3791/62528-v

•

10:10 min

•

September 18, 2021

•

, , , , ,
1Department of Obstetrics and Gynecology,Renmin Hospital of Wuhan University, 2Department of Pathology, Shanghai Skin Disease Hospital,Tongji University School of Medicine

Capitoli

  • 00:08Introduction
  • 01:54I. Download and preprocess the data
  • 05:12II. RNA‐seq differential expression analysis through “limma”
  • 08:53III. RNA‐seq differential expression analysis through “edgeR”
  • 11:34IV. RNA‐seq differential expression analysis through “DESeq2”
  • 13:51V. Venn diagram
  • 14:36Conclusion

Summary

Traduzione automatica

Traduzione automatica

Приведен подробный протокол методов дифференциального экспрессионного анализа для секвенирования РНК: limma, EdgeR, DESeq2.

Tags

RNA SequencingDifferential Expression AnalysisLimmaEdgeRDESeq2CholangiocarcinomaCancerGene ExpressionEnsemble Gene IDGene SymbolLow-expressed GenesDesign MatrixDGEListNormalizationLinear ModelT-statisticF-statisticLog-oddsLog2 Fold ChangeFDR

Article

Embed

AGGIUNGI ALLA PLAYLIST

Usage Statistics

Video correlati

check_url/it/62528?article_type=v

С помощью РНК-последовательности для обнаружения Novel сращивание Варианты, относящиеся к лекарственной устойчивости<em> In Vitro</em> Модели рака
check_url/it/62528?article_type=v

В сочетании с методами масс-спектрометрии для анализа тканей протеома человека Аденома гипофиза двумерного гель-электрофорез
check_url/it/62528?article_type=v

Внеклеточная матрица модель трехмерных костей для остеосаркомы
check_url/it/62528?article_type=v

Секвенирование малых некодирующих РНК от формина-фиксированных тканей и сыворотки полученных экзосом от кастрации устойчивых больных раком предстательной железы
check_url/it/62528?article_type=v

Оценка гибели клеток с использованием бесклеточного супернатанта пробиотиков в трехмерных сфероидных культурах колоректальных раковых клеток
check_url/it/62528?article_type=v

Автоматизированное дифференциальное ядерное окрашивание анализ для точного определения цитотоксичности митокана
check_url/it/62528?article_type=v

Автоматизированный протокол рассечения для обогащения опухоли в тканях с низким содержанием опухоли
check_url/it/62528?article_type=v

Пространственное профилирование экспрессии белка и РНК в тканях: подход к тонкой настройке виртуальной микродиссекции
check_url/it/62528?article_type=v

Фосфолипидный медиатор индуцированная трансформация в трехмерных культурах
check_url/it/62528?article_type=v

Генерация трансмитохондриальных цибридов с использованием линий раковых клеток

Read Article