Volume pequenas (1-3L) Filtragem de Amostras de Água do Mar Coastal
Summary
Este vídeo volume de documentos pequenos (~ L 1) de filtragem da biomassa microbiana da coluna de água.
Abstract
O fluxo de trabalho começa com a recolha de águas marinhas costeiras para a comunidade microbiana a jusante, as análises de nutrientes e gases traço. Para amostras de demonstração de hoje foram coletados a partir do convés do HMS operacional John Strickland em Inlet Saanich. Este vídeo volume de documentos pequenos (~ L 1) de filtragem da biomassa microbiana da coluna de água. O protocolo é uma extensão do protocolo de amostragem de grande volume descrito anteriormente, com uma grande diferença: aqui, não há nenhuma etapa de pré-filtração, por isso todas as classes de tamanho de biomassa são coletados até a 0,22 mM de corte do filtro. Amostras coletadas dessa forma são ideais para análise de ácidos nucléicos. Passos que o set-up de filtração, e clean-up, cada um leva cerca de 20-30 minutos. Se usar duas bombas peristálticas, simultaneamente, até 8 amostras podem ser filtradas, ao mesmo tempo. Para evitar a formação de biofilme entre viagens de amostragem, todos os equipamentos de filtração deve ser lavado com HCl diluído e água deionizada e autoclavada imediatamente após o uso.
Protocol
Discussion
É imperativo para limpar os bancos e as bombas com uma toalha úmida após o uso para remover qualquer vestígio remanescente de água salgada que de outra forma corroer equipamentos. Embora o procedimento é simples, o requisito de tempo pode ser extensa, dependendo da concentração de biomassa ou resíduos na amostra que está sendo filtrado.
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Gostaríamos de agradecer à Fundação Canadense para Inovação, a British Columbia Fundo de Desenvolvimento do Conhecimento e das Ciências e Pesquisa de Engenharia National Council (NSERC) do Canadá para apoiar estudos em andamento em regiões de baixo oxigênio das águas oceânicas costeiras e aberto. DAW foi apoiado por bolsas de NSERC, Killam ea fundação TULA Centro financiado pela Diversidade Microbiana e Evolution.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| Peristaltic pump | Masterflex (Cole Palmer) | 77913-20, 77200-62, 77200-04 | ||
| Tygon LFL tubing | Masterflex (Cole Palmer) | 06429-24 | For filtration apparatus | |
| Hose clamps | Cole Palmer | 0683204 | For filtration apparatus | |
| 1/4” x 3/16” pipe adaptors | Cole Palmer | 31702-20 | For filtration apparatus | |
| Polypropylene prefilter housing | ADVANTEC | 501200 | For filtration apparatus | |
| Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) | Cole Palmer | 31507-27 | For filtration apparatus | |
| 2“ Magnets | For filtration apparatus | |||
| 3 port carboy caps | For filtration apparatus | |||
| GV 0.22 μm STERIVIX filters | Millipore | SVGV01R5 | ||
| 47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters | Whatman | 1823047 | ||
| Lysis buffer | 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3) | |||
| 0.1 % HCl | For post-filtration rinse | |||
| Autoclaved water | For post-filtration rinse |
