Här presenterar vi ett protokoll för optimerad korrelativ ljuselektronmikroskopi baserad på endogen, fluorescerande märkning som ett verktyg för att undersöka lokaliseringen av sällsynta proteiner i relation till cellulär ultrastruktur. Kraften i detta tillvägagångssätt demonstreras genom ultrastrukturell lokalisering av endogent LC3 i svältande celler utan Bafilomycin-behandling.