इस अध्ययन में, पौधों से देसी-एमएसआई नमूने तैयार करने के लिए विधियों की एक श्रृंखला प्रस्तुत की जाती है, और देसी असेंबली इंस्टॉलेशन, एमएसआई डेटा अधिग्रहण और प्रसंस्करण की एक प्रक्रिया विस्तार से वर्णित है। इस प्रोटोकॉल को पौधों में स्थानिक चयापचय जानकारी प्राप्त करने के लिए कई स्थितियों में लागू किया जा सकता है।