माइटोफैगी माइटोकॉन्ड्रियल गुणवत्ता नियंत्रण का प्राथमिक तंत्र है। हालांकि, विवो में माइटोफैगी का मूल्यांकन विश्वसनीय मात्रात्मक परख की कमी से बाधित होता है। यहां प्रस्तुत एक सेल-परगम्य हरे-फ्लोरोसेंट माइटोकॉन्ड्रिया डाई और एक लाल-फ्लोरोसेंट लाइसोसोम डाई का उपयोग करके जीवित कोशिकाओं में माइटोफैगी के अवलोकन के लिए एक प्रोटोकॉल है।