Volumen pequeño (1-3L) Filtración de muestras de agua marina costera
Summary
Este video documenta pequeño volumen (aproximadamente 1 L) de filtración de la biomasa microbiana de la columna de agua.
Abstract
El flujo de trabajo comienza con la recolección de las aguas marinas costeras de la comunidad microbiana abajo, análisis de gases en nutrientes y oligoelementos. Para las muestras de la manifestación de hoy s se obtuvieron de la cubierta de la operación HMS John Strickland en Saanich Inlet. Este video documenta pequeño volumen (aproximadamente 1 L) de filtración de la biomasa microbiana de la columna de agua. El protocolo es una extensión del protocolo de muestreo a gran volumen se describió anteriormente, con una diferencia importante: aquí no hay paso de pre-filtración, por lo que todas las clases de tamaño de la biomasa se recogen hasta los 0,22 m de corte del filtro. Las muestras recogidas de esta manera son ideales para el análisis de ácidos nucleicos. Pasos de la instalación, filtración y limpieza de cada toma unos 20-30 minutos. Si se usan dos bombas peristálticas de forma simultánea, hasta 8 muestras pueden ser filtrados al mismo tiempo. Para prevenir la formación de biofilm entre los viajes de muestreo, todo el equipo de filtración debe ser enjuagado con HCl diluido y agua destilada y autoclave inmediatamente después del uso.
Protocol
Discussion
Es imprescindible para limpiar los bancos y las bombas con una toalla húmeda después de cada uso para eliminar cualquier rastro persistente de agua salada que de otra manera corroer el equipo. Aunque el procedimiento es simple, el tiempo requerido puede ser extensa en función de la concentración de la biomasa o los residuos de la muestra que se filtra.
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
Nos gustaría agradecer a la Fundación Canadiense para la Innovación, el British Columbia Fondo de Desarrollo de conocimientos y el Nacional de Ciencias e Ingeniería de Investigación (NSERC) de Canadá para apoyar los estudios en curso en las regiones de bajo nivel de oxígeno de las aguas oceánicas costeras y abiertas. DAW fue apoyado por becas de NSERC, Killam y la Fundación Centro TULA financiado por la diversidad microbiana y la evolución.
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| Peristaltic pump | Masterflex (Cole Palmer) | 77913-20, 77200-62, 77200-04 | ||
| Tygon LFL tubing | Masterflex (Cole Palmer) | 06429-24 | For filtration apparatus | |
| Hose clamps | Cole Palmer | 0683204 | For filtration apparatus | |
| 1/4” x 3/16” pipe adaptors | Cole Palmer | 31702-20 | For filtration apparatus | |
| Polypropylene prefilter housing | ADVANTEC | 501200 | For filtration apparatus | |
| Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) | Cole Palmer | 31507-27 | For filtration apparatus | |
| 2“ Magnets | For filtration apparatus | |||
| 3 port carboy caps | For filtration apparatus | |||
| GV 0.22 μm STERIVIX filters | Millipore | SVGV01R5 | ||
| 47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters | Whatman | 1823047 | ||
| Lysis buffer | 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3) | |||
| 0.1 % HCl | For post-filtration rinse | |||
| Autoclaved water | For post-filtration rinse |
