Deze video documenten klein volume (~ 1 L) filtratie van microbiële biomassa uit de waterkolom.
Abstract
De workflow begint met het verzamelen van de kust mariene wateren voor de downstream microbiële gemeenschap, nutriënten-en trace gas analyses. Voor de demonstratie van vandaag en monsters werden verzameld vanaf het dek van de HMS John Strickland die actief zijn in Saanich Inlet. Deze video documenten klein volume (~ 1 L) filtratie van microbiële biomassa uit de waterkolom. Het protocol is een uitbreiding van het grote volume bemonsteringsprotocol eerder beschreven, met een groot verschil: hier is er geen pre-filtratie stap, zodat alle grootteklassen van biomassa worden verzameld beneden de 0,22 urn filter cut-off. Monsters op deze manier zijn ideaal voor het nucleïnezuur analyse. De set-up, filtratie en clean-up stappen ieder voor zich ongeveer 20-30 minuten. Als u twee peristaltische pompen tegelijk, maximaal 8 monsters kunnen worden gefilterd op hetzelfde moment. Om te voorkomen dat biofilmvorming tussen de monsterneming reizen, moeten alle filtratie-apparatuur worden gespoeld met verdund HCl en gedeïoniseerd water en geautoclaveerd onmiddellijk na gebruik.
Protocol
Opzetten van filtratie apparatuur Voor de filtering in de eerste veeg eventuele condens uit de volle flessen en wegen Plaats een autoclaaf bak aan de ene kant van de pomp, en het afval fles aan de andere kant. Plaats dan een volledige steekproef fles in de autoclaaf bin, maar nog niet Verwijder de dop van de fles. Steek de slang door de peristaltische pomp, zodat het luer-uiteinde van de slang is in de kolf. Met behulp van een pincet, verwijder de katoen uit een steriele…
Discussion
Het is noodzakelijk om te vegen van banken en pompen met een vochtige handdoek na gebruik aan een slepende sporen van zout water die anders zouden aantasten apparatuur te verwijderen. Hoewel de procedure is eenvoudig, kan de benodigde tijd uitgebreid worden afhankelijk van de concentratie van biomassa of afval in het monster wordt gefilterd.
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
We willen graag de Canadese Stichting voor Innovatie, de British Columbia Kennis Ontwikkelingsfonds en de National Sciences and Engineering Research Council (NSERC) van Canada te bedanken voor de ondersteuning van lopende studies op een laag zuurstofgehalte regio's van kust-en open water van de oceaan. DAW werd ondersteund door beurzen uit NSERC, Killam en de TULA basis gefinancierd Centrum voor Microbiële diversiteit en evolutie.
Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples. J. Vis. Exp. (28), e1163, doi:10.3791/1163 (2009).