Här presenterar vi en pipeline för 3D-korrelativ fokuserad jonstrålefräsning för att vägleda beredningen av cellulära prover för kryoelektrontomografi. 3D-positionen för fluorescerande märkta proteiner av intresse bestäms först med kryofluorescensmikroskopi och riktas sedan mot malning. Protokollet är lämpligt för däggdjurs-, jäst- och bakterieceller.