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Perfil espacial da expressão de proteínas e RNA em tecidos: uma abordagem para ajustar a microdissecção virtual
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Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

Perfil espacial da expressão de proteínas e RNA em tecidos: uma abordagem para ajustar a microdissecção virtual

DOI:
10.3791/62651-v

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09:19 min

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July 06, 2022

•

, , , , ,
1Department of Pathology,Genentech, 2Department of Microchemistry, Proteomics, Lipidomics & Next Generation Sequencing (MPL-NGS),Genentech, 3NanoString Technologies

Capitoli

  • 00:05Introduction
  • 00:44Automated Visualization Protocol for Spatial Proteomics Assays
  • 06:02Spatial Profiling Platform Protocol for Proteomics Assay
  • 06:47ROI Selection for Spatial Transcriptomics Assays
  • 07:10Results: Application of the Automated TSA Based Visualization Protocol in Combination with Spatial Proteomics Assays and Detection of Small ROIs in the Spatial Transcriptomics Protocol
  • 08:47Conclusion

Summary

Traduzione automatica

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Aqui, descrevemos um protocolo para ajuste fino de regiões de interesse (ROIs) para tecnologias de Ômica Espacial para melhor caracterizar o microambiente tumoral e identificar populações celulares específicas. Para ensaios proteômicos, protocolos personalizados automatizados podem orientar a seleção de ROI, enquanto os ensaios transcriptômicos podem ser ajustados utilizando ROIs tão pequenos quanto 50 μm.

Tags

Spatial ProfilingProtein ExpressionRNA ExpressionVirtual MicrodissectionProteomicsTranscriptomicsAutomated ProtocolRegion Of Interest (ROI) SelectionFluorescent Visualization AntibodiesAutostainerDeparaffinizationCell ConditioningAntibody IncubationHRP BlockerMultimer HRP ReagentAntibody Denaturation

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