Le présent protocole décrit la conception, la fabrication et la caractérisation d’un système microfluidique capable d’aligner, d’immobiliser et de comprimer avec précision des centaines d’embryons de Drosophila melanogaster avec une intervention minimale de l’utilisateur. Ce système permet l’imagerie haute résolution et la récupération d’échantillons pour l’analyse post-stimulation et peut être mis à l’échelle pour s’adapter à d’autres systèmes biologiques multicellulaires.