Här presenteras ett protokoll för en kapillärelektroforesbaserad väte/deuteriumutbytesmetod (HDX) i kombination med masspektrometri uppifrån och ner. Detta tillvägagångssätt karakteriserar skillnaden i högre ordningsstrukturer mellan olika proteinarter, inklusive proteiner i olika tillstånd och olika proteoformer, genom att genomföra samtidig differentiell HDX och elektroforetisk separation.