Denne protokollen gjør det mulig å avsløre virkningen av profager på vertene. Bakteriekulturer synkroniseres ved hjelp av forhold som best støtter den lysogene tilstanden, og begrenser spontan induksjon. RT-qPCR skiller utvetydig profagbegrensede gener og de som ikke er koblet fra fagkontroll fra de som uttrykkes under den lytiske replikasjonssyklusen.