A Comprehensive Approach to Studying the Promoter Interactome in Scarce Cells

April 21, 2023

En integreret arbejdsgang til at studere den promotorcentrerede rumlige-temporale genomarkitektur i knappe cellepopulationer

01:54 min

•

Lysis og fordøjelse af knappe celler

01:16 min

•

Ligering og decrossbinding af knappe celle-DNA

01:06 min

•

Sonikering og biotin pull-down af knappe celler DNA

01:47 min

•

dATP-tailing, adapterligering og PCR-amplifikation af knapcelle-DNA

03:34 min

•

Biblioteksoptagelse, biotin-pull-down og PCR-amplifikation ved hjælp af knapt celle-DNA-bibliotek

02:37 min

•

Llorenç Rovirosa*¹, Laureano Tomás-Daza*^1,2, Blanca Urmeneta, Alfonso Valencia³, Biola M. Javierre⁴

¹Josep Carreras Leukaemia Research Institute, ²Barcelona Supercomputing Center, ³Catalan Institution for Research and Advanced Studies (ICREA), ⁴Institute for Health Science Research Germans Trias i Pujol

Summary

Genekspression reguleres af interaktioner mellem genpromotorer med distale regulatoriske elementer. Her beskriver vi, hvordan lavt input Capture Hi-C (liCHi-C) gør det muligt at identificere disse interaktioner i sjældne celletyper, som tidligere var umålelige.