נפח קטן (1-3L) סינון של דגימות מי ים החוף
Summary
זה מסמכים וידאו נפח קטן (~ 1 L) סינון של ביומסה של חיידקים מעמודת המים.
Abstract
עבודה מתחיל עם איסוף המים ימית החוף למען הקהילה חיידקים במורד הזרם, מנתח גז מזין עקבות. לקבלת דוגמיות הפגנה של היום נאספו סיפון ההפעלה ג'ון סטריקלנד HMS ב Inlet Saanich. זה מסמכים וידאו נפח קטן (~ 1 L) סינון של ביומסה של חיידקים מעמודת המים. הפרוטוקול הוא הרחבה של פרוטוקול גדול הדגימה נפח שתוארו קודם לכן, עם הבדל אחד משמעותי: כאן, אין שום צעד סינון מראש, ולכן כל המעמדות גודל של ביומסה נאספים עד 0.22 מיקרומטר לסנן חתוכים. דוגמאות שנאספו בדרך זו הם אידיאליים עבור ניתוח חומצות גרעין. הצעדים הגדרת, סינון, ו לנקות כל אחד לקחת על 20-30 דקות. אם באמצעות שתי משאבות peristaltic בו זמנית, עד 8 דגימות ניתן לסנן באותו זמן. כדי למנוע היווצרות biofilm בין טיולים הדגימה, כל הציוד סינון חייב להיות שטוף עם HCl לדלל במים deionized ו autoclaved מיד לאחר השימוש.
Protocol
Discussion
זה הכרחי כדי לנגב את ספסלי משאבות במגבת לחה לאחר השימוש כדי להסיר כל עקבות המתמשכת של מי מלח שאחרת לשיתוק ציוד. למרות ההליך הוא פשוט, הדרישה זמן יכול להיות נרחב תלוי בריכוז של ביומסה או פסולת במדגם להיות מסונן.
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
ברצוננו להודות לקרן קנדית עבור חדשנות, פיתוח קולומביה הבריטית קרן ידע מדעי הלאומי וההנדסה מועצת המחקר (NSERC) של קנדה לתמיכה מחקרים מתמשכים על אזורים חמצן נמוכה של מים חופי האוקיינוס הפתוח. דאו נתמכה על ידי מלגות של NSERC, Killam ויסוד טולה מרכז מימנה עבור גיוון התפתחות חיידקים.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| Peristaltic pump | Masterflex (Cole Palmer) | 77913-20, 77200-62, 77200-04 | ||
| Tygon LFL tubing | Masterflex (Cole Palmer) | 06429-24 | For filtration apparatus | |
| Hose clamps | Cole Palmer | 0683204 | For filtration apparatus | |
| 1/4” x 3/16” pipe adaptors | Cole Palmer | 31702-20 | For filtration apparatus | |
| Polypropylene prefilter housing | ADVANTEC | 501200 | For filtration apparatus | |
| Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) | Cole Palmer | 31507-27 | For filtration apparatus | |
| 2“ Magnets | For filtration apparatus | |||
| 3 port carboy caps | For filtration apparatus | |||
| GV 0.22 μm STERIVIX filters | Millipore | SVGV01R5 | ||
| 47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters | Whatman | 1823047 | ||
| Lysis buffer | 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3) | |||
| 0.1 % HCl | For post-filtration rinse | |||
| Autoclaved water | For post-filtration rinse |
