Protokollen her beskriver metoderne til vurdering af de arbuskulære mycorrhizal koloniseringsmønstre og strategi i rødder for to arter: Zea mays og Festuca rubra. Brugen af MycoPatt-metoden tillader beregning af parametre, omdannelse af mykorrhizastrukturer til digitale data og kortlægning af deres reelle position i rødder.